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遺伝子系統樹・種系統樹データベースの開発

研究課題

研究課題/領域番号 07554046
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 系統・分類
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

斎藤 成也 (齋藤 成也)  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)

研究分担者 伊藤 元己 (伊藤 元巳)  千葉大学, 理学部, 助教授 (00193524)
田村 浩一郎  東京都立大学, 理学部, 助手 (00254144)
今西 規  国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 助手 (80270461)
研究期間 (年度) 1995 – 1997
研究課題ステータス 完了 (1997年度)
配分額 *注記
18,200千円 (直接経費: 18,200千円)
1997年度: 3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
1996年度: 5,800千円 (直接経費: 5,800千円)
1995年度: 8,900千円 (直接経費: 8,900千円)
キーワード分子進化 / 分子系統樹 / 生物分類 / Tree View / Dendro Maker
研究概要

本研究の目的は,遺伝子系統樹と種系統樹のデータベースを試作することである。3年のあいだに,以下のものについて,すべての系統樹の図の入力を行った。斎藤が担当したのはMolecular Phylogenetics and Evolutionは1992年(第1巻)〜1997年(第8巻),Molecu1cu Biology and Evolutionは1983年(第1巻)〜1998年(第15巻),Journa1 of Molecular Evolutionは1993年(第36巻)〜1998年(第46巻),田村が担当したのは遺伝学雑誌/Genes and Genetic Systemsが1981年(第56巻)〜1997年(第72巻),Geneticsが1980年(第95巻)〜1997年(第146巻),Zoological Scienceが1984年(第1巻)〜1997年(第14巻),今西が担当したのはNatreが1991年(第349巻)〜1995年(第376巻),Scienceが1991年(第254巻)〜1995年(第267巻),PNASが1991年(第88巻)〜1995年(第92巻),伊藤が担当したしたのはAmerican Journal of Botanyが1988年(第75巻)〜1997年(第84巻),Evolutionが1990年(第44巻)〜19956年(第50巻),Systematic Botanyが1990年(第15巻)〜1995年(第20巻)である。この系統樹データベース"Jung1e"は斎藤が本科研費で購入したワークステーションに移して集中管理しており,WWWですでに公開している(URL=http://smi1er.1ab.nig.ac.jp/jung1e/ungle.htme)。著者名,諭文名,図の題名などのテキストを検索する子システムを現在準備中である。CDROMでも配布する予定である。

報告書

(4件)
  • 1997 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1996 実績報告書
  • 1995 実績報告書
  • 研究成果

    (64件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (64件)

  • [文献書誌] Oota H.: "A genetic study of 2,000-year-old human remains from Japan using mitochondrial DNA sequences." American Journal of Physical Anthropology. 98. 133-145 (1995)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kashiwase K.: "A new HLA-A9 subtype lacking the .Bw4 epitope: Ancestral or revertant allele?" Human Immunology. 42. 221-226 (1995)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shiina T.: "Isolation and characterization of cDNA clones for Japanese quail(Coturnix japonica) major histocompatibility complex(MhcCoja)class Imolecules." Immunogenetics. 42. 13-216 (1995)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ishida N.: "Mitochondrial DNA sequences of various species of the genus Equus with a special reference to the phylogenetic relationship between Przewalskii's wild horse and domestic horse" Journal of Molecular Evolution. 41. 180-188 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ogasawara K.: "Extensive polymorphism of ABO blood group gene:1.Three major lineages of the alleles for the common ABO phenotypes" Human Genetics. 97. 777-783 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ogasawara K.: "Molecular genetic analysis of the variant phenotypes of ABO blood group system" Blood. 88・7. 2732-2737 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sumiyama K.: "Evolution of class III POU genes:amplification of characteristic amino acid residues by G+C pressure mammals" Journal of Molecular Evolution. 43.3. 170-178 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohtsuka H.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus" Molecular Phylogenetics and Evolution. 5・3. 548-556 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kitano T.: "The phylogenetic relationship of the genus Oncorhynchus species inferred from nuclear and mitochondrial markers" Genes and Genetic Systems. 72・1. 25-34 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Saitou N.: "Evolution of primate ABO blood group genes and their homologous genes" Molecular Biology and Evolution. 14・4. 399-411 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Omoto K.: "Genetic origins of the Japanese:A partial support for the "dual structure hypothesis"." American Journal of Physical Anthropology. l02・4. 437-446 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 斎藤 成也: "遺伝子の進化とは〜ABO式血液型を中心に〜" BIO Clinica. 12・11. 830-834 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tateno Y.: "Evolutionary motif and its biological and structural significance" Journal Molecular Evolution. 44. S38-S43 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizuki N.: "Major histocompatibility complex class II alleles in Kazak and Han populations in the Silk Route of northwestern China." Tissue Antigens. 50. 527-534 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Endo T.: "Evolutionary significance of intra-genome duplications on human chromosomes." Gene. 205. 19-27 (1997)

