• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

遺伝子による代謝物質の制御に関する知識の体系化

研究課題

研究課題/領域番号 08283211
研究種目

重点領域研究

配分区分補助金
研究機関京都大学

研究代表者

西岡 孝明  京都大学, 農学部, 教授 (80026559)

研究期間 (年度) 1996
研究課題ステータス 完了 (1996年度)
配分額 *注記
3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
1996年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
キーワードゲノム / 酵素 / 代謝 / データベース / 代謝物質 / 化合物辞書 / 遺伝子 / 酵素反応
研究概要

ある生物種のゲノムにコードされている遺伝子から高次な生物活動を精度よく推定するためには、遺伝子産物の機能の相互関係を網羅的に表現した知識データベースを構築しなければならない。本研究課題ではゲノムから代謝活動を推定することを目的として、いろいろな生物種についてこれまで生化学的に観察された代謝経路を全て統合した代謝経路マップ(PATHWAY)と、そこに経路として表現されている反応の種類、基質や生成物など物質の関係を記述した代謝反応データベース(REACTION)を作成することにした。そこで、代謝活動を8つのカテゴリーにわけてPATHWAYを88面作成した。代謝反応における基質と生成物の関係にある物質を直線で結び、その反応を触媒する酵素が明らかにされている場合はそのEC番号を記入した。番号が記入されている2,255経路については、REACTIONに化学反応式として登録した。そしてこれら2つのデータベースは酵素反応データベース(LIGAND)とEC番号を介してLinkDBによってリンクさせて相互参照できるようにした。また、REACTIONにあらわれた代謝物質4,849化合物について、慣用名や化学構造式、CAS番号などを化合物辞書COMPOUNDに登録した。このようにして作成したデータベースを用いると、任意の2つの物質を与えられた場合に、それらをつなぐ代謝経路の予測精度や速度が格段に向上した。さらに、H.influenzaeなどゲノム全塩基配列が決定されている生物種について、同定された酵素遺伝子から代謝活動の再構築を試みたところ、細胞増殖に必要な代謝経路を正しく表現していることが確認された。このような結果は、PATHWAYやREACTIONが、知識データベースとして求められる生物機能の網羅性を備えていることを示している。これらは、インターネットをとおして世界中から利用されている。

報告書

(1件)
  • 1996 実績報告書
  • 研究成果

    (1件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (1件)

  • [文献書誌] Goto 他: "Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations" Pacific Symposium on Biocomputing '97". 2. 175-186 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書

URL: 

公開日: 1996-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi