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低分子化合物による巨大DNAの折り畳みの立体制御

研究課題

研究課題/領域番号 08246226
研究種目

重点領域研究

配分区分補助金
研究機関名古屋大学

研究代表者

吉川 研一  名古屋大学, 大学院・人間情報学研究科, 教授 (80110823)

研究期間 (年度) 1996
研究課題ステータス 完了 (1996年度)
配分額 *注記
1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
1996年度: 1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
キーワードDNA / 蛍光顕微鏡 / 一次相転移 / コイル-グロビュール転移 / 高次構造制御 / 自己秩序形成 / ナノ構造体 / 分子内相分離
研究概要

水溶液中のDNA分子鎖の形態観察や運動性の定量的解析が、蛍光顕微鏡下で可能であることを、これまでに私達は示してきている。実際に、長鎖DNAのコイル-グロビュール転移が種々の凝縮剤によりall-or-noneの一次相転移となることを明らかにしてきた。スペルミジンなどポリカチオン、PEGなど中性高分子、ポリグルタミン酸(ポリアニオン)、コバルトなど多価金属錯体、アルコールなど低誘電率媒質、CTABなど陽イオン性界面活性剤などいずれの場合も一次相転移を引き起こす。
本年度の研究成果は、非イオン性界面活性剤であるTriton X-100、鉄(III)イオンによる一次相転移的な凝縮転移と、ポリビニルピロリドン(PVP)による分子内相分離を経るDNAの凝縮転移を見い出したことが挙げられる。分子内相分離とは、単一鎖上に複数のグロビュールとコイルが出現する現象で、新しいタイプの相転移現象である。鎖の相転移は一次であるので揺らぎの相関が有限の値に留まる。そこで鎖のサイズよりも相関長が短いときには分子内相分離現象がおこると予想され、PVP添加によって生じたDNAの分子内相分離はこのように引き起こされたことが判明した。鉄イオンによる転移では、還元剤添加による鉄の還元反応に伴い、グロビュール状のDNAがランダムコイル状に転移する現象を発見した。
高分子の硬さとファンデルワールス力を考慮した簡単なモデルで、ホモポリマーの単分子凝縮のモンテカルロ・シミュレーションを行った結果、トロイドやロッド等の構造体が自発的に生成されることを理論的に明らかにした。エネルギー比較より、ロッドは準安定状態、トロイドは熱力学的安定状態に対応し、準安定状態にある構造は速度過程の制御によって得られるナノ構造体である。
以上、本年度には実験・理論両面から、単一高分子の折り畳みによるナノ秩序構造の自己形成に関する研究が格段に発展した。

報告書

(1件)
  • 1996 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (6件)

  • [文献書誌] 吉川 研一 他: "Large Discrete Transition in a Single DNA Molecule Appears Continuous in the Ensemble" Phys.Rev.Lett.76・16. 3029-3031 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] 吉川 研一 他: "Phase Discrete Transition and Phase Segregation in a Single Double-Stranded DNA Molecule" Phys.Rev.Lett.77・10. 2133-2136 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] 吉川 研一 他: "Self Organized Nanostructure Constructed with a Single Polymer Chain" Chem.Phys.Lett.261. 527-533 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] 吉川 研一 他: "Intrachain Segregation in Single Giant DNA Molecules Induced by Poly(2-vinylpyrrolidone)" J.Phys.Chem.100・50. 19702-19705 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] 吉川 研一 他: "Structure of Collapsed Persistent Macromolecule : Toroids vs.Spherical Globule" Biopolymers. 41. 51-60 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] 吉川 研一 他: "Folding of Long DNA Chains in the presence of distearyldimethylammonium Bromide and Unfolding Induced by Neutral Liposomes" J.Chem.Soc.Faraday Trans.93. 283-288 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書

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公開日: 1996-04-01   更新日: 2016-04-21  

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