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  • [文献書誌] Ito, M.: "Allozyme Diversity of Pittosporum(Pittosporaceae) on the Bonin (Ogasawara)Islands" J. Plant Res.110. 455-462 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kita, Y.: "Phylogenetic position of Taiwanise aconite,Aconitum bartletii(Ranunculaceae)" J.phytogeogr.Taxon.45. 75-82 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Saitou N.: "Doolittle R.(ed.),Methods in Enzymology.Vol.266" Academic Press,Inc.,Orlando, 736 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Saitou N.: "Molecular Biology and Human Diversity" Cambridge University Press,Cambridge, 305 (1996)

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    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 斎藤 成也: "「遺伝子は35億年の夢を見る-バクテリアから人間の進化まで-」" 大和書房,東京, 229 (1997)

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    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 斎藤 成也: "環太平洋人類集団の過去と未来.福田一郎・劉剛編著,「文明と遺伝」" 勉誠社,東京, 310 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 今西 規: "ネオ生物学シリーズ9,ヒト,遺伝子が語る人のすがた" 共立出版,東京, 154 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 今西 規: "人類学講座別巻2,人類学用語" 雄山閣出版,東京, 305 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Oota H.: "A genetic study of 2,000-year-old human remains from Japan using mitochondrial DNA sequences" American Journal of Physical Anthropology. 98. 133-145 (1995)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kashiwase K.: "A new HLA-A9 subtype lacking the Bw4 epitope : Ancestral or revertant allele?" Human Immunology. 42. 221-226 (1995)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shiina T.: "Isolation and characterization of cDNA clones for Japanese quail (Coturnix japonica) major histocompatibility complex (MhcCoja) class I molecules" Immunogenetics. 42. 13-216 (1995)

