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DNA解析に基づく原生生物を用いた生物環境調査支援システムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 09554025
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 層位・古生物学
研究機関静岡大学

研究代表者

北里 洋  静岡大学, 理学部, 教授 (00115445)

研究分担者 山内 清志  静岡大学, 理学部, 助教授 (50201827)
三島 京子  新日本気象海洋株式会社, 環境情報研究所, 研究部員
千葉 聡  東北大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (10236812)
研究期間 (年度) 1997 – 1999
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
12,900千円 (直接経費: 12,900千円)
1999年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
1998年度: 2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
1997年度: 8,700千円 (直接経費: 8,700千円)
キーワードDNA / 原生生物 / 生物環境指標 / 支援システム / データベース / 多様性 / 適応形態 / 有孔虫 / 環境調査 / 珪藻
研究概要

本研究は,原生生物の核DNAの塩基配列を解析して,環境指標種の遺伝子データベースを作ることを目的としている。そのために,環境指標となりうる原生生物のDNA解析を行い,DNAによる種カタログを作ることを第一の目標とする。その後,それぞれの種の環境情報データと組み合わせ,DNA塩基配列に基づいた生物環境調査支援システムを構築する。研究は次のように実施した。1)まず環境指標種になりうる原生生物種の個体群を確保した。試料採集は,浦の内湾・浜名湖・下田湾・小湊湾・松島湾・サロマ湖・サンフランシスコ湾で行った。有孔虫は内湾種のうち,貧酸素環境の指標であるAmmonia beccarii forma 1と,forma 2,Bulimina marginata/aculeata Group,富栄養化の指標であるTrochammina hadaiを重点に解析した。とくに,T.hadaiとA.beccariiは,個体群内の遺伝的変異を検討するために,一ヶ所で多くの個体を解析するように心がけた。また,岩礁地のGlabratella属についても解析した。2)飼育培養した原生生物,6種約200個体からDNAを抽出した。DNAは原生生物に特異的なプライマーを用いて増幅した。増幅部分は,核DNAのうちリボゾームをコードする,LSU rDNAの約1200塩基対,SSU rDNAの約1000塩基対およびITS領域である。PCR産物は精製し,クローニングを行ったのち,シーケンスした。3)DNA解析に用いた種類は,低真空走査型電子顕微鏡を用いて形態的な特徴を把握するとともに,写真を撮って記録した。4)DNA解析結果は,パーソナルコンピュータに保存し,データベースを作った。5)上記の有孔虫種については,自然個体群の経年観察および飼育実験の結果を解析し,環境要素に対する生理・生態的な特性を把握するとともに,形態変異と環境との相関についてもまとめた。6)以上のデータを総合して,生物環境調査支援システムを構築した。研究成果は7編の論文にして公表した.

報告書

(4件)
  • 1999 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1998 実績報告書
  • 1997 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (19件)

  • [文献書誌] 北里 洋: "実験古生物学的手法による古海洋環境指標の確立―総括と展望―"地学雑誌. 107. 258-273 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 北里 洋: "有孔虫はなぜ環境や古環境の指標として使えるのか?"鹿児島大学南太平洋海域調査研究報告. 32号. 3-17 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kitazato,H.: "Recognition of breeding populations in foraminifera : an example using the genus Glabratella"Paleontological Research. 4巻1号(印刷中). (2000)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tsuchiya,M.: "Phylogenetic relationships among species of Glabratellidae(Foraminifera) inferred from ribosomal DNA sequences"the Biology of Foraminifera II. 受理.

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 土屋 正史: "形態と分子から見た有孔虫の種"日本プランクトン学会誌. 47巻・1号(印刷中). (2000)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Toyofuku,T.: "Evaluation of Mg/Ca thermometry in foraminifera : Comparison of experimental results and measurements in nature"Paleoceanography. 受理.

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroshi KITAZATO: "Experimental Paleontology: An effective approach for screening and establishing biolobgical proxies of Paleoceanography --Review and perspective."Journal of Geography. Vol. 107, no. 2. 258-273 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroshi KITAZATO and Masashi TSUCHIYA: "Why are foraminifera usuful proxies for modern and ancient marine environments?"Occasional Papers, no. 32 Kagoshima University Research Center for the Pacific Islands, 3-17. (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroshi KITAZATO, Masashi TSUCHIYA and Kenji TAKAHARA: "Recognition of breeding populations in foraminifera: an example using the genus Glabratella."Paleontological Research. Vol. 4, no. 1(in press).

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masashi TSUCHIYA, Hiroshi KITAZATO and Jan Pawlowski: "Phylogenetic relationships among species of Glabratellidae (Foraminifera) inferred from ribosomal DNA sequences."In John J. Lee, (ed.), the Biology of Foraminifera II Micropaleontology Press, New York. (in press).

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masashi TSUCHIYA and Hiroshi KITAZATO: "Species in foraminifera: speculations on the basis of morphological, ecological and genetic data."Journal of Plankton Society of Japan. Vol. 47, no. 1(in press).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takashi TOYOFUKU, Hiroshi KITAZATO, Hodaka KAWAHATA, Masashi TSUCHIYA and Masato NOHARA: "Evaluation of Mg/Ca thermometry in foraminifera: Comparison of experimental results and measurements in nature."Paleoceanography. (accepted.).

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 北里洋: "有孔虫はなぜ環境や古環境の指標として使えるのか?"鹿児島大学南太平洋海域調査研究報告. 32号. 3-17 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Kitazato,H.: "Recognition of breeding populations in foraminifera : an example using the genus Glabratella"Paleontological Research. 4巻・1号(印刷中). (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Tsuchiya,M.: "Phylogenetic relationships among species of Glabratellidal (Foraminifera) inferred from ribosomal DNA sequences."The Biology of Foraminifera II. (受理).

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 土屋正史: "形態と分子から見た有孔虫の種"日本プランクトン学会誌. 47巻・1号(印刷中). (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 土屋正史: "有孔虫における分子系統解析:底生有孔虫Glabratellidaeを例として"月刊海洋. (受理).

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 北里 洋: "化石研究会編 新版化石の研究法"共立出版 (印刷中). (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 北里 洋、土屋正史: "有孔虫はなぜ環境や古環境の指標として使えるのか?" 鹿児島大学多島圏海域センター報告. (印刷中).

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書

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公開日: 1997-04-01   更新日: 2016-04-21  

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