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哺乳動物染色体のバンド境界部位の機能構造

研究課題

研究課題/領域番号 09640740
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 遺伝
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

池村 淑道  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)

研究分担者 天前 豊明  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助手 (70270460)
研究期間 (年度) 1997 – 1998
研究課題ステータス 完了 (1998年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
1998年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
1997年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
キーワード染色体バンド境界 / 複製タイミング / ポリプリン / ポリピリミジン配列 / セントロメア / 複製の休止 / MHC領域 / X不活性化中心 / GC含量 / 染色体バンド / バンド境界 / X不活化中心
研究概要

高等脊椎動物の染色体DNAがGC含量のMbレベルの区分構造よりなり、この巨大区分構造がバンド領域と関係することを報告してきた。バンド領域はS期内の複製タイミングにも関係しており、遺伝子密度や組換え頻度ならびに放射線感受性等を異にしている。構造上のみならず、機能上のドメインとして理解されるようになってきた。複製タイミングのスイッチ点やGC含量のモザイク境界については、塩基配列レベルで特定できる可能性が高く、境界を特徴づけるシグナル群が存在する可能性も考えられる。この視点に立って、ヒトMHCとその周辺の非MHC領域、ならびにX染色体のX不活化センター(XIC)とその周辺および偽常染色体境界を具体例に解析を行った。広範囲の複製タイミングを解析し、タイミングの転換が見い出された領域については、密に測定することで、タイミングの転換部位を限定し、GC含量の変移との関係や、光学顕微鏡レベルでのバンドとの関係を解析した。MHCクラスIと非MHC領域との境において明瞭な複製時期の差が見い出され、AT-richである非MHC領域がS期の遅い時期に複製することを見い出した。FISH解析を組み合わせて、この部位が6p21.3とp22.1の境界と推定した。XICについては、そのセントロメア側に位置する約250kbの逆位配列の近傍ならびにXIST領域において、複製時期がS期前半から後半へ転換していた。XIST領域は配列の情報が蓄積しており、詳細な解析が行える。XIST遺伝子の3側の部位でタイミングが大きく変移していた。いずれの境界部位においても、数種類の特徴構造が存在していたが、3重鎖を形成する大型のポリプリン/ポリピリミジン配列は特に興味深い。in vitroの研究により、3重鎖が複製フォークの進行を止めることが報告されている。ポリプリン/ポリピリミジン配列のみで複製の制御が可能とは考えられないが、これらの配列がヒト間期核内で3重鎖を形成することを確認している。それらの3重鎖構造は、間期核内で空間的にはセントロメアに近接していた。

報告書

(3件)
  • 1998 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1997 実績報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (32件)

  • [文献書誌] 大野みずき: "Non-B DNA structures spatially and sequence-specifically associated with individual centromeres in the human interphase nucleus." Chromosomes Today. 13(in press). (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 池村淑道: "Genome and subnuclear organization of non-B forming DNAs in mammalian chromosomes." Cytogenet Cell Genet. 81. 101-102 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 椎名崇: "Nucleotide sequencing analysis of the 146 kb segment around the IKBL and MICA genes at the centromeric end of the HLA class 1 region." Genomics. 47. 372-382 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 生田智樹: "Structural analysis of mouse tenascin-X: evolutionary aspects of reduplication of FNIII repeats in the tenascin gene family." Gene. 217. 1-13 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 大野みずき: "Triplex-forming DNAs in the human interphase nucleus visualized in situ by polypurine/polypyrimidine DNA probes and anti-triplex antibodies. Triplex-forming DNAs are spatially and sequence-specifically associated with distinct centromeres." submitted.

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 渡辺良久: "Borders of early and late replication zones are present in and around the human X-inactivation center(XIC): correlation with chromosome band zones." submitted.

