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蛍光新技術を用いた蛋白-蛋白および蛋白-DNA相互作用の動的解析

研究課題

研究課題/領域番号 09044238
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

嶋本 伸雄 (嶋本 信雄)  国立遺伝学研究所, 構造遺伝学研究センター, 教授 (20127658)

研究分担者 十川 久美子  国立遺伝学研究所, 構造遺伝学研究センター, 助手 (20291073)
永井 宏樹  国立遺伝学研究所, 構造遺伝学研究センター, 助手 (80222173)
HAYWARD Rich  英国エジンバラ大学細胞分子生物学研究所, 教授
CHATTERJI Di  インド細胞分子生物学研究センター, 教授
研究期間 (年度) 1997 – 1999
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
12,800千円 (直接経費: 12,800千円)
1999年度: 4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
1998年度: 4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
1997年度: 4,600千円 (直接経費: 4,600千円)
キーワードRNApolymerase / majorsigma factor / protein footprinting / omega subnit / Esherichiacoli / Bacillus subtilis / transcriptioninitiation / RNA polymerase / major sigma factor / omega subunit / Esherichia coli / transcription initiation / major sigma / protein footpronting / sigma subyunit / omega subyunit / GroE / trascription initiation
研究概要

本研究の最大の発見は、バクテリアにおいて初めてプリオン様の調節機構を発見したことである。この意外な発見のため、主要な努力をこのテーマに注ぎ込んだ。転写の大部分に関与する主要転写会誌因子の動態は、病原菌を含むバクテリアを制御するために重要である。大腸菌の主要転写会誌因子σ^<70>因子の細胞内の動態を観察するために、大腸菌のクロモゾーム上のσ^<70>の遺伝子(rpoD)を破壊した菌株を昨年度作製した。この株を利用して、プラスミド上の遺伝子の発現を制御することによって、野生型変異型のσ^<70>の細胞内量を調節した。この結果、σ^<70>は、高い増殖温度や増殖後期に、αヘリックスからβ構造の転移を伴うアミロイド繊維を形成して、転写の活性を低下させ、マイナーσによる転写パターンに切り替えることが明らかになった。アミロイド繊維を形成しやすい変異株、しにくい変異株に置き換えると増殖温度が変化したので、σ^<70>が大腸菌の分子温度となっている傍証を得た。また、σ^<70>の細胞内濃度を変化させながら観察すると、熱ショック遺伝子の定常的発現量と誘導的発現量はともにσ^<70>の存在量に反比例したので、熱ショックσとのスイッチングとアミロイド生成との関係を証明した。
また、20年来謎であった、RNAポリメラーゼのωサブユニットの機能を明らかにした。ω欠損株は、野生株と同じ表現型を示すが、コア酵素には、シャペロニンGroELが結合していた。GroELを除いたコア酵素σ^<70>は結合することができず、活性が無かった。つまり、ωサブユニットはコア酵素の成熟因子であり、これを欠く細胞においてはGroELがその役割を代行することが明らかになった。
σ^<70>のアミロイド繊維を含む封入体を可溶化する必要から、高濃度のグリセロールを用いた可溶化法を開発した。この手法を、各種生物の蛋白質を大腸菌で量産したときにできる封入体に応用し、8-200倍の改善を観察し、その一般性を証明した。

報告書

(4件)
  • 1999 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1998 実績報告書
  • 1997 実績報告書
  • 研究成果

    (55件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (55件)

  • [文献書誌] R. Sen, H. Nagai, N.Simamoto: "Polymerase-arrest at the λPR promoter during transcription initiation"J. Biol. Chem.. 275(in press). (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T. Yamamoto 他4名: "Molecular surgery of DNA based on electrostatic micromanipulation"IEEE Trans. Ind. Appl.. (in press). (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K. Mukherjee 他3名: "GroEL is involved in activation of Escherichia coil RNA polymerase devoid of polimerase devoid of omega subunit in vivo"Eur. J. Biochem.. 266. 15293-15296 (1999)

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  • [文献書誌] N.Shimamoto: "On dimensional diffusion of protein along DNA : its biological and chemical significance revealed by single-molecule measurements"J. Biol. Chem.. 274. 15293-15296 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 嶋本伸雄、杵渕隆: "DNA上のタンパク質の滑り運動:DNA結合蛋白質の遠攻近交戦略"科学(岩波). 69. 42-50 (1999)

