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核酸の機能構造とその蛋白質認識における役割

研究課題

研究課題/領域番号 07458146
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物有機科学
研究機関甲南大学

研究代表者

杉本 直己  甲南大学, 理学部, 教授 (60206430)

研究期間 (年度) 1995 – 1996
研究課題ステータス 完了 (1996年度)
配分額 *注記
6,000千円 (直接経費: 6,000千円)
1996年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
1995年度: 4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
キーワードリボザイム / 遺伝子切断 / ループ構造 / 鉛イオン / 希土類イオン / 最近接塩基対パラメータ / ゲル電気泳動 / 反応メカニズム / RecA蛋白質 / オリゴペプチド / DNA結合蛋白質 / 表面プラズモン共鳴 / 円二色性 / 核酸 / 反応速度 / 構造安定性
研究概要

最近の核酸合成法や遺伝子工学の発展によって、核酸分子の相互作用を利用して遺伝子の発現を抑制する試みが可能になってきた。いろいろな機能をあわせもつ機能性核酸分子の開発もいよいよ現実化してきたと言える。この機能性核酸分子として最も有望なのが、リボザイム(ribozyme)である。リボザイムは、エイズや癌などの遺伝子を切断する新しいタイプの″核酸薬剤″として期待されている。また、遺伝子の発現を抑制するアンチセンス法やアンチジーン法においても有効であることが報告され始めている。しかしながら、このような機能性核酸分子の開発にあっては、解決しなければならない問題も少なくない。その主な問題点は、リボザイムがヌクレアーゼなどに対して非常に不安定であることである。
そこで、本研究では、この問題の改善のために、ヌクレアーゼ耐性に勝るDNAをリボザイムに導入すること(キメラ型リボザイムの作成)を考え、キメラ型リボザイムの作成する前に、RNA/DNAハイブリッドの安定性を検討した。このハイブリッドの安定性が予測できるような方法が開発できれば、多様なリボザイムの開発が容易になるからである。この核酸の安定性予測に関して、我々はRNA/DNAハイブリッドの安定性の予測モデルといて最近接塩基対モデル(nearest-neighbr model)の適用が妥当であることを明らかにした。また、異なる塩基配列を有する60種のRNA/DNAハイブリッドの熱力学的諸量を実験より求め、その熱力学的諸量より、精度の最近接塩基対パラメータを開発した。その結果、通常のカチオン存在下で、RNA/DNAハイブリッドの安定性を、6%以内の誤差精度で予測することが可能となった。さらにDNA/DNAの安定性に関するパラメータの新たに開発したことより、キメラ型リボザイム作成の指標が得られたものと考えれる。

報告書

(3件)
  • 1996 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1995 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (24件)

  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "A Mechanistic Framework for the Second Step of Splicing Catalyzed by the Tetrahymena Ribozyme." Biochemistry. 35. 648-658 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "The Stability of DNA and RNA G-Quartels." Nucleosides & Nucleotides. 15. 559-567 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Improved Thermodynamic Parameters and Helix Initiation Factor to Precict Stability of DNA Duplexes." Nucleic Acids Res.24. 4501-4505 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "The Role of Different Metal Ions on the Cleavage of a Substrate RNA Catalyzed by a Small Chimeric Ribozyme." Nucleic Acids Res.,Symp.Series. 35. 189-190 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Effect of Metal Ions on DNA Ligation Catalyzed by a Deoxyribozyme." Nucleic Acids Res.,Symp.Series. 35. 191-192 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Role of Nd^<3+> on the RNA Cleavage Reaction by a Small Ribozyme." Biochemisitry. 35(in press). (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] P.C.Bevilacqua, N.Sugimoto, and D.H.Turner: "A Mechanistic Framework for the Second Step of Splicing Catalyzed by the Tetrahymena Ribozyme." Biochemistry. 35. 648-658 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Sugimoto, T.Ohmichi, and M.Sasaki: "The Stability of DNA and RNA G-Quartets." Nucleosides & Nucleotides. 15. 559-567 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Sugimoto and T.Ohmichi: "Site-specific Cleavage Reaction Catalyzed by Leadzyme is Enhansed by Combined Effect of Lead and Rare Earth Ions." FEBS Letters. 393. 97-100 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Sugimoto, S.Nakano, M.Yoneyama, and K.Honda: "Improved Thermodynamic Parameters and Helix Initiation Factor to Predict Stability of DNA Duplexes." Nucleic Acids Res.24. 4501-4505 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Sugimoto and N.Wakizaka: "Effect of Metal Ions on DNA Ligation Catalyzed by a Deoxyribozyme." Nucleic Acids Res., Symp.Series. 35. 191-192 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Ohmichi and N.Sugimoto: "Role of Nd^<3+> and Pb^<2+> on the RNA Cleavage Reaction by a Small Ribozyme." Biochemistry. 35 (in press). (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "A Mechanistic Framework for the Second Step of Splicing Catalyzed by the Tetrahymena Ribozyme." Biochemistry. 35. 648-658 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "The Stability of DNA and RNA G-Quartets." Nucleosides & Nucleotides. 15. 559-567 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Improved Thermodynamic Parameters and Helix Initiation Factor to Predict Stability of DNA Duplexes." Nucleic Acids Res.24. 4501-4505 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "The Role of Different Metal Ions on the Cleavage of a Substrate RNA Catalyzed by a Small Chimeric Ribozyme." Nucleic Acids Res.,Symp.Series. 35. 189-190 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Effect of Metal Ions on DNA Ligation Catalyzed by a Deoxyribozyme." Nucleic Acids Res.,Symp.Series. 35. 191-192 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Role of Nd^<3+> and Pb^<2+> on the RNA Cleavage Reaction by a Small Ribozyme." Biochemistry. 35(in press). (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Thermodynamic Parameters to Predict Stability of RNA/DNA Hybrid Duplexes" Biochemistry. 34. 11211-11216 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Energetics of Oligodeoxyribonucleotides with a Bulge" Rep. Prog. Poly. Phys. Jpn.38. 691-694 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Energetics of Oligodeoxyribonucleotides with 5-methylcytosine" Rep. Prog. Poly. Phys. Jpn.38. 695-698 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Thermodynamics of RNA/DNA Hybrid Formation" Tracing Biololgical Evolution in Rotein & Gene. 135-146 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "The Stability of DNA and RNA G-Quartets" Nucleosides & Nucleotides. 39 (印刷中). (1996)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Naoki Sugimoto: "Interaction of 5-(1-pyrenyl)-10,15,20-tris(4-methyl-pyridinium) porphine with Double-helix and Triple-helix・・・" Nucleosides & Nucleotides. 39 (印刷中). (1996)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書

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公開日: 1995-04-01   更新日: 2016-04-21  

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