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時分割X線結晶構造解析による酵素の反応途中構造の捕捉

研究課題

研究課題/領域番号 09044217
研究種目

国際学術研究

配分区分補助金
応募区分共同研究
研究分野 生物生産化学・応用有機化学
研究機関京都大学

研究代表者

小田 順一  京都大学, 化学研究所, 教授 (50027041)

研究分担者 中津 亨  京都大学, 化学研究所, 教務職員 (50293949)
加藤 博章  京都大学, 化学研究所, 助手 (90204487)
WAKATSUKI So  ヨーロッパシンクロトロン放射光施設, ビームライン責任者
SCHLICHTING イルメ  マックスプランク分子生理学研究所, グループ主任
研究期間 (年度) 1997
研究課題ステータス 完了 (1997年度)
配分額 *注記
2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
1997年度: 2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
キーワード時分割X線結晶構造解析 / 酵素 / 蛋白質結晶学 / ケージド化合物 / 反応の同調 / ラウエ法 / 時分割X線結晶解析 / タンパク質結晶学
研究概要

酵素をはじめとする機能タンパク質の作用を探るには、実際に働いている状態の構造を直接見ることが必要である。本研究では、時間分割X線結晶解析の手法を用いて、グルタチオン合成酵素の反応途中に生じる寿命の短い活性型酵素基質複合体を直接捕え、その立体構造を原子レベルで明らかにすることを目的とした。そのために、グルタチオン合成酵素自身の作用によりATPからのリン酸化を受けて強力な阻害剤へと変換される遷移状態アナログ(TSA)を基質の変わりに用いた。この反応は二段階で反応することから、一段階目の複合体であるリン酸化される前のTSA:酵素複合体を捕えることを目的とする系を設計した。すなわち、caged-ATP:遷移状態アナログ:酵素複合体にキセノンフラッシュを照射し、二段階で進行することが判明している酵素と遷移状態アナログとの反応のうち、一段階目の複合体の構造をを捉えようとするものである。そのために、白色X線を用いたラウエ法あるいは単色X線とフラッシュ冷却法の併用による時間分割X線結晶解析を行った。ラウエ法は時間分解能に優れているが、低角の回折強度の欠落と結晶に対するダメ-ジが大きいという欠点があり、本研究では、単色X線法でそれを補う計画であった。ヨーロッパシンクロトロン放射線光施設(ESRF)にてラウエ法のデータ収集を行うことにより、良質なデータを得ることに成功した。データ処理プログラムは、ESRFで開発されたものを京大化研に移植することにも成功した。解析の結果、ATPによるリン酸化を受ける直前のTSAの構造を捕らえるができた。また、その後リン酸化を受けるまでを時間分割測定により捕らえることにも成功した。

報告書

(2件)
  • 1997 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 研究成果

    (14件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (14件)

  • [文献書誌] 加藤 博章: "酵素の四次元構造-時分割X線結晶構造解析で反応途中の酵素を見る" バイオサイエンスとインダストリー. 55(7). 482-484 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 加藤 博章: "ラウエ法を用いたダルタチオン合成酵素の時分割X線結晶構造解析" News Letter(重点領域研究:動的蛋白質結晶解析). 4(1). 76-76 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 中津 亨: "Crystal Structure of Asparagine Synthetase reveals a close Evolutionary Relationship to Class II Aminoacyl-tRNA Synthetase" Nature Struct.Biol.5(1). 15-19 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Atsuko Yamashita: "Crystallization and Preliminary X-ray Study of Tropinone Reductase II." Acta Crystallogr.D. (in press).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Soichi Wakatsuki: "ID14‘Quadriga',a Beamline for Protein Crystallography at the ESRF" J.Synchrotron Rad.(in press).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroaki Kato: "Four-dimentional structure of enzyme : Watching enzyme at work by time-resolved X-ray crystallography" Bioscience & Industory. 55(7). 482-484 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroaki Kato: "Time-resolved Crystallography of Glutathione SYnthetase by Laue Diffraction" News Letter (Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas : Dynamic Protein Crystallography). 4(1). 76-76 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Toru Nakatsu: "Crystal Structure of Asparagine Synthetase reveals a close Evolutionary Relationship to Class II Aminoacyl-tRNA Synthetase" Nature Struct.Biol.5(1). 15-19 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Atsuko Yamashita: "Crystallization and Preliminary X-ray Study of Tropinone Reductase II." Acta Crystallogr.D. (in press).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Soichi Wakatsuki: "ID14'Quadriga', a Beamline for Protein Crystallography at the ESRF" J.Synchrotron Rad.(in press).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 加藤 博章: "酵素の四次元構造-時分割X線結晶解析で反応途中の酵素を見る" バイオサイエンスとインダストリー. 55(7). 32-34 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 加藤 博章: "ラウエ法を用いたグルタチオン合成酵素の時分割X線結晶構造解析" News Letter(重点領域研究:動的蛋白結晶解析). 4(1). 76-76 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 中津 亨: "Crystal structure of asparagine synthetase reveals a close evolutionary relationship to close II aminoacyl-tRNA synthetase" Nature Struct.Biol.5(1). 15-19 (1998)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 山下 敦子: "Crystallization and preliminary X-ray study of tropinone reductase II" Acta Crystallogr.D. (in press).

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書

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公開日: 1997-04-01   更新日: 2016-04-21  

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