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  • [文献書誌] R. Sen 他3名: "Reduction in abortive transcription from the λPR promoter by mutations in region 3 of the σ70 subunit of E.coil RNA polimerace"J. Biol. Chem.. 273. 9872-9877 (1998)

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  • [文献書誌] N.Shimamoto,他3名: "Efficient solubilization of proteins overproduced as inclusion bodies by use of an extreme concentration of glycerol"Tech. Tips Online.. t01576 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 杵渕隆、嶋本伸雄: "DNA上におけるタンパク質のスライディング"科学と生物. 36. 278-280 (1998)

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  • [文献書誌] 永井宏樹: "蛋白質のフットプリント法"生物物理. 217. 116-118 (1998)

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  • [文献書誌] T. Kinebuchi,他4名: "Functional domain of Ensherichia coil Single-stranded DNA binding protein as assessed by analysis of the deletion mutants"Biochemistry. 36. 6732-6738 (1997)

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  • [文献書誌] T. Kubori, N. Shimamoto: "Physical interference between EsherichiacoliRNA polymerase molecules transcribing in trademenhances abortive synthesis and misincorporation"Nuc. Acids Res.. 25. 2640-2647 (1997)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H. Nagai, N. Shimamoto: "Most conserved regions of the E.coil primary sigma factor are involved in interaction with RNA polymerase core enzyme"Gene. Cells. 2. 725-734 (1997)

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  • [文献書誌] 久堀智子、嶋本伸雄: "転写開始とその調節の新モデル"生物物理. 214. 249-253 (1997)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 加畑博幸、嶋本伸雄: "DNA・蛋白質相互作用の可視化とスライディング運動"蛋白質・核酸・酵素. 増刊42. 1181-1186 (1997)

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  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "Bioscience新用語ライブラリー転写因子"大腸菌RNAポリメラーゼ. 227 (1999)

