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日本のフナ集団における進化や遺伝的背景をDNAレベルで調べるため、フナゲノムDNAのHindIII処理により得られた約270bp(Hi-a)と約2106p(Hi-b)のサテライトDNA(反復DNA)を単離し、その特徴付けを行った。Hi-aとHi-bの各々10クローン以上について一次構造を決定し、さらにサザンハイブリダイゼーションによりゲノム上での存在形態について解析した。
1.Hi-a:反復単位は268bpまたは269bpで高AT(約65%)であった。また、反復単位間での相同性は非常に高かった(平均95%)。この反復DNAはフナゲノム中、高頻度で縦列に構成されていた。Hi-aにはサブファミリーが存在しており、そのゲノム中での存在形態はギンブナと金魚で一部異なっていた。さらに、Hi-aは他のコイ科魚類であるコイ、タナゴ、オイカワには存在せず、量差はあるものの、ギンブナ、ゲンゴロウブナ、金魚のフナ種に特異的であることがわかった。また、金魚に、より特徴的である、一端を欠いたHi-a配列(202bp)も同定した。
2.Hi-b:反復単位は208bpまたは209bpだった。データベースと相同性検索した結果、5s-rDNA(120bp)とそのフランキング領域を含む反復配列と推察された。調べたコイ科魚類のいずれにもこの配列は存在していたが、その存在形態は種(亜種)により異なっていた。また、ギンブナから5s-rDNAの一部(約80bp)を含む同方向反復配列(約145bp)からなる約290bpの反復配列も同定した。
以上、これらの反復DNAは、今後、フナの進化的位置付けや遺伝的分類を明確にする上での指標として期待できる。
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