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動物ミトコンドリアの翻訳システムの分子機構

研究課題

研究課題/領域番号 08408025
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関東京大学

研究代表者

渡辺 公綱  東京大学, 大学院・工学系研究科, 教授 (00134502)

研究分担者 新田 至  東京大学, 大学院・工学系研究科, 助手 (30272404)
河合 剛太  千葉工業大学, 工学部, 講師 (70211860)
上田 卓也  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (80184927)
研究期間 (年度) 1996 – 1998
研究課題ステータス 完了 (1998年度)
配分額 *注記
8,900千円 (直接経費: 8,900千円)
1998年度: 3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
1997年度: 5,400千円 (直接経費: 5,400千円)
キーワード動物ミトコンドリア / イン・ビトロ翻訳系 / 変則暗号 / tRNA / Wobble 則 / 修飾塩基 / アミノアシルtRNA合成酵素 / ペプチド鎖伸長因子 / 非普遍暗号 / Wobble則 / ホルミルトランスフェラーゼ / セリル-tRNAシンテターゼ / イン-ビトロ翻訳系 / AVAコドン / クローバ葉型構造
研究概要

本基盤研究の目的は、(1)動物ミトコンドリアtRNAの構造解析と、(2)ウシ・ミトコンドリアのイン・ビトロ翻訳系の構築によるこれらのtRNAの翻訳活性の検証を通して、動物ミトコンドリア(mt)の翻訳システムの分子機構を解明することである。その翻訳システムは、原核細胞や真核細胞の細胞質におけるシステムとはかけ離れた顕著な特徴(異常な2次構造をもつtRNAと変則暗号の存在、tRNAが22種類しか存在しない、開始と伸長兼用のtRNA^<Met>、リボソームはRNAが短く、蛋白が多い、など)を持つことが主としてmtゲノムの塩基配列の解析から推定されていた。我々は翻訳システムの個々の構成成分を単離し、characterizationすることにより、以下の知見を得た。
1) mt・tRNAの変則暗号解読機構ーー種々の生物のmtで変則暗号を見出し、それらを解読するtRNAを構造解析した結果、主としてアンチコドン1字目(Wobble位)の塩基(多くは修飾塩基)により暗号変化が引き起こされることを突き止め、ミトコンドリア独自のWobble則を確立した。
2) ミトコンドリアtRNAの機能構造ーー生化学実験と^1H-NMR測定を組み合わせて、DアームやTアームを欠く異常な2次構造をもつtRNAでもL型に類似した立体構造を取り得ることを立証した。
3) in-vitro翻訳系を用いた暗号解読機構の検証ーーmt成分のみからなるin-vitro翻訳系を構築し、これを用いてAUA(イソロイシン)コドンがf^5Cという修飾塩基をWobble位に持つtRNA^<Met>によってメチオニンに翻訳されることを実証した。
4) アミノアシルtRNA合成酵素、ペプチド鎖伸長因子、解離因子ホルミルトランスフェラーゼ等の因子類単離精製し、キャラクタリゼーションし、大腸菌での大量生産系を確立した。それら因子類とtRNAとの相互認識機構を解析した。

報告書

(4件)
  • 1998 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1997 実績報告書
  • 1996 実績報告書
  • 研究成果

    (52件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (52件)

