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ゲノムの生物知識情報

研究課題

研究課題/領域番号 08283103
研究種目

特定領域研究(A)

配分区分補助金
研究機関京都大学

研究代表者

金久 實  京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

研究分担者 久原 哲  九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (00153320)
宮野 悟  東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
高木 利久  東京大学, 医科学研究所, 教授 (30110836)
阿久津 達也  東京大学, 医科学研究所, 助教授 (90261859)
松田 秀雄  大阪大学, 大学院・基礎工学研究科, 助教授 (50183950)
浅井 潔  電子技術総合研究所, 知能情報部, 主任研究官
中井 謙太  大阪大学, 細胞生体工学センター, 助教授 (60217643)
森 浩禎  奈良先端科学技術大学院大学, 遺伝子教育研究センター, 教授 (90182203)
蓑島 伸生  慶應義塾大学, 医学部, 講師 (90181966)
研究期間 (年度) 1996 – 2000
研究課題ステータス 完了 (2000年度)
配分額 *注記
867,600千円 (直接経費: 867,600千円)
2000年度: 167,000千円 (直接経費: 167,000千円)
1999年度: 177,000千円 (直接経費: 177,000千円)
1998年度: 176,000千円 (直接経費: 176,000千円)
1997年度: 173,600千円 (直接経費: 173,600千円)
1996年度: 174,000千円 (直接経費: 174,000千円)
キーワードゲノム解析 / 遺伝子機能予測 / タンパク質立体構造予測 / データベース / ネットワーク / 分子間相互作用 / パスウェイ / 遺伝子疾患 / 配列解析
研究概要

ヒトゲノムのドラフト配列をはじめ、数多くの生物種で全ゲノム塩基配列決定が終了したが、そのいずれにおいても半分の遺伝子は機能未知のままであり、ゲノムの情報から生物的意味を解釈し有用性を見いだす情報技術が確立されなければならない。本研究計画はこのようなゲノム研究の流れに対応し、ゲノム情報に基づく生物学の知識の体系化と、新しい情報技術によるゲノムの機能予測法の開発を大きな研究目的としてきた。とくに、ゲノム解析がもたらす遺伝子カタログすなわち生命系の部品の情報から、生命系の機能に関するシステムレベルの情報がいかに解読できるのか、その情報構築原理を理解し、実際のゲノムの解析に適用することを目指してきた。主要な研究成果は以下の通りである。(1)代謝系や制御系など、生命現象のシステム的側面をタンパク質間相互作用のネットワークして表現し、ゲノムの情報と統合したデータベースKEGGを開発した。KEGGを用いてこれまで全ゲノムが決定されたすべての生物種(約50種類)のネツトワーク予測と機能アノテーションを行った。(2)文献中のテキストとして表現された専門知識を抽出する情報技術を開発し、タンパク質名や相互作用の辞書作成を行った。(3)遺伝子発現プロフィールの変化からその背後にある遺伝子ネットワークを予測する方法の開発を行い、酵母等のマイクロアレイによる発現プロフィールの解析を行った。(4)遺伝子疾患に関するデータベースの構築を継続し、また情報収集・管理のためのインターネット技術の開発と実用化を行った。なお、本研究の成果はゲノムネットサービス(http://www.genome.ad.jp)として国際的に提供している。

報告書

(6件)
  • 2000 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1999 実績報告書
  • 1998 実績報告書
  • 1997 実績報告書
  • 1996 実績報告書
  • 研究成果

    (52件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (52件)

  • [文献書誌] Ogata, H., Fujibuchi, W., Goto, S., Kanehisa, M.: "A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters"Nucleic Acids Research. 28. 4021-4028 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fujibuchi, W., Ogata, H., Matsuda, H., Kanehisa, M.: "Automatic detection of conserved gene clusters in multiple genomes by graph comparison and P-quasi grouping"Nucleic Acids Research. 28. 4029-4036 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshida, M., Fukuda, K., Takagi, T.: "PNAD-CSS : a workbench for constructing a protein name abbreviation dictionary"Bioinformatics. 16. 169-175 (2000)

