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RNA触媒機能の分子基盤

研究課題

研究課題/領域番号 09278103
研究種目

特定領域研究(A)

配分区分補助金
研究機関京都大学

研究代表者

井上 丹  京都大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (40114855)

研究分担者 白石 英秋  京都大学, 大学院・生命科学研究科, 助教授 (90202118)
谷 時雄  九州大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80197516)
多比良 和誠  東京大学, 大学院・工学系研究科, 教授 (10261778)
坂本 健作  東京大学, 大学院・理学系研究科, 助手 (50240685)
鈴木 勉  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 講師 (20292782)
小松 康雄  北海道大学, 薬学部, 助手 (30271670)
新田 至  東京大学, 工学系研究科, 助手 (30272404)
研究期間 (年度) 1997 – 2000
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
154,000千円 (直接経費: 154,000千円)
2000年度: 37,400千円 (直接経費: 37,400千円)
1999年度: 36,600千円 (直接経費: 36,600千円)
1998年度: 40,000千円 (直接経費: 40,000千円)
1997年度: 40,000千円 (直接経費: 40,000千円)
キーワードRNA / リボザイム / グループIイントロン / 分子デザイン / ハンマーヘッド型リボザイム / snRNP / リボソーム / スプライソソーム / ヘアピン型リボザイム / ンマーヘッド型リボザイム / G167 / GNRA-receptor 4 / マキシザイム / U6snRNA / RNase P / 23SリボソームRNA / 酵素 / 分子設計 / 反応機構 / スプライシング / catalyticRNA
研究概要

(1)天然のリボザイムの活性発現に要求される各種構造ユニットの系統的な解析(2)各種リボザイムの構造形成,機能発現に必要なRNA分子構築原理の解明(3)分子デザインおよびセレクション法による新規なリボザイムの構築,創製を研究目的とし(1)Group I intron RNAの解析と分子デザイン,分子構築およびセレクション(2)ハンマーヘッド型リボザイムなどsmallリボザイムの解析,分子デザイン,分子構築および応用(3)リボソーム,スプライソゾームなど高次機能性RNAの解析をおこなった。具体的には、Group I intron RNAの三次構造を決定する構造単位の同定とその構成要素の解析をおこない,それらが関与するRNA構造単位間の新規RNA-RNA相互作用を発見した.さらにそれらがintron RNAのリボザイム活性に与える影響を明らかにした.また同リボザイムのconserved coreと呼ばれる中心骨格の解析を進め,これを構成する構造単位中,リボザイム活性発現に必須な領域を同定した.この発見を基に,T4ファージ由来のintron RNAを用いて,単分子RNAからなるミニマルリボザイム(活性を発現できる最小の構造単位)を作成し,P3-P7のみを有する単分子RNAにおいても,活性を発現させることに成功した.さらにRNAの分子進化のシュミレーション実験に成功した。また、アロステリックな活性調節が可能であり,in vivoで通常のハンマーヘッド型リボザイムより,効率よく作用する2量体ショートリボザイム(maxizyme)の構築に成功した.さらには、新規RNA-プロテインハイブリッド型リボザイムの構築にも成功した.in vivoでpol III系のtRNA発現系を用いることによりRNAの局在を制御し,マキシザイムを作用させることにより,異常型mRNAをもつがん細胞のみに,特異的にアポトーシスを起こさせることに成功した.さらにハイブリッド型リボザイムライブラリーを用いたジーンディスカバリーシステム開発を行い、機能遺伝子の同定を試みアポトーシスや細胞増殖に関わる機能遺伝子を多数同定することに成功した。さらに、哺乳動物ミトコンドリアのリボソームの短縮したRNAの部分をタンパク質がどのように代替するのかを生化学的,構造生物学的解明した.リボソームGTPaseセンターで中心となるstalkタンパク質群のrRNAへの結合は,二つのRNAドメインの機能構造形成に関わることを明らかにした.さらに,この複合体は,rRNAの伸長因子結合部位ばかりではなく,decodingサイトの機能構造にも影響を与えることを明らかにした.U4/U6 snRNP構成因子である分裂酵母Prp1(pre-mRNA processing 1)と遺伝学的手法によって相互作用が検出されたPrp12をコードする遺伝子をクローニングした。その結果、splicing反応の初期において見られるcommitment complexからspliceosomeへの変換に必要U4/U6snRNPとU2snRNP間の相互作用には、U2-U6snRNA間の水素結合による相互作用だけでなく、それらのsnRNAに結合している蛋白質間の相互作用も重要であることを明らかにした。またPrp12pは,ヒトのU2snRNP結合因子SAP130の分裂酵母ホモログであることを明らかにし,基質特異的に細胞周期関連遺伝子がpre-mRNAスプライシングに関与することを明らかにした

