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長鎖DNA分子の高次構造-相転移現象と構造制御

研究課題

研究課題/領域番号 08459013
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 広領域
研究機関名古屋大学

研究代表者

吉川 研一  名古屋大学, 大学院人間情報学研究科, 教授 (80110823)

研究期間 (年度) 1996 – 1997
研究課題ステータス 完了 (1997年度)
配分額 *注記
6,600千円 (直接経費: 6,600千円)
1997年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
1996年度: 5,300千円 (直接経費: 5,300千円)
キーワード長鎖DNA / 一次相転移 / 単分子観察 / 蛍光顕微鏡 / 遺伝子導入 / 分子内相分離 / コイル-グロビュール転移 / モンテカルロ・シミュレーション / 履歴現象
研究概要

本研究課題の目的は長鎖DNA分子の高次構造の特性解析を押し進めることであった。こでまでに本研究室では、DNA単一鎖の相転移挙動の蛍光顕微鏡を用いた直接観察による解析と、その相転移産物の電子顕微鏡観察による微細構造解析の両者を照合することにより、『長鎖DNAの単分子結晶は一次相転移を通じて形成される』ことを明らかにしてきた。
本研究期間中の研究成果を集約すると 1.長鎖DNAの単分子結晶の形成過程を溶液中での直接観察によって捉え、それが核形成・核成長の一次相転移プロセスであることを明らかにした。2.さらにそのダイナミクスをモンテカルロ・シミュレーションによって理論的に再現することに成功した。3.結晶形成の速度論に関する理解に加え、結晶の平衡論的な安定条件を理論的に予測し、実験によって検証を行なった。4.DNAが分子内相分離を引き起こす凝縮条件を同定した。これはゲルでは似た現象が知られているが、単一の線状高分子内で観察されたのが初めてである。5.遺伝子導入効率に対するpoly-arginine濃度依存性と、DNA複合体の構造との相関を明らかにした。することを明らかにした。6.また、遺伝子導入に用いるDiotadecylamidoglycylspermin(DOCS)とDNAとの相互作用を、蛍光顕微鏡ならびに電子顕微鏡を用いて調べた。DNA/DOCSの凝縮構造と、遺伝子導入の効率の関連性を明らかにした。
今年度得られた上述の知見によって、相転移現象の動因に対する理論的理解が一段と深まったことに加え、相転移を通じて形成される構造の制御に関しても、実験と理論の両面について新しい地平を拓くこととなった。さらに遺伝子導入へその理論と実験結果を応用することに成功した。以上6点の知見は全て平成8年度から9年度中の国際学術誌に掲載された。

報告書

(3件)
  • 1997 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1996 実績報告書
  • 研究成果

    (66件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (66件)

  • [文献書誌] Y.Yoshikawa: "Folding and Aggregation of DNA Chains Induced by Complexation with Lipospermine : Formation of a Nuclesome-Like Structure and Network Assembly" FEBS Lett.396. 71-76 (1996)

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  • [文献書誌] Y.Yoshikawa: "Daunomycin Unfolds Compactly Packed DNA" Biophys.Chem.61. 93-100 (1996)

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  • [文献書誌] S.G.Starodoubtsev: "Intrachain Setregation in Single Giant DNA Molecules Induced by Poly (2-vinylpyrrolidone)" J.Phys.Chem.100. 19702-19705 (1996)

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  • [文献書誌] V.V.Vasilevskaya: "Structure of Collapsed Persistent Macromolecule : Toroids vs. Spherical Globule" Biopolymers. 41. 51-60 (1997)

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  • [文献書誌] S.M.Mel'nikov: "Folding of Long DNA Chains in the presence of distearyldimethylammonium Bromide and Unfolding Induced by Neutral Liposomes" J.Chem.Soc.93. 283-288 (1997)

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  • [文献書誌] S.M.Mel'nikov: "First-Order Phase Transition in Large Single Duplex DNA Induced by a Nonionic Surfactant" Biochem.Biophys.Res.Commun.230. 514-517 (1997)

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  • [文献書誌] N.Emi: "Gene Transfer Mediated by Polyarginine Requires a Formation of Big Carrier-Complex of DNA Aggregate" Biochem.Biophys.Res.Commun.231. 421-424 (1997)