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    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ishida N.: "Mitochondrial DNA sequences of various species of the genus Equus with a special reference to the phylogenetic relationship between Przewalskii's wild horse and domestic horse" Journal of Molecular Evolution. 41. 180-188 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ogasawara K.: "Extensive polymorphism of ABO blood group gene : 1. Three major lineages of the alleles for the common ABO phenotypes" Human Genetics. 97. 777-783 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ogasawara K.: "Molecular genetic analysis of the variant phenotypes of ABO blood group system" Blood. 88・7. 2732-2737 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sumiyama K.: "Evolution of class III POU genes : amplification of characteristic amino acid residues by G+C pressure in mammals" Journal of Molecular Evolution. 43・3. 170-178 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohtuska H.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus" Molecular Phylogenetics and Evolution. 5・3. 548-556 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kitano T.: "The phylogenetic relationship of the genus Oncorhynchus species inferred from nuclear and mitochondrial markers" Genes and Genetic Systems. 72・1. 25-34 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Saitou N.: "Evolution of primate ABO blood group genes and their homologous genes" Molecular Biology and Evolution. 14・4. 399-411 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Omoto K.: "Genetic origins of the Japanese : A partial support for the "dual structure hypothesis"." American Journal of Physical Anthropology. 102・4. 437-446 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tateno Y.: "Evolutionary matif and its biological and structural significance" Journal Molecular Evolution. 44. S38-S43 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizuki N.: "Major histocompatibility complex class II alleles in Kazak and Han populations in the Silk Route of northwestern China." Tissue Antigens. 50. 527-534 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Endo T.: "Evolutionary significance of intra-genome duplications on human chromosomes." Gene.205. 19-27 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ito, M.: "Allozyme Diversity of Pittosporum (Pittosporaceae) on the Bonin (Ogasawara) Islands" J.Plant Res.110. 455-462 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kita, Y.: "Phylogenetic position of Taiwanise aconite, Aconitum bartletii (Ranunculaceae)" J.Phytogeogr.Taxon.45. 75-82 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Saitou N.: "Evolution of primate ABO blood group genes and their homologous genes" Molecular Biology and Evolution. 14・4. 399-411 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Kitano T.: "The phylogenetic relationship of the genus Oncorhynchus species inferred from nuclear and mitochondrial markers." Genes and Genetic Systems. 72・1. 25-34 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Omoto K.: "Genetic origins of the Japanese:A partial support for the “dual structure hypothesis"." American Journal of Physical Anthropology. 102・4. 437-446 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Tateno Y.: "Evolutionary motif and its biological and structural significance" Journal Molecular Evolution. 44. S38-S43 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Mizuki N: "Major histocompatibility complex class II alleles in Kazak and Han populations i the Silk Route of northwestern China." Tissue Antigens. 50. 527-534 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Endo T.: "Evolution ary significance of intra-genome duplications on human chromosomes" Gene. 205. 19-27 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Ito M: "Allozyme Diversity of Pittosporum(Pittosporaceae) on the Bonin (Ogasawara) Islands" J.Plant Res.110. 455-462 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Kita,Y.: "Phylogenetic position of Taiwanise aconite,Aconitum bartletii(Ranunculaceae)" J.Phytogeogr. Taxon.45. 75-82 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 齋藤成也: "『遺伝子は35億年の夢を見る-バクテリアから人間の進化まで-』" 山和書房,東京, 229 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 齋藤成也: "環太平洋人類集団の過去と未来.福田一郎・劉剛編著,『文明と遺伝』" 勉誠社,東京, 310 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Saitou N.and Yamamoto F.: "Evolution of primate ABO blood group genes and their homologous genes" Molecular Biology and Evolution. 14・4(印刷中). (1997)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Ogasawara K.et al.: "Extensive polymorphism of ABO blood group gene : 1. Three major lineages of the alleles for the common ABO phenotypes" Human Genetics. 97. 777-783 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Ogasawara K.et al.: "Molecular genetic analysis of the variant phenotypes of ABO blood group system" Blood. 88・7. 2732-2737 (1996)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Sumiyama K.et al.: "Evolution of class III POU genes : amplification of characteristic amino acid residues by G+C pressure in mammals" Journal of Molecular Evolution. 43・3. 170-178 (1996)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Ohtsuka H.et al.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus" Molecular Phylogenetics and Evolution. 5・3. 548-556 (1996)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Kitano T.et al.: "The phylogenetic relationship of the genus Oncorhynchus species inferred from nuclear and mitochondrial markers" Genes and Genetic Systems. 72(印刷中). (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Saitou N.: "Doolittle R.(ed.),Methods in Enzymology,Vol.266" Academic Press,Inc.,Orlando, 736 (1996)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Saitou N.: "Molecular Biology and Human Diversity" Cambridge University Press,Cambridge, 305 (1996)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Ishida N.et al.: "Mitochondrial DNA sequences of various species of the genus Equus with a special reference to the phylogenetic relationship between Przewalskii's wild horse and domestic horse" Journal of Molecular Evolution. 41. 180-188 (1996)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Oota H.et al.: "A genetic study of 2,000-year-old human remains from Japan using mitochondrial DNA sequences." American Journal of Physical Anthropology. 98. 133-145 (1995)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Ohtsuka H.et al.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus." Molecular Phylogenetics and Evolution. 5(印刷中). (1996)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Kashiwase K.et al.: "A new HLA-A9 subtype lacking the Bw4 epitope:Ancestral or revertant allele?" Human Immunology. 42. 221-226 (1995)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Shiina T.et al.: "Isolation and characterization of cDNA clones for Japanese quail(Coturnix japonica)major histocompatibility complex(MhcCoja)class I molecules." Immunogenetics. 42. 13-216 (1995)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] OOta S.et al.: "ICLP'95 Workshop on Parallel Logic Programming Chikawama T.et al.eds.28HD01:1995" Department of Electronic Engineering,University of Tokyo, 72

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Saitou N.: "Doolittle R.ed.,Methods in Enzymology,Vol.226," Academic Press,Inc.,Orlando(印刷中), (1996)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書

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公開日: 1995-04-01   更新日: 2016-04-21  

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