報告書

(5件)
  • 2001 研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 1999 実績報告書
  • 1998 実績報告書
  • 1997 実績報告書
  • 研究成果

    (75件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (75件)

  • [文献書誌] Atsumi, S.: "Design and development of a catalytic ribonucleoprotein"EMBO.J.. 20. 5453 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Oe Y.: "Conserved Base-Pairings between C266-A268 and U307-G309 in the P7 of the Tetrahyme na Ribozyme Is Nonessential for the in vitro Self-Splicing Reaction"Biochem Biophys Res Commun. 284. 948 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ikawa, Y.: "A group I ribozyme derived from the Tetrahymena intron performs the self-splicing without the conserved base-triples"Genes to Cells. 6. 411-420 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohki, Y.: "A deteriorated triple-helical scaffold accelerates formation of the Tetrahymena ribozyme active-structure"FEBS Lett.. 493. 95-100 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 井川 善也: "究極のグループIイントロン"蛋白質 核酸 酵素. 46. 644-651 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohki,Y.,Ikawa,Y.,Shiraishi,H. and Inoue,T.: ""A deteriorated triple-helical scaffold accelerates formation of the Tetrahymena ribozyme active-structure""FEBS Lett.. 493. 95-100 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ikawa,Y.,Yoshioka,W.,Shiraishi,H.and Inoue,T.: ""A group I ribozyme derived from the Tetrahymena intron performs the self-splicing without the conserved base-triples""Genes to Cells. 6. 411-420 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Oe Y, Ikawa Y, Shiraishi H, Inoue T.: ""Conserved Base-Pairings between C266-A268 and U307-G309in the P7 of the Tetrahymena Ribozyme Is Nonessential for the in vitro Self-Splicing Reaction""Biochem Biophys Res Commun. 284(4). 948-54 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ikawa,Y.,Nohmi,K.,Atsumi,S.,Shiraishi,H.and Inoue,T.: ""A comparative study on two GNRA-tetraloop receptors : 11-nt and IC3 motifs""J.Biochem. 130. 251-255 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Atsumi,S., Ikawa,Y., Shiraishi,H.and Inoue,T.: ""Design and development of a catalytic ribonucleoprotein""EMBO.J.. 20(19). 5453-5460 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ikawa,Y: "Minimal catalytic domain of a group I self-splicing intron"Nature Struct Biol.. 11. 1032-1035 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Ikawa,Y: "A group I ribozyme derived from the Tetrahymena intron performs the self-splicing without the conserved base-triples"Genes to Cells. (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] K.Sakamoto: "Molecular computation by DNA hairpin formation."Science. 288. 1223-1226 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Suzuki,T: "Structural compensation for deficit of rRNA with proteins in mammalian mitochondrial ribosome ; systematic analysis of protein components of the large ribosomal subunit from mammalian mitochondria"J.Biol.Chem. (2001)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Warashina,M: "Novel RNA-protein hybrid ribozymes efficiently cleave any mRNA independently of the structure of the target RNA."Proc.Natl.Acad.Sci.USA. (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Habara,Y: "Mutation in the prp12+ gene encoding a homologue of SAP130/SF3b130 causes differential inhibition of pre-mRNA splicing and arrest of cell-cycle progression in Schizosaccharomyces pombe."RNA. (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Tan Inoue: "Trans-activation of the Tetrahymena group I intron ribozyme via a non-native RNA-RNA interaction"Nucleic Acids Research. 27・7. 1650-1655 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Tan Inoue: "A conserved motif in group IC3 introns is a new class of GNRA receptor"Nucleic Acids Research. 27・8. 1859-1865 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Tan Inoue: "Characterization of P8 and J8/7 elements in the conserved core of the Tetrahymena group IO intron ribozyme"Biochemical and Biophysical Research Communications. 267. 85-90 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Tan Inoue: "Requiremwnts for alternative forms of the activator domain, P5abc< in the Tetrahymena ribozyme"FEBS Letters. 462. 273-278 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Komatsu, Y.: "Effects of a high-affinity antibody fragment on DNA polymerase reactions near a (6-4) photoproduct site"Photochem Photobiol. 69. 226-230 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Komatsu, Y.: "Investigation of the recognition of an important uridine in an internal loop of a hairpin ribozyme prepared using post-synthetically modified oligonucleotides"Nucleic Acids Res.. 27. 4314-4323 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Komatsu, Y.: "Conformational multiplicity of the antibody combining site of a monoclonal antibody specific for a (6-4) photoproduct"J. Mol. Biol.. 290. 731-740 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Komatsu, Y.: "DNA binding mode of the Fab fragment of a monoclonal antibody specific for cyclobutane pyrimidine dimer"Nucleic Acids Res. 28. 944-951 (2000)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Taira, K.: "tRNA Val-heterodimeric maxizymes with high potential as gene-inactivating agent : simultaneous cleavage at two sites in HIV-1 tat mRNA in cultured cells"Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96. 1886-1891 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Taira, K.: "Extremely high and specific activity of DNA enzymes in cells with a Philadelphia chromosome"Chem. Biol.. 6. 237-250 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Taira, K.: "CTAB-mediated enrichment for active forms of novel dimeric maxizymes"FEBS Lett.. 448. 67-74 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Taira, K.: "Specificity of novel allosterically trans- and cis-activated connected maxiz ymes that are designed to suppress BCR-ABL expression"FEBS Lett.. 461. 77-85 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Tokio Tani: "Characterization of the ptr6+ gene in fission yeast : A possible involvement of a transcriptional coactivator TAF in nucleocytoplasmic transport of mRNA"Genetics. 152. 869-880 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Tokio Tani: "A "G" to "A" transition at the last nucleotide of exon 6 of the gc gene (868G-A) may result in either a splice or missensemutation in patients with X-linked severe combined immunodeficiency"Human Genet.. 104. 36-42 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 谷時雄: "実験医学増刊「核-細胞質間輸送と小胞輸送」"mRNAの核外輸送機構. 52 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 谷時雄: "蛋白質核酸酵素、増刊号「細胞核研究の最先端」"mRNAの核外輸送に関与する遺伝子群. 9 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Ikawa,Y.: "Trans-activation of the Tetrahymena ribozyme by its P2-2.1 domains" J.Biochem. 123. 528-533 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Naito,Y.: "P5abc of the Tetrahymena ribozyme consists of three functionally independent elements" RNA. 4. 837-846 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Ikawa,Y.: "Trans-activation of the Tetrahymena group I intron ribozyme via a non-native RNA-RNA interaction" Nucleic Acids Research. 27・7 (in press). (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Ikawa,Y.: "A conserved motif in group IC3 introns is a new class of GNRA receptor" Nucleic Acids Research. 27・8 (in press). (1999)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Komatsu,Y.: "Modification and application of self-trimming hairpin ribozymes to targeting a transcribed RNA in vitro." J.Biochem. 124・5. 986-991 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Koizumi,M.: "Design and anti-HIV-1 activity of hammerhead and hairpin ribozymes containing a stable loop." Nucleosides & Nucleotides. (in press).

