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金属タンパク質活性サイトモデル : ペプチド錯体の合成・構造・機能

研究課題

研究課題/領域番号 08454213
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 無機化学
研究機関東京理科大学

研究代表者

山村 剛士  東京理科大学, 理学部, 教授 (00114702)

研究期間 (年度) 1996 – 1998
研究課題ステータス 完了 (1998年度)
配分額 *注記
7,700千円 (直接経費: 7,700千円)
1998年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
1997年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
1996年度: 4,700千円 (直接経費: 4,700千円)
キーワードジンクフィンガー / Cys-X_2-Cys / Zn^<2+> / 加水分解酵素 / His-Glu-X_2-His / 分子軌道法 / 分子動力学 / マルチポルフィリン系 / 人工金属蛋白質 / ジンクワィンガー / His-Gm-X_2-His / マルチポルフィソン系 / ペプチド / 亜鉛錯体 / リューマチ / プロテインキナーゼC / ポテンショメトリー / 金錯体 / ペプチド錯体 / Cys-X-Y-Cys / Glu-X-Y-His / プロテアーゼ / ペプチドポルフィリン / 会合性 / 構造解析
研究概要

本研究は、蛋白質中の金属イオン結合サイトに見られる基本的なアミノ酸配列に関して、ペプチドを配位子とする錯体化学の基礎をつくること、及び、人工の電子伝達蛋白質を合成すること、の2点を企図した。そのため、1)ジンクフィンガーモチーフZFの亜鉛サイトCys-X_n-Cys-Y/Zn^<2+>、及び、加水分解酵素の亜鉛サイトHis-X_n-His/Zn^<2+>のペプチドを配位子とする亜鉛・水銀錯体を合成、次いで、これら錯体の溶液のEXAFSとROESYデータをもとに分子軌道法・制限分子動力学計算・距離幾何学計算を行い、ペプチド錯体の構造を明らかにすることを計画した。又、2)ポルフィリンを鋳型に持つペプチドポルフィリンを合成し、その会合性を検討することを計画した。以下、達成した成果を列挙する。
1) Cys-X_2-Cysは蛋白質の最小キレート単位である。水素結合まで含めればCys-X_2-Cys-A-B/M^<2+>も最小単位である。本研究では[(1)Hg]:1=Boc-CPLCGA-OMを合成・構造解析を行い、この化合物のCPLC部分の配座が[(2)Hg]:2=Boc-CPLC-OMeのそれと同じγターン対掌体であることを明かにした。
2) [(2)Hg]は極性溶媒中でBu^tS^-と反応して[(2)(Bu^tS)Hg]^-を生成する。本研究ではこの分子の骨格構造はZFやRubの局所配座と同じであることを明らかにした。
3) Cys-X_2-Cys/Zn^<2+>とCys-X_2-Cys-A-B/Zn^<2+>を得るための有機合成と錯体合成を系統的に発展させ、[(2)Zn]及び[(1)Zn]を得た。これらは共にZnS_2O_24 配位を基本とするが5配位の混入が有り得ることを実験的に見出した。又、置換反応を試みた。温度変化実験を含む精密EXAFS解析と配位結合に関する分子軌道法計算、及び、配位と配座の運動に関する分子動力学計算を行い、化合物はZnS_2O_2の4配位を基調とするが5配位幾何構造(tbp)も存在し、溶媒が周囲に多数存在する場合は5配位となる可能性が高いことを計算的に確認した。
4) プロテアーゼ活性中心はHis^i-Glu^<i+1>-X_2-His^<i+4>/Zn^<2+>で表わされる。本研究は最小アミノ酸配列であるBoc-Glu-TI-His-OMeを選び亜鉛錯体の合成を行った。本系は溶液中で平衡系であるがROESY実験から平均値として_lH-_lH距離を求め、距離幾何学計算と制限分子動力学計算を遂行した。得られた幾つかの構造を平均化すると、加水分解酵素中のGlu-X_2-His/Zn^<2+>と極く近い構造となることを明らかにした。
5) マルチヒスチジンペプチドをピケットフェンスとする人工蛋白質α_4-(PepA_<18>)_4-MTAPP:PepA=EEALEKHEKALEKHEKAGを設計・合成した。これをホストとしてプロトヘムをゲストに取り込み、ポルフィリン会合体を形成することに成功した。次いで、ヘリックス性と会合体分子量を検討し、α_4-(PepA_<18>)_4-ZnTAPPは二量体を形成すること、ヘミン共存下三量体へと変化することを明らかにした。本系は2種類の金属ポルフィリンからなる12のポルフィリンを含み、人工蛋白質で最大のポルフィリン集積を示した。

報告書

(4件)
  • 1998 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1997 実績報告書
  • 1996 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (25件)