  • [文献書誌] N.Takeuchi: "Expression and Characterization of Bovine Mitochondrial Methiony1-tRNA Transformy1ase" J.Biochem.124. 1069-1071 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] I.Hayashi: "Higher-order Structure and Thermal Instability of Bobinc Mitochondrial tRNA ^<ser> UGA Investigated by Proton NMR Spectroscopy" J.Mol.Biol.284. 57-69 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Tomita: "7-Methylguanosine at the anticodom wobble position of squid mitochondrial tRNA ^<ser> GCU : molecular basis for assignment of AGA/AGG codons as serine in ivertebrate mitochondria" Biochimica et Biochysica Acta. 1399. 78-82 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Ohtsuki: "Stable Isotope-Edited NMR Analysis of Ascaris suum Mitochondrial tRNA ^<Met> Haring a TV-Replacement Loop" J.Biochem.124. 28-34 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Takeuchi: "Mammalian Mitochondrial Methiony-tRNA Transformylase from Bovine Liver" Journal of Biological Chem.273-24. 15085-15090 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] A.Kondow: "Assidian Mitochondorial tRNA ^<Met> Possessing Unique Structural Characteristics" Nucleosides & Nucleotides. 17(1-3). 531-539 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Matstuama: "A Novel Wobble Rule Found in Sarfish Mitochondria" Journal of Biological Chem.273-6. 3363-3368 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Watanabe: "CDNA sequence of a translational elongation factor Ts homologue From caenorhabditis elegans : mitochondrial factor-spesific features found in the nematode homologue peptide" Biochimica et Biophysica Acta. 1353. 7-12 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] I.Hayashi: "Expression of bovine mitochondrial tRNA ^<Ser> GCU derivatives in Escherichia coli" Nucleic Scids Research. 25-17. 3503-3507 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] I.Hayashi: "Assignment of Imino Proton Signalw of G-C Base Paris and Magnesium Ion Binding : An NMR Study of Bovine Mitochondrial tRNA ^<Ser> GCU Lacking the Entire D Arm" J.Biochem.121. 1115-1122 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Yamazaki: "Evolution of Pulmonate Gastropod Mitochondrial Genomes : Comparisons of Gene organizations of,Euhadra,Cepaea and Albinaria and Implications of Unusual tRNA Secondary Structures" Genetics. 145. 749-758 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Watanabe: "Primary sequence of mitochondrial tRNA ^<Arg> of a nematode Ascaris suum : occurvence of adenosine at the first position of the anticodon" Biochimica et Biophysica Acta. 1350. 119-122 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Tomita: "Two nucleotides 5'-adjacent to the anticodon of rat cytoplasmic tRNA ^<Asp> are not edited" Biochimie. 78. 1001-1006 (1996)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Ohtsuki: "Automated Chemical Synthesis of Biologically Active tRNA Having a Sequence Correspondion to Ascaris suum Mitochondrial tRNA ^<Met> toward NMR Measurements" J.Biochem.120. 1070-1073 (1996)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Nojima: "Pyridine-Promoted Factor^- and Energy-Free Petide sythesis Systems Prepared from Various Organisms Inoluding Prokaryote,Eukaryote,and Mitochondria" J.Biochem.119. 1076-1079 (1996)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Ohtsuki: "Preparation of biologically active Ascaris suum mitochondrial tRNA^<Met> with a TV-replacement loop by ligation of chemically synthesized RNA fragments." Nucleic Acids Research. 24-4. 662-667 (1996)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Takeuchi: "Expression and Characterization of Bovine Mitochondrial Methionyl-tRNA Transformylase" J.Biochem.124. 1069-1071 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] I.Hayashi: "Higher-order Structure and Thermal Instability of Bobine Mitochondrial tRNA^<ser> UGA Investigated by Proton NMR Spectroscopy" J.Mol.Biol.284. 57-69 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Tomita: "7-Methylguanosine at the anticodon wobble position of squid mitochondrial tRNA^<ser> GCU : molecular basis for assignment of AGA/AGG codons as serine in ivertebrate mitochondria" Biochimica et Biophysica Acta. 1399. 78-82 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Ohtsuki: "Stable Iso tope-Edited NMR Analysis of Ascaris suum Mitochondrial tRNA^<Met> Having a TV-Replacement Loop" J.Biochem.124. 28-34 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Takeuchi: "Mammalian Mitochondrial Methiony-tRNA Transformylase from Borine Liver" Journal of Biological Chem.273-24. 15085-15090 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] A.Kondow: "Ascidian Mitochondrial tRNA^<Met> Possessing Unique Structural Characteristics" Nucleosides & Nucleotides. 17 (1-3). 531-539 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Matsuyama: "A Novel Wobble Rule Found in Starfish Mitochondria" Journal of Biological Chem.273-6. 3363-3368 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Watanabe: "cDNA sequence of a translational clogation factor Ts homologue From Caenorhabditis elegans : mitochondrial factor-specific features found in the nematode homologue peptide" Biochimica et Biophysica Acta. 1353. 7-12 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] I.Hayashi: "Assignment of Imino Proton Signalw of G-C Base Pairs and Magnesium Ion Birding : An NMR Study of Bovine Mitochondrial tRNA^<ser> GCU Lacking the Entire D Arm" J.Biochem.121. 1115-1122 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] I.Hayashi: "Expression of bovine mitochondrial tRNA^<ser> GCU derivatives in Escherichia Coli" Nucleic Scids Research. 25-17. 3503-3507 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Yamazaki: "Evolution of Pulmorate Gastropod Mitochondrial Genomes : Comparisons of Gene Organizations of Euhadra, Cepaea and Albinaria and Implications of Unusual tRNA Secondary Structures" Genetics. 145. 749-758 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Watanabe: "Primary sequence of mitochondrial tRNA^<Arg> of a nematode Ascapis suum : occurrence of unmodified adenosime at the first position of the articodon" Biochimica et Biophysica Acta. 1350. 119-122 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Tomita: "Two nucleotides s'-adjacent to the anticodon of rat cytoplasmic tRNA^<Arg> are not edited" Biochimie. 78. 1001-1006 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Ohtsuki: "Automated Chemical Synthesis of Biologically Active tRNA Having a Sequence Corresponding to Ascaris suum Mitochondrial tRNA^<Met> toward NMR Mesurements" J.Biochem.120. 1070-1073 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Nojima: "Pyridine-Promoted Factor-and Energy-Free Petide Synthesis Systems Prepared from Various Organisms Including Prokaryote, Eukaryote, and Mitochondria" J.Biochem.119. 1076-1079 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Ohtsuki: "Preparation of biologically active Ascaris suum mitochondrial tRNA^<Met> with a TV-replacement loop by ligation of chemically synthesized RNA fragments" Nucleic Acids Research. 24-4. 662-667 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hayashi, I., Kawai, G.& Watanabe, K.: "Higher-order structure and Thermal instability of bovine mitochondrial tRNA Series 4 investigated..." J.Mol.Biol.284. 57-69 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Sasuga, J.et al.: "Gene Contents and Organization of a mitochondria DNA segments of the squid Loligo bleekeri" J.Mol.Evol.(印刷中).