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kobayashi,H: "Effets of a high-affinity antibody fragment on DNA polymerase reactions near a (6-4) photoproduct site." Photochem.& Photobio.69・2. 226-230 (1999)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Ota,N.: "Determination of interactions between structured nucleic acids by fluorescence resonance energy transfer (FRET): selection of target sites for functional nucleic acids" Nucleic Acids Res.26. 735-743 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kawasaki,H.: "p300 and ATF-2 are components of the DRF complex, which regulates retinoicacid-and E1A-mediated transcription of the c-jun gene in F9 cells." Genes & Dev.12. 233-245 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kawasaki,H.: "Distinct roles of the co-activators p300 and CBP in retinoic-acid-induced F9-cell differentiation." Nature. 393. 284-289 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Ota,N.: "Effects of helical structures formed by the binding arms of DNAzymes and their substrates on catalytic activity" Nucleic Acids Res.26. 3385-3391 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kuwabara,T.: "Formation of a catalytically active dimer by tRNA Val-driven short ribozymes" Nature Biotechnology. 16. 961-965 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kuwabara,T.: "A novel nallosterically trans-activated ribozyme, the maxizyme, with exceptional specificity in vitro and in vivo." Mol.Cell. 2. 617-627 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kuwabara,T.: "tRNA Val-heterodimeric maxizymes with high potential as gene-inactivating agent: simultaneous cleavage at two sites in HIV-1tat mRNA in cultured cells." Proc.Natl.Acad.Sci.USA96. 1886-1891 (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Shibuya,T.: "Characterization of the ptr6+ gene in fission yeast: A possible involvement of a transcriptional coactivator TAF in nucleocytoplasmic transport of mRNA" Genetics. in press (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kanai,N.: "A “G" to “A" transition at the last nucleotide of exon 6 of the gene(868G-A) may result in either a splice or missense mutation in patients with X-linked severe combined immunodeficiency" Human Genet.104. 36-42 (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Habara,Y.: "The fission yeast prp10+ gene involved in pre-mRNA splicing encodes a homologue of highly conserved splicing factor, SAP155" Nucleic Acids Res.26・24. 5662-5669 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Imamura,O: "Cloning and characterization of a human DEAH-box RNA helicase, a functional homolog of fission yeast Cdc28/Prp8." Nucleic Acids Res.26. 2063-2068 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Nitta,I.: "Possible involvement of Escherichia coli 23S ribosomal RNA in peptide bond formation." RNA. 4. 257-267 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Nitta,I.: "Reconstitution of peptide bond formation with Escherichia coli 23S ribosomal RNA domains." Science. 281. 666-669 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Nitta,I.: "A novel cell-free system for peptide synthesis driven by pyridine." Biol.Chem.379. 819-829 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kimoto,M.: "RNA aptamers that specifically bind to the Ras-binding domain of Raf-1" FEBS Letters. 441. 322-326 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kiga,D.: "An RNA aptamer to the xanthine/guanine base with a distictive mode of purine recognition" Nucleic Acids Research. 26・7. 1755-1760 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Seio,K.: "Chemical synthesis and properties of conformationally fixed diuridine monophosphates as builiding blocks of the RNA turn motif" Journal of Organic Chemistry. 63・5. 1429-1443 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Ikawa,Y.: "Long-range interaction between the P2.1 and P9.1 peripheral domains of the Tetrahymena ribozyme." Nucleic Acids Research. 25. 1761-1765 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Ikawa,Y.: "Idertification of the nucleotides in the A-rich bulge of the Tetrahymena ribozyme responsible for an efficient self-splicing." J.Biochem. 122. 878-882 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Ikawa,Y.: "Trans-activation of the Tetrahymena ribozyme by its P2-2.1 domains" J.Biochem. 123. 528-533 (1998)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Naito: "P5abc of the Tetrahymena ribozyme consists of three functionally independent elements" RNA. (in press).