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 天前豊明: "Precise switching of DNA replication timing in the GC content transition area in the human major histocompatibility complex." Mol.Cell.Biol.17. 4043-4050 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 菅谷公彦: "Gene organization of human NOTCH4 and (CTG)n polymorphism in this human counterpart gene of mouse proto-oncogene Int3." Gene. 189. 235-244 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 安藤麻子: "Triplet repeat polymorphism in the NOTCH4 gene within the human major histocompatibility complex in a healthy population and patients with a salivary gland tumor in Japan." Tissue Antigens. 50. 66-70 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 安藤麻子: "Triplet repeat polymorphism within the NOTCH4 gene located near the junction of the HLA class II and class III regions in narcolepsy." Tissue Antigens. 50. 646-649 (1997)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizuki ohn: "Non-B DNA structures spatially and sequence-specifically associated with individual centromeres in the human interphase nucleus." Chromosomes Today. 13(in press). (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Toshimichi Ikemura: "Genome and subnuclear organization of non-B forming DNAs in mammalian chromosomes." Cytogenet Cell Genet. 81. 101-102 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takasi Shiina: "Nucleotide sequencing analysis of the 146 kb segment around the IKBL and MICA genes at the centromeric end of the HLA class 1 region." Genomics. 47. 372-338 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tomoki Ikuta: "Structural analysis of mouse tenascin-X : evolutionary aspects of reduplication of FNIII repeats in the tenascin gene family." Gene. 217. 1-13 (1998)

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      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Toyoaki tenzen: "Precise switching of DNA replication timing in the GC content transition area in the human major histocompatibility complex." Mol.Cell, Biol.17. 4043-4050 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kimihiko Sugaya: "Gene organization of human NOTCH4 and (CTG)n polymorphism in this human counterpart gene of mouse proto-oncogene Int3." Gene. 189. 235-244 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Asako Ando: "Triplet repeat polymorphism in the NOTCH4 gene within the human major histocompatibility complex in a healthy population and patients with a salivary gland tumor in Japan." Tissue Antigens. 50. 66-70 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Asako Ando: "Triplet repeat polymorphism within the NOTCH4 gene located near the junction of the HLA class II and class III regions in narcolepsy." Tissue Antigens. 50. 646-649 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] mizuki Ohno: "Tripex-forming DNAs in the human interphase nucleus visualized in situ by polypurine/polypyrimidine DNA probes and anti-triplex antibodies. Triplex-forming DNAs are spatially and sequence-specifically associated with distinct centromeres." (submitted).

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yosihisa watanabe: "Borders of early and late replication zones are present in and around the humanX-inactivation center (XIC) : correlation with chromosome band zones." (submitted).

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 大野 みずき: "Non-B DNA structures spatially and sequence-specifically associated with individual centromeres in the human interphase nucleus." Chromosomes Today. 13(in press). (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 池村 淑道: "Genome and subnuclear organization of non-B forming DNAs in mammalian chromosomes." Cytogenet Cell Genet. 81. 101-102 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 椎名 崇: "Nucleotide sequencing analysis of the 146 kb segment around the IKBL and MICA genes at the centromeric end of the HLA class I region." Genomics. 47. 372-382 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 生田 智樹: "Structural analysis of mouse tenascin-X:evolutionary aspects of reduplication of FNIII repeats in the tenascin gene family." Gene. 217. 1-13 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 大野 みずき: "Triplex-forming DNAs in the human interphase nucleus visualized in situ by polypurine.polypyrimidine DNA probes and anti-triplex antibodies.Triplex-forming DNAs are spatially and sequence-specifically associated with distinct centromeres." (submitted).

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 渡辺 良久: "Borders of early and late replication zones are present in and around the human X-inactivation center(XIC):correlation with chromosome band zones." (submitted).

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 安藤 麻子: "cDNA cloning,Northern hybridization and mapping analysis of a putative GDS(guanine nucleotide dissociation stimulator of G proteins)-related protein gene at the centromeric ends of the human and mouse MHC regions." Immunogenetics. in press (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 天前 豊明: Mol.Cell.Biol.17. 4043-4050 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 菅谷 公彦: Gene. 189. 235-244 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 安藤 麻子: Tissue Antigens. 50. 646-649 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 椎名 隆: Genomics. in press. (1998)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] 安藤 麻子: Tissue Antigens. 50. 66-70 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書

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公開日: 1997-04-01   更新日: 2016-04-21  

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