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Tomita, K, Ueda, T.& Watanabe, K.: "T-Methylquanosine at the anticodon wobble position of squid mitochondrial tRNA^<Ser>_<GCU>" Biochim.Biophys.Acta. 1339. 78-82 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Ohtsuki et al.: "Stable isotope-edited NMR analysis of Ascaris suurm mitochondrial tRNA^<ret> having a TU-replace mart loop" J.Biochem.124. 28-34 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Takeuchi, N.et al: "Mammalian mitochondrial methionyl-tRNA transformylase from bovine liver" J.Biol.Chem.273・24. 15085-15090 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kondow A.et al: "Ascidian mitochondrial tRNA^<ret> possessing unique structural characteristics" Nuclcosides & Nuclcotides. 17 (1-3). 531-539 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] S.Matsuyama et al.: "A Novcl wobble rule found in starfish nifochondria" J.Biol.Chem.273・6. 3363-3368 (1998)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Watanabe et al.: "CDNA seguence of a transladinal eborgstion factor Ts humologue franc elegans : mitochondrial spacific feaornes" Biochim,Biodhys,Acfa. 1353. 7-12 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] I.Hayashi et al.: "Expression of bocine mitochondrial tRNA^<Ser> acu derivatives in Eschevi chia cali" Nucleic Acids Res. 25.17. 3503-3507 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] S.Yoshizawa et al: "GNA trinucleoride loop structures producing Extra-or bnarily stable DNA minihairpins" Biochemistry. 36・16. 4761-4767 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] I.Hayashi et al: "Asiignmend of Dmino profon signals of G-C base pais and magnesium ion binding" J.Biochem.121・6. 1115-1122 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] K.Tomita et al: "Two nucleoti des S'-edjacent to the anticodon of rot cytoplasmic tRNA^<Asp> Cre not sdifed" Biochimie. 78. 1001-1006 (1996)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 大澤著, 渡辺他訳: "違伝暗号の起渡と進化" 共立出版, 252 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] T.Ohtsuki et al: "Automated Chemical synthesis of Biologically active tRNA having a sequence corresponding to Ascaris suum mitochondrial tRNA^<Met>" J.Biochem.120. 1070-1073 (1996)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] T.Nojima et al: "Pyridine-psmotcd factor-and energy-free peptide synthesis systems prepared from Prokaryote eukaryote and mitochondria" J.Bioclem.119. 1076-1079 (1996)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] N.Yamazaki et al: "Evolution of Pulmonate Gastropod mitochondial genomes" Geneti cs. (印刷中). (1997)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] T.Suzuki et al: "Polysemous codon-A codon coith multiple aminoacid assignmen caused by dual specifrcsty of tRNA identity" The EMBO J.(印刷中). (1997)

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      1996 実績報告書
  • [文献書誌] S.Watanabe et al.: "An RNA fragment consisting of the P7 and P9.0 stems and the 3′-terminal guanosine of the tetralgmene group I intron" Nucl.Acids Res.24・7. 1337-1344 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] T.Suzuki et al: "A new method for identifying the amino acid attached to a particular RNA in the cell" FEBS Lettems. 381. 195-198 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] 三浦・渡辺編著: "バイオケミストリー" 昭晃堂, 221 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書

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公開日: 1997-04-01   更新日: 2016-04-21  

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