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タンパク質の熱力学量に対する静電相互作用の寄与の評価

研究課題

研究課題/領域番号 08680716
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関長岡技術科学大学

研究代表者

曽田 邦嗣  長岡技術科学大学, 工学部, 教授 (10011686)

研究分担者 三木 洋一郎  高知医科大学, 医学部, 助教授 (80262476)
研究期間 (年度) 1996 – 1997
研究課題ステータス 完了 (1997年度)
配分額 *注記
2,100千円 (直接経費: 2,100千円)
1997年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
1996年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワード静電相互作用 / クーロンエネルギー / 構造安定性 / 熱力学量 / イオン対 / イオン電荷 / シミュレーション / 蛋白質 / 立体構造 / 解離基 / ポアソン・ボルツマン方程式 / 酸変性 / 変性熱力学量 / 立体構造安定性 / イオンペア / 電荷分布 / 置換
研究概要

天然蛋白質の構造安定性に対する蛋白分子表面解離基間の静電相互作用の寄与を調べるために,昨年度に引き続き計算と実験の両面から研究を進めてきた。具体的には以下の通りである:
(1) 計算科学的研究:分子表面の解離基電荷を部分的に中性化した静電変異体にして,差分ポアソン・ボルツマン方程式を解いてクーロン・エネルギーU_c評価する。この「部分的中性化解析」法をシトクロムcとユビキチンに適用して,以下の結果を得た:(1)中性pH,低イオン強度下では,部分中性化したマグロ・シトクロムcのU_cの分子種に関する平均値Uは,中性化数nの増加と共に初めは減少し,正味電荷が+3のn=6で最小値に達してから,増加に転じる。この予測は,nの増加に伴って,解鎖状態からMG状態への移行が実験的に観測されることと良く一致している。(2)高イオン強度下では,U_cの分布は明瞭なピークをもつと共に,U^^-はnの増加と共に単調に増加する。これは,塩イオンの遮蔽効果により近接イオン間の相互作用の寄与,特にLys13-Glu90,Lys53-Asp50間のイオン対の寄与が,相対的に大きいためである。(3)ユビキチンについての解析から,酸性と塩基性残基の中性化の効果は,ほぼ同じであることが分かった。
(2) 実験的研究:アシル化によって部分的に中性化したシトクトムcの試料を,nで分離精製し,n=3〜5に対する熱容量関数C_P(T)を,高感度示差走査熱量計(DSC)により測定した。(1)修飾体の熱転移に伴うC_P(T)の熱吸収ピークは,天然蛋白質のそれより広幅化するが,これは,中性化部位の違いにより静電エネルギーの異なる分子種が存在することに因ると思われる。(2)C_P(T)は,転移域より高温で急減するが,これは試料濃度に依らず,何らかの分子内凝集的相互作用が起きている可能性を示唆している。

報告書

(3件)
  • 1997 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1996 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (14件)

  • [文献書誌] Soda,K.,Miki,Y.,Nishizawa,T.,and Seki,Y.: "New Method for incorporating solvent influence into the evaluation of X-ray scattering intensity of proteins in solution" Biophys.Chem.65. 45-53 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Soda,K.,Kakuyama,K.and Miki,Y.: "Non-random ionic-charge distribution responsible for the structural stability and molecular recognition of proteins" Biosystems. 43. 199-204 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miki,Y.,Kakuyama,K.and Soda,K.: "Protein stability: optimization of electrostatic contributions by partially neutralizing surface ionic charges" Biosystems. 44. 69-77 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Watanabe,N.,Kishimoto,S.,Tomizawa,T.,Miki,Y.,and Soda,K.: "Structural stability of horse cytochromec with partially neutralized lysine residues" Biophys.Chem.submitted. (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Soda, K., Miki, Y., Nishizawa, T., and Seki, Y.: "New method for incorporating solvent influence into the evaluation of X-ray scattering intensity of proteins in solution" Biophys.Chem.65. 45-53 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Soda, K., Kakuyama, K., and Miki, Y.: "Non-random ionic-charge distribution responsible for the structural stability and molecular recognition of proteins" BioSystems. 43. 199-204 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miki, Y., Kakuyama, K., and Soda, K.: "Protein stability ; optimization of electrostatic con-tributions by partially neutralizing surface ionic charges" BioSystems. 44. 69-77 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Watanabe, N., Kishimoto, S., Tomizawa, T., Miki, Y., and Soda, K.: "Structural stability of horse cytochrome c with partially neutralized lysine residues" Biophys.Chem.(submitted to).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Soda, K.Kakuyama, Y.Miki: "Non-random ionic-change distribution responsible for the structural stability and molecular recogntion of protein" Biosystems. 43. 199-204 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Miki, K.Kakuyama, K.Soda: "Protein stability ; optimization of electrostatic contributions by partially neutralizing surface ionic changes" Biosystems. 44. 69-77 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 曽田邦嗣: "「タンパク質のかたちと物性」(section)2.6タンパク質の水和" 共立出版, 11 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] K.Soda: "“Water" in Encyclopedia of Molecular Biology" John Wiley & Sons,Inc., 2 (1988)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] K.Soda,K.Kakuyama & Y,Miki: "Non-random ionic-charge distributions responsible for the structural stability and molecular recognition of proteins" Biosyntems. 43(in press). (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Miki,K.Kakuyama & Y.Miki: "Protein stability ; Optimization of electrostatic contributions by partially neutralizing surface ionic charges" Biosyntems. 43(in press). (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書

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公開日: 1996-04-01   更新日: 2016-04-21  

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