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  • [文献書誌] Ono, T., Hishigaki, H., Tanigami, A., Takagi, T.: "Automated extraction of information on protein-protein interactions from biological literature"Bioinformatics. 17. 155-161 (2001)

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  • [文献書誌] Akutsu, T., Miyano, S., Kuhara, S.: "Algorithms for identifying Boolean networks and related biological networks based on matrix multiplication and fingerprint function"Journal of Computational Biology. 7. 331-343 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Akutsu, T.Miyano, S., Kuhara, S.: "Inferring qualitative relations in genetic networks"Bioinformatics. 16. 727-734 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kanehisa, M.: "Post-genome Informtics"Oxford University Press. 148 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ogata, H., Fujibuchi, W., Goto, S., Kanehisa, M: "A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters"Nucleic Acids Research. 28. 4021-4028 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fujibuchi, W., Ogata, H., Matsuda, H., Kanehisa, M.: "Automatic detection of conserved gene clusters in multiple genomes by graph comparison amd P-quasi grouping"Nucleic Acids Research. 28. 4029-4036 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshida, M., Fukuda, K., and Takagi, T.: "PNAD-CSS : a workbench for constructing a protein name abbreviation dictionary"Bioinfomatics. 16. 169-175 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ono, T., Hishigaki, H., Tanigami, and A., Takagi, T.: "Automated extraction of information on protein-protein interactions from biological litetature"Bioinformatics. 17. 155-161 (2001)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Akutsu, T., Miyano, S., and Kuhara, S.: "Algorithms for identifying Boolean networks and related biological networks based on matrix multiplication and fingerprint function"Journal of Computational Biology. 7. 331-343 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Akutsu, T., Miyano, S., and Kuhara, S.: "Inferring qualitative relations in genetic networks"Bioinformatics. 16. 727-734 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kanehisa, M.: "Oxford University Press."Post-genome Informtics. 148 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ogata,H.,Fujibuchi,W.,Goto,S.,Kanehisa,M.: "A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters"Nucleic Acids Research. 28. 4021-4028 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Fujibuchi,W.,Ogata,H.,Matsuda,H.,Kanehisa,M.: "Automatic detection of conserved gene clusters in multiple genomes by graph comparison and P-quasi grouping"Nucleic Acids Research. 28. 4029-4036 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Yoshida,M.,Fukuda,K.and Takagi,T.: "PNAD-CSS : a workbench for constructing a protein name abbreviation dictionary"Bioinformatics. 16. 169-175 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Ono,T.,Hishigaki,H.,Tanigami,A.and Takagi,T.: "Automated extraction of information on protein-protein interactions from biological literature"Bioinformatics. 17. 155-161 (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Akutsu,T.,Miyano,S.and Kuhara,S.: "Algorithms for identifying Boolean networks and related biological networks based on matrix multiplication and fingerprint function"Journal of Computational Biology. 7. 331-343 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Akutsu,T.,Miyano,S.and Kuhara,S.: "Inferring qualitative relations in genetic networks"Bioinformatics. 16. 727-734 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Kanehisa,M.: "Post-genome Informtics"Oxford University Press. 148 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Dunker,A.K.,Konagaya,A.,Miyano,S.,Takagi,T.: "Genome Informatics 2000"Universal Academy Press,Inc.. 472 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Kanehisa, M. and Goto, S.: "KEGG : Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes"Nucleic Acids Research. 28. 27-30 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Goto, S., Nishioka, T. and Kanehisa, M.: "LIGAND : chemical database for enzyme reactions"Nucleic Acids Research. 28. 380-382 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Tsunoda, T. and Takagi, T.: "Estimating transcription factor bindability on DNA"Bioinformatics. 15. 622-630 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Matsuno, H., Doi, A., Nagasaki, M., and Miyano, S.: "Hybrid Petri net representation of gene regulatory network"Pacific. Symp. Biocomput.. 5. 341-352 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] matsuda, H., Ishihara, T., Hashimoto, A.: "Classifying molecular sequences using a linkage graph with their pairwise similarities"Theoret. Comput. Sci.. 210. 