| 研究課題/領域番号 |
08772014
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| 研究種目 |
奨励研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
化学系薬学
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
青木 俊二 大阪大学, 薬学部, 助手 (60252699)
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| 研究期間 (年度) |
1996
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| 研究課題ステータス |
完了 (1996年度)
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| 配分額 *注記 |
1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
1996年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
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| キーワード | 海綿 / Hyrtios altum / コンホメーション / 束縛条件つき分子動力学計算 / RMSD / 絶対立体配置 |
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| 研究概要 |
沖縄県八重山諸島新城島のサンゴ礁域で採集した海綿Hyrtios altumから得られた、非常に強力な細胞毒性を示す新規マクロリドaltohyrtin類の溶液中コンホメーションを解析する目的で,5-desacetylaltohyrtin A(4)について、NOESYスペクトルを半定量的に解析し、得られるプロトン間距離情報を制限項とする束縛条件付き分子動力学計算(Restrained Molecular Dynamics calculation)を行った。まず、NOESYから得られた322個の距離の束縛条件と^1H-NMRスペクトルから得られた3個の二面角の束縛条件を実験項として入力し、24個の不斉炭素ついては、私達が先に提示した絶対立体構造のキラリティーをchiral restraintsとして入力して計算を実行した。得られた構造のうち、E_<total> の最小値は136.7kcal/mol、最小の構造から10番目の構造までのE_<total>の平均は139.43±1.70kcal/mol(mean±S.D.、以下同様)であった。また、これら10個の構造のC-1からC-43までの炭素原子鎖におけるpair wised RMSDの平均値は0.50±0.22Åであり、RMS distance violationは0.148Åであった。このように良好な計算結果が得られたことから、私達が先に提示したaltohyrtin類の絶対立体構造がNOESYのデータに矛盾しないことを検証するとともに、5-desacetylaltohyrtin Aの溶液中(d_6-DMSO)でのコンホメーションを決定することができた。
また、私達と他の研究者の間で相違が見られた14、15、16位の立体配置をさらに確認する目的で、14、15、16位のchiral restraintsに、私達が先に提示した絶対立体構造のキラリティー以外の7つの組み合わせを入力して計算を実行した。その結果、E_<total>やRMSD値など今回比較したどの項目においても私達が提示した絶対立体構造のキラリティーより良い値を示す組み合わせがなかったことから、私達が提示した立体構造式の妥当性がさらに支持された。
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