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  • [文献書誌] E.Y.Kramarenko: "Collapse of Polyelectrolyte Macromolecules Revisited" Macromolecules. 30. 3383-3388 (1997)

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  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "Complexity in a Molecular String : Hierchical Structure as Is Exemplified in aDNA Chain" Complexity and Diversity,Springer. 81-90 (1997)

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  • [文献書誌] S.M.Mel'nikov: "Cooperativity or phase transition? Unfolding transition of DNA cationic surfactant complex" J.Chem.Phys.107. 6917-6924 (1997)

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  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "Highly Effective Compaction of Long Duplex DNA Polyethylene Glycol with Pendant Amino Groups" J.Am.Chem.Soc.119. 6473-6477 (1997)

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  • [文献書誌] H.Noguchi: "First-order phase transition ina stiff polymer chain" Chem.Phys.Lett.230. 184-188 (1997)

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  • [文献書誌] M.Takahashi: "Discrete Coil-Globule Transition of Single duplex DNAs Induced by Polyaminese" J.Phys.Chem.B. 101. 9396-9401 (1997)

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  • [文献書誌] Y.Yamasaki: "Higher Order Structure of DNA Controlled by the Redox State of Fe2+/Fe3+" J.Am.Chem.Soc.119. 10573-10578 (1997)

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  • [文献書誌] M.Ueda: "Stretching of Long DNA under Altemating Current Electric Fields in a Concentrated Polymer Solution" Polym.J.29. 1040-1043 (1997)

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  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "Folding transition in single long duplex DNA cahin" Progr.Colloid.Polym.Sci.106. 204-208 (1997)

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  • [文献書誌] S.M.Mel'nikov: "Cooperation between salt induced globule-coil transition in single duplex DNA complexed with cationic surfactant and sphere-rod transition of surfactant micelles" Progr.Colloid.Polym.Sci.106. 209-214 (1997)

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  • [文献書誌] Y.Ichiba: "Single Chain Observation on Collapse Transition in Giant DNA Induced by Negativery-Charged Polymer" Biochem.Biophys.Res.Commum.242. 441-445 (1998)

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  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "Marked Discreteness on the coil-globule transition of single duplex-DNA" Ber.Bunsenges.Phys.Chem.Vol.100. 876-880 (1996)

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  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "Nucleation and Growth in Single DNA Molecules" J.Am.Chem.Soc.Vol.118. 929-930 (1996)

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  • [文献書誌] H.Noguchi: "Self Organized Nanostructure Constructed with a Single Polymer Chain" Chem.Phys.Lett.Vol.261. 527-533 (1996)

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  • [文献書誌] M.Ueda: "Phase Discrete Transition and Phase Segregation in a Single Double-Stranded DNA Molecule" Phys.Rev.Lett.Vol.77. 2133-2136 (1996)

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  • [文献書誌] S.Kidoaki: "The Folded State of Long Duplex-DNA Chain Reflects Its Solution History" Biophys.J.Vol.71. 932-939 (1996)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Yoshikawa: "Folding and Aggregation of DNA Chains Induced by Complexation with Lipospermine : Formation of a Nuclesome-Like Structure and Network Assembly" FEBS Lett.Vol.396. 71-76 (1996)

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  • [文献書誌] Y.Yoshikawa: "Daunomycin Unfolds Compactly Packed DNA" Biophys.Chem.Vol.61. 93-100 (1996)

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  • [文献書誌] S.G.Starodoubtsev: "Intrachain Setregation in Single Giant DNA Molecules Induced by Poly (2-vinylpyrrolidone)" J.Phys.Chem.Vol.100. 19702-19705 (1996)

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  • [文献書誌] V.V.Vasilevskaya: "Structure of Collapsed Persistent Macromolecule : Toroids vs.Spherical Globule" Biopolymers. Vol.41. 51-60 (1997)

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  • [文献書誌] S.M.Mel'nikov: "Folding of Long DNA Chains in the presence of disteary Idimethylammonium Bromide and Unfolding Induced by Neutral Liposomes" J.Chem.Soc., Faraday Trans.Vol.93. 283-288 (1997)

