| 研究課題/領域番号 |
09440225
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
無機化学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
黒田 玲子 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (90186552)
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| 研究期間 (年度) |
1997 – 2000
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| 研究課題ステータス |
完了 (2000年度)
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| 配分額 *注記 |
7,200千円 (直接経費: 7,200千円)
2000年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
1999年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
1998年度: 3,700千円 (直接経費: 3,700千円)
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| キーワード | 誘起CDスペクトル / DNA-リガンド相互作用 / ポルフィリン錯体 |
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| 研究概要 |
DNAリガンドによる塩基配列認識機構の解明は、遺伝子発現など生命現象の根幹に関わる重要な課題である。われわれはDNA-リガンド相互作用を分子・原子レベルで理解するために低分子量金属錯体を研究対象とし、特にアキラルなポルフィリン錯体がキラルなDNAに結合するときに誘起されるCD(Circular dichroism)を利用して研究を進めてきた。major groove binding,minor groove binding,intercalationなど結合モードによりポルフィリン錯体が異なった誘起CDスペクトルを示しこれより結合様式が帰属できることを明らかにしたが、さらに、これを定量的解析に発展させ、2通りの分解方法の開発を並行して行った。1つは遺伝的アルゴリズムとsteepest descent methodとを組み合わせたもの、もうひとつはCDスペクトルのDNA濃度による規格化を行いr値に対する変化から半経験的に解析する方法である。前者ではスペクトル近似にLorentz曲線やGauss曲線を使わず、光のエネルギーに対するt-分布関数を採用しC、言語によるプログラミングを行った。た。成分数に対するerrorの低下が落ち着いた段階を目安として成分数を見積もった。おおむねシミュレーションには成功している。現在結合定数、サイト数を求めるプログラム書きの最終段階である。もう1方の解析法は、3成分という少ない成分数でスペクトルのシミュレーションがうまくいくが、結合モードとの対応などにさらなる工夫が必要である。DNA結合蛋白とDNAの相互作用様式解析に用いるべく、ペプチド(アミノ酸残基)を結合した修飾ポルフィリンの合成も試みた。
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