305-325 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Akutsu, T. and Miyano, S.: "On the approximation of protein threading"Theoret. Comput. Sci.. 210. 261-275 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Kanehisa, M.: "Post-genome Informatics"Oxford University Press. 148 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Asai, K., Miyano, S. and Takagi, T.: "Genome Informatics Workshop 1999"Universal Academy Press, Inc.. 373 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Bono,H., Ogata,H., Kanehisa,M.他: "Reconstruction of amino acid biosynthesis pathways from the complete genome sequence." Genome Research. 8. 203-210 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Tomii,K.and Kanehisa,M.Kanehisa,M.他: "A comparative analysis of ABC transporters in the complete microbial genomes" Genome Research. 8. 1048-1059 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kihara,D., Shimizu,T., and Kanehisa,M.: "Prediction of membrane proteins based on classification of transmembrane segments." Protein Engineering. 11. 961-970 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Murakami,K.and Takagi,T.: "Gene recognition by combination of several gene-finding programs" Bioinformatics. 14. 665-675 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Yada,T., Asai,K., Naki,K.他: "Automatic extraction of motifs represented in the hidden Markov model from a number of DNA sequences" Bioinformatics. 14. 317-325 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Akutsu,T.and Tashimo,H.: "Linear programming based approach to the derivation of a contact potential for protein threading" Pacific.Symp.Biocomput.3. 413-424 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Miyano,S.and Takagi,T.: "Genome Informatics Workshop 1998" Universal Academy Press,Inc., 400 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 高木利久、金久 實: "ゲノムネットのデータベース利用法[第2版]" 共立出版, 206 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kanehisa, M.: "Linking databases and organisms : GenomeNet resources in Japan." Trende Biochem Sci.22. 442-444 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Fujibuchi,W., Goto,S., Kanehisa,M.他: "DBGET/LinkDB : an integrated database retrieval system." Proc.Pacific Symposium on Biocomputing'98. 683-694 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Ohta,Y., Yamamoto,Y., Takagi,T.他: "Automatic construction of knowledge base from biological papers." ISMB. 5. 218-225 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Miyano,S.: "Genome Informatics : new frontiers of computer science and biosciences." Cooperative Databases and Applications. 12-21 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Tsukamoto,Y., Takagi,T., Kuhara,S.他.: "Application of a deductive database system for topological and similar three dimensional structures in protein" CABIOS. 13. 183-190 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Akutsu,T., Onizuka,K., Ishikawa,M.: "Rapid protein fragment search using hash functions based on the fourier transform." CABIOS. 13. 357-364 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Miyano,S. and Takagi,T.: "Genome Informatics Workshop 1997" Universal Academy Press,Inc., 365 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Kanehisa,M.: "Toward pathway engineering : a new database of genetic and molecular pathways." Science & Technology Japan. 59. 34-38 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Gotoh,S.,Kanehisa,M.他: "Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations." Proc.Pacific Symposium on Biocomputing'97. 175-186 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Satou,K.,Takagi,T.他: "Finding association rules on heterogeneous genome data." Proc.Pacific Symposium on Biocomputing'97. 397-408 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Tateishi,E.,Maruyama,O.,Miyano,S.: "Extracting best consensus motifs from positive and negative examples." Lecture Notes in Computer Science. 1046. 219-230 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Akutsu,T.: "Protein structure alignment using dynamic programming and iterarive improvement." IEICE Trans.Information and Systems. E79-D. 1629-1636 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Matsuda,H.,Taniguchi,F.,Hashimoto,A.: "An approach to detection of protein structural motifs using an encoding scheme of backbone conformations." Proc.Pacific Symposium on Biocomputing'97. 280-291 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Akutsu,T.,Asai,K.,Hagiya,M.,Kuhara,S.,Miyano,S.,Nakai,N.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop 1996" Universal Academy Press,Inc., 284 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書

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公開日: 1996-04-01   更新日: 2016-04-21  

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