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Komatsu,Y.: "A new type of hairpin ribozyme consisting of three domains." Biochemistry. 36. 9935-9940 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Komatsu,Y.: "Construction of hairpin ribozymes with a three-way junction." Bioorg.Med.Chem.5. 11063-11069 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Urushiyama,S.: "The prp1+gene required for pre-mRNA splicing in Schizosaccharomyces pombe encodes a protein that contains TPR motifs and is similar to Prp6p of budding yeast." Genetics. 147. 101-115 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] J-H.Park: "Structure and expression of the gsa-1 gene encoding a G protein a (s) subunit in C. elegans" Gene. 194. 183-190 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] A.K.Azed: "Isolation and molecular characterization of mRNA transport mutants in Schizosaccharomyces pombe" Mol.Biol.Cell. 8. 825-841 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Nitta,I.: "Possible involvement of Escherichia coli 23S ribosomal RNA in peptide bond formation." RNA. 4・3. 257-267 (1998)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Nitta,I.: "A novel cell-free system for peptide synthesis driven by pyridine." Bio.Chem.(in press).

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] D.Kiga,: "An RNA aptamer to the xanthine/guanine base with a distinctive mode of purine recognition" Nucleic Acids Research. (in press).

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Koizumi,M.: "Design and anti-HIV-1 activity of hammerhead and hairpin ribozymes containing a stable loop." Nucleosides & Nucleotides. (in press).

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Warashina,M.: "Entropically driven enhancement of cleavage activity of aDNA-armed hammerhead ribozyme : mechanism of action of hammerhead ribozymes." J.Org.Chem.62. 9138-9147 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Fujita,S.: "Discrimination of a single base change in a ribozyme using the gene for dihydrofolate reductase as a selective marker in Escherichia coli." Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 94. 391-396 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Zhou,D.-M.: "Explanation by thedouble-metal-ion mechanism of catalysis for the differential metal ion effects on the cleavage rates of 5'-oxy and 5'-thio substrates by a hammerhead ribozyme." Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 94. 14343-14348 (1997)

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  • [文献書誌] Kuwabara,T.: "Comparison of the specificities and catalytic activities of hammerhead ribozymes and DNA enzymes with respect to the cleavage of BCR-ABL chimeric L6 (b2a2) mRNA." Nucleic Acids Res.25. 3074-3082 (1997)

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Imamura,O.: "Cloning and characterization of a human DEAH-box RNA helicase,a functional homolog of fission yeast Cdc28/Prp8." Nucleic Acids Res.(in press).

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      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 新田至, 上田卓也, 渡辺公綱: "リボソームとRNAワールド" 化学と生物 36(4), 92 (1998)

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公開日: 1997-04-01   更新日: 2016-04-21  

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