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  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "GreAGreB"GreAGreB. 227 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 嶋本伸雄、郷通子編: "遺伝子の構造生物学(ニューバイオフィジックス)"共立出版(1998). 196 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "Bioscience新用語ライブラリー転写因子"GreAGreB. 227 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Yamamoto, O.Kurosawa, H.Kabata, N.Shimamoto, M.Washizu: "Molecular surgery of DNA based on electrostatic micromanipuration."IEEE Trans. On Indst. Appl.. (in press). (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] R.Sen, H.Nagai , N.Shimamoto: "Polymerase-arrest at the IPR promoter during transcription initiation."J. Biol. Chem.. 275(in press). (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Mukherjee, H.Nagai, N.Shimamoto, D.Chatterji: "GroEL is involved in activation of Escherichia coli RNA polymerase devoid of omega subunit in vivo."Eur. J. Biochem.. 266. 228-235 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Shimanoto: "One dimensional diffusion of proteins along DNA: its biological and chemical significance revealed by single-molecule measurements"J. Biol. Chem.. 274. 15293-15296 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Shimamoto, T.Kinebuchi: "Protein sliding along DNA: A clever strategy of DNA binding proteins. (in Japanese)"Kagaku. 69. 42-50 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] R.Sen, H.Nagai, V.J. Hernandez, N.Shimamoto: "Reduction in abortive transcription from the λPR promoter by mutations in region 3 of the s70 subunit of E. coli RNA polymerase."J. Biol. Chem.. 273. 9872-9877 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Shimamoto, T.Kaxciukovich, H.Nagai, R.S.Hayward: "Efficient solubilization of proteins overproduced as inclusion bodies by use of an extreme concentration of glycerol."Tech. Tips Online. t01576. (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Kinebuchi, N.Shimamoto: "Protein sliding along DNA. (in Japanese)"Chem. Biol.. 36. 278-280 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Nagai: "Protein footprinting (in Japanese)"Biophysics. 217. 116-118 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Kinebuchi, H.Shindo, H.Nagai, N.Shimamoto, M.Shimizu: "Functional domain of Esherichia coli Single-stranded DNA binding protein as assessed by analysis of the deletion mutants."Biochemistry. 36. 6732-6738 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Kubori, N.Shimamoto: "Physical interference between Esherichia RNA polymerase molecules transcribing in tandem enhances abortive synthesis and misincorporation."Nuc. Acids Res.. 25. 2640-2647 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Nagai, N.Shimamoto: "Most conserved regions of the E. coli primary sigma factor are involved in interaction with RNA polymerase enzyme."Gene. Cells. 2. 725-734 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Kubori, N.Shimamoto: "A new model for transcription initiation and its regulation. (in Japanese)"Biophysics. 218. 249-253 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Kabata, N.Shimamoto: "Visualization of DNA-protein interaction and sliding of Proteins. (in Japanese)"Prot. Nuc. Acids. Enz. Extr.. 42. 1181-1186 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Shimamoto: "E. coli RNA polymerase in Bioscience New Library of Bioscience Words: Transcription factors. eds, T. Tamura, M. Yamamoto, K. Yasuda (in Japanese)"Youdo-sha. 227 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Shimamoto: "GreA GreB in Bioscience New Library of Bioscience Words: Transcription factors. eds, T. Tamura, M. Yamamoto, K. Yasuda"Youdou-sha. 227 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Shimamoto, M.Go: "Edition, Structural Biology of the gene. In the series of New Biophysics (in Japanese)"Kyoritsu Publication. 196 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] R. Sen, H. Nagai, N. Shimamoto: "Polymerase-arrest at the λPR promoter during transcription initiation"J. Biol. Chem.. 275(in press). (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] T. Yamamoto 他4名: "Molecular surgery of DNA based on electrostatic micromanipulation"IEEE Trans. Ind. Appl.. (in press). (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] K. Mukherjee 他3名: "GroEL is involved in activation of Escherichia coli RNA polymerase devoid of polymerase devoid of omega subunit in vivo"Eur. J. Biochem.. 266. 15293-15296 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄,杵渕隆: "DNA上のタンパク質の滑り運動:DNA結合蛋白質の遠攻近交戦略"科学(岩波). 69. 42-50 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "Bioscience 新用語ライブラリー 転写因子"大腸菌RNAポリメラーゼ. 227 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "Bioscience 新用語ライブラリー 転写因子"GreAGreB. 227 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] N.Shimamoto: "One dimentional diffusion of proteins along DNA: its biological and chemical significance revealed by single-molecule measurements" J. Biol. Chem.275(in press). (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] N.Shimamoto, T.Kasciukovich, H.Nagai, R.S.Hayward: "Efficient solubilization of proteins overproduced as inclusion bodies by use of an extreme cncentration of glycerol." Tech. Tips Online. (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] R.Sen, H.Nagai, V.J.Hemandez, N.Shimamoto: "Reduction in abortive transcription from the λPR promoter by mutations in region 3 of the σ70 subunit of E. coli RNA polymerase" J. Biol. Chem.273. 9872-9877 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] H.Nagai, N.Shimamoto: "Most conserved regions of the E. coli primary sigma factor are involved in interaction with RNA polymerase core enzyme." Gene. Cells.2. 725-734 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄,杵渕 隆: "DNA上のタンパク質の滑り運動 : DNA結合蛋白質の遠攻近交戦略" 科学. 69. 42-50 (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 杵渕 隆,嶋本伸雄: "DNA上におけるタンパク質のスライディング" 化学と生物. 36. 278-280 (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄,郷 通子: "遺伝子の構造生物学" 共立出版, 196 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] R.Sen, H.Nagai, V.J.Hernandez, N.Shimamoto: "Reduction in abortive transcription from the λPR promoter by mutations in region 3 of the σ70 subunit of E.coli RNA polymerase." J.Biol.Chem.273(in press). (1998)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] H.Nagai, N.Shimamoto: "Most conserved regions of the E. coli primary sigma factor are involved in interaction with RNA polymerase core enzyme." Gene.Cells.1998 (2(in press))

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] T.Kubori, N.Shimamoto: "Physical interference between Esherichia coli RNA polymerase molecules transcribing in tandem enhances abortive synthesis and misincorporation." Nuc.Acids Res.25. 2640-2647 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] V.Gopa1, D.Chatterji.: "Mutations in the 1.1 sub‐domain of E.coli σ70 and disruption of its overa11 structure." Eur.J.Biochem.244. 613-618 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] K.Mukherjee, D.Chatteji.: "Studies on the 'ω '-subunit of E.coli RNA polymerase : Its role in recovery of denatured enzyme activity." Eur.J.Biochem.247. 884-889 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] S.Pahari, D.Chatterji.: "Interaction of bacteriophage T4 AsiA protein with E.coli σ70 and its variant." FEBS Letts. 411. 60-62 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本 伸雄、郷 通子: "遺伝学の構造生物学" 共立出版, 196 (1998)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書

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公開日: 1997-04-01   更新日: 2016-04-21  

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