  • [文献書誌] Takeshi Yamamura: "Conformation control of Mode Peptides by Metal Ions, A New Types of Turn Structure Found in [(Bos-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe)Hg]" Bull.Chem.Soc.Jpn.69. 2221-2230 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hideaki Watanabe,: "Bulky Thiols and Their Coordination Compounds. An Improvement of the Removal of Tetrahydropyranyl Group from Thcols and Its Application for-." Chem.Lett.999-1000 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura,: "Conformation Control of Peptides by Metal Ions. Coordination Conformation Correlation Ohserned in a Model for Cys-X-Y-Cys/M^<2+> in proteins" Inorg.Chem.36. 4849-4859 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura,: "Square planar Nickel Compounds with Bulky Thiols" Inong.Chim.Acta. 263. 415-420 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura,: "Boc-Ghu-Thr-Ile-His-OMe/Zn^<2+> in Terms of the Zlnc-Binding sites of proteases" Inong.Chim.Acta.283. 243-250 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masato Ushiyama,: "Construction of a Multiple porphyrin System Using a denous Designed Peptide Porpryrin and Hemin" Chem.Lett.127-128 (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura, Masaya Arai, Tsutomu Yamane, Takeshi Ukai, Masato Ushiyama, and Hiroshi Hirota: "Conformation Control of Model Peptides by Metal Ions. A New Type of Turn Structure Found in [(Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe)Hg]" Bull.Chem.Soc.Jpn.69. 2221-2230 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hideaki Watanabe, Seiji Ogo, and Takeshi Yamamura: "Bulky Thiols and Their Coordination Compounds. An Improvement of the Removal of Tetrahydropyranyl Group from Thiols and Its Application for Ligand Syntheses" Chem.Lett.999-1000 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura, Tsutomu Watanabe, Atsushi Kikuchi, Tsutomu Yamane, Masato Ushiyama, and Hiroshi Hirota: "Conformation Control of Peptides by Metal Ions. Coordination Conformation Correlation Observed in a Model for Cys-X-Y-Cys/M^<2+> in Proteins" Inorg.Chem.36. 4849-4859 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura, Hideaki Watanabe, Yukiko Niino, Kiyoshi Fujisawa, and Yoshihiko Morooka: "Square Planar Nickel Compounds with Bulky Thiols" Inorg.Chim.Acta. 263. 415-420 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura, Hidechika Nakamura, Makiko Abe, Tetsuya Sasaki, Masato Ushiyama, Masa-aki Ueki, and Hiroshi Hirota: "Boc-Glu-Thr-Ile-His-OMe/Zn^<2+> in Terms of the Zinc-binding Sites of Proteases" Inorg.Chim.Acta. 283. 243-250 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masato Ushiyama, Fumio Arisaka, and Takeshi Yamamura: "Construction of a Multiple Porphyrin System Using a de novo Designed peptide Porphyrin and Hemin" Chem.Lett.127-128 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masato Ushiyama, Atsushi Yoshino, Takeshi Yamamura, Yasuo Shida, Fumio Arisaka: "A 12-Porphyrin System : Syntheses of Peptide Porphyrins with Multiple Histidines and the Aggregation Behavior in the Presence of Hemin" Bull.Chem.Soc.Jpn.72 (in press.). (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroteru Nishikawa, Masato Ushiyama, Takeshi Yamamura: "De Novo Designed Heme-binding Peptide-porphyrins. Excitonic Analyses of the UV-vis and CD Spectra" Peptide Science. (in press.). (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masato Ushiyama, Hiroteru Nishikawa, Yuka Morio, Takeshi Yamamura: "Construction of Multi Porphyrin Systems Using Histidine Containing 4-Helix Bundle Porphyrin and Heme" Peptide Science. (in press.). (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura,: "Boc-Glu-Thr-Ile-His-OMe/Zn^<2+> in Tenms of the Zinc-Binding Sites of Proteases" Inorg.Chim.Acta. 283. 243-250 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Masato Ushiyama,: "Construction of Multiple Porphyrin System Using a denovo Designed Deptide Porphyrin and Hemin" Chem.Lett.127-128 (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Masato Ushiyama,: "A 12 Porphyrin System:Synthesis of Peptide Porphyrins with Multiple Histidines and the Aggregation Behavior in the Presence of Henin" Bull,Chem.Soc.Jpn.72(inpress). (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Hiroteru Nishikawa,: "De Nouo Designed Heme-Bincling Peptide Porphyrins.Excltonic Analyses of the UV-vis and CD Spectina" Peptide Science. in press. (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Masato Ushiyama,: "Consruction of Multi Porphyrin systems Using Histidine Containing 4-Helix Bundle Porphyrin and Heme" Peptide Science. in press. (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura, et al: "Square Planan Nickel Compounds with Bulky Thiols" Inorg.Chim.Acta. 263. 415-420 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura: "Boc-Glu-Thr-Ile-His/Zn^<2+> in terms of Zn-binding sites of Proteases" Inorg.Chim.Acta. (1998)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Takeshi Yamamura: "Conformation Control of Peptides by Metal Ions.Coordination Conformation Correlation Observed in a Model for Cys-X-Y-Cys/M^<2+> in Proteins" Inorg.Chem.36. 4849-4859 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] T.Yamamura,M.Arai,T.Yamane,T.Ukai,M.Ushiyama,H.Hitora: "Conformation Controle of Model Peptides by Metal Ions,A New Type of Turn Structure Found in [(Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe)Hg]" Bull.Chem.Coc.Jpn.69. 2221-2230 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] H.Watanabe,S.Ogo,and T.Yamamura: "Bulky Thiols and Their Coordination Compounds,An Improvement of the Removal of Tetrahydropyranyl Group from Thiols and Its Application-." Chem.Lett.999-1000 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書

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公開日: 1996-04-01   更新日: 2016-04-21  

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