| 研究課題/領域番号 |
07556127
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 試験 |
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| 研究分野 |
生物資源科学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
小柳津 広志 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (70177301)
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| 研究期間 (年度) |
1995 – 1996
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| 研究課題ステータス |
完了 (1996年度)
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| 配分額 *注記 |
1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
1996年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
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| キーワード | 16SrRNA / 細菌 / 同定システム / 塩基配列 / ssurRNA / データベース |
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| 研究概要 |
本研究は、細菌のリボソームスモ-ルサブユニットRNA(1・6SrRNA)配列情報を収集して、これらを整理し、このデータベースを基にして、簡便な同定法を確立しようとするものである。平成7年度、8年度の2年間で以下の成果を得た。まず第一に細菌類の16SrRNAデータベースを整理し、解読済みの種名、株名およびそれらの株が基準株のものかどうかのリストを作成した。平成8年度末の段階では、DNAデータベースには約2000株のデータが収録され、データベースからは基準株かどうか判定できないデータが90%以上を占め、また、株名の記載の無いデータも約30%に及んだ。そこで、このデータベースの欠点を補うため、文献記載データ等を参考にして、それぞれのデータが基準株かどうかを判定しリストとした。次に、データが大幅に不足する菌群について、データの取得を試みた。特に問題となるPseudomonas属について基準株の未解読種の基準株約70株をATCC等から入手して、配列を解読した。また、腸内細菌群種約20種およびLactobacillus属およびBifidobacterium属16種についても基準株の配列を解読した。第三に、配列決定を簡便化のため、コロニーを拾いこれから直接配列解読する方法の適用を行い、キョピラリー電気泳動装置を用いて、最速で約8時間で同定に必要な配列情報を得る方法を確立した。以上、本研究では、16SrRNA配列データの整備状況をまとめ、これを利用した1日で可能な同定手順を確立した。
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