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  • [文献書誌] S.M.Mel'nikov: "First-Order Phase Transition in Large Single Duplex DNA Induced by a Nonionic Surfactant" Biochem.Biophys.Res.Commun.Vol.230. 514-517 (1997)

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  • [文献書誌] N.Emi: "Gene Transfer Mediated by Polyarginine Requires a Formation of Big Carrier-Complex of DNA Aggregate" Biochem.Biophys.Res.Commum.Vol.231. 421-424 (1997)

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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] E.Y.Kramarenko: "Collapse of Polyelectrolyte Macromolecules Revisited" Macromolecules. Vol.30. 3383-3388 (1997)

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  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "Complexity in a Molecular String : Hierchical Structure as Is Exemplified in a DNA Chain" Complexity and Diversity, Springer. 81-90 (1997)

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  • [文献書誌] S.M.Mel'nikov: "Cooperativity or phase transition? Unfolding transition of DNA cationic surfactant complex" J.Chem.Phys.Vol.107. 6917-6924 (1997)

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  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "Highly Effective Compaction of Long Duplex DNA Polyethylene Glycol with Pendant Amino Groups" J.Am.Chem.Soc.Vol.119. 6473-6477 (1997)

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  • [文献書誌] H.Noguchi: "First-order phase transition in a stiff polymer chain" Chem.Phys.Lett.Vol.278. 184-188 (1997)

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  • [文献書誌] M.Takahashi: "Discrete Coil-Globule Transition of Single duplex DNAs Induced by Polyamines" J.Phys.Chem.B. Vol.101. 9396-9401 (1997)

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  • [文献書誌] Y.Yamasaki: "Higher Order Structure of DNA Controlled by the Redox State of Fe2+/Fe3+" J.Am.Chem.Soc.Vol.119. 10573-10578 (1997)

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  • [文献書誌] M.Ueda: "Stretching of Long DNA under Alternating Current Electric Fields in a Concentrated Polymer Solution" Polym.J.Vol.29. 1040-1043 (1997)

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  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "Folding transition in single long duplex DNA cahin" Progr.Colloid.Polym.Sci.Vol.106. 204-208 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.M.Mel'nikov: "Cooperation between salt induced globule-coil transition in single duplex DNA complexed with cationic surfactant and sphere-rod transition of surfactant micelles" Progr.Colloid.Polym.Sci.Vol.106. 209-214 (1997)

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  • [文献書誌] S.G.Starodoubtsev: "Conformational Transition of Large Duplex T4 DNA Embedded in Poly (acrylamide) Gel" Langmuir. Vol.14. 214-217 (1998)

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  • [文献書誌] Y.Ichiba: "Single Chain Observation on Collapse Transition in Giant DNA Induced by Negativery-Charged Polymer" Biochem.Biophys.Res.Commun. Vol.242. 441-445 (1998)

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  • [文献書誌] Y.Yoshikawa: "Folding and Aggregation of DNA Chains Induced by Complexation with Lipospermine:Formation of a Nuclesome-Like Structure and Network Assembly" FEBS Lett.396. 71-76 (1996)

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  • [文献書誌] S.G.Starodoubtsev: "Intrachain Setregation in Single Giant DNA Molecules Induced by Poly(2-vinylpyrrolidone)" J.Phys.Chem.100. 19702-19705 (1996)

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  • [文献書誌] V.V.Vasilevskaya: "Structure of Collapsed Persistent Macromolecule:Toroids vs.Spherical Globule" Biopolymers. 41. 51-60 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] S.M.Mel‘nikov: "Folding of Long DNA Chains in the presence of distearyldimethylammonium Bromide and Unfolding Induced by Neutral Liposomes" J.Chem.Soc.93. 283-288 (1997)

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  • [文献書誌] S.M.Mel‘nikov: "First-Order Phase Transition in Large Single Duplex DNA Induced by a Nonionic Surfactant" Biochem.Biophys.Res.Commun.230. 514-517 (1997)

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  • [文献書誌] E.Y.Kramarenko: "Collapse of Polyelectrolyte Macromolecules Revisited" Macromolecules. 30. 3383-3388 (1997)

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      1996 実績報告書

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公開日: 1996-04-01   更新日: 2016-04-21  

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