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母性遺伝するミトコンドリアDNAにみられる地域変異を各地のニホンザルで比較した。81地点由来の合計105個体について、Dループ領域の412塩基配列を解読した。この結果、43種類のタイプを区別した。クラスター分析を行った結果、ニホンザル全体は東日本と西日本の2つのグループに大別できた。両グループの境界は近畿地方と中国地方の境界付近にあると予想された。なお例外的に、奥多摩・秩父のサルは東日本に分布するものの西日本グループのクラスターに属していた。一般的にミトコンドリアDNAの変異は特定箇所に局在化する傾向が強い。しかし、東北地域では例外的にひとつのタイプが広範囲に分布している。また、東日本のタイプ間では相互の塩基置換数が西日本のタイプ間の場合にくらべて少ない傾向が認められた。日本列島に生息するニホンザルの地域個体群にこうしたミトコンドリアDNAの東西分化があることは、ニホンザルの成立や分布地域の変遷と深く関係すると考えられる。ニホンザルは母系社会をもち、移住パターンの性差が著しい。一般に、オスは成熟に達する前後で出生群から拡散するのに対して、メスは群分裂を介してしか他処へ移住しない。つまり、この遺伝子は群分裂の経過を反映することになる。母性遺伝するミトコンドリアDNAにおいて、地域個体群間の分化が西日本にくらべて東日本で低いことは、東日本における分布地域の変遷や拡大が時間的に新しく、その影響が残りやすかったと解釈できる。特に、東北地域では極端に限られたタイプしか身いだせないことから、最終氷河期以降に祖先が急激に北上したことを反映した結果と考えられる。ニホンザルはヒトを除く現生霊長類の北限に分布し、寒冷適応を遂げている。しかし、その成立過程では、温暖化の時期には分布地域を北部あるいは高地へ拡大させ、寒冷化の時期には南部あるいは低地へ変えてきたのが実態であろう。
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