• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

ゲノムワイド疾患関連遺伝子同定のための遺伝統計学手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 09F09353
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分外国
研究分野 医療社会学
研究機関新潟大学

研究代表者

赤澤 宏平  新潟大学, 医歯学総合病院, 教授

研究分担者 HOQUE Md.Aminul  新潟大学, 医歯学総合病院, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2011年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
2010年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2009年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
キーワード生存時間解析 / 生存予後 / 多変量回帰モデル / 比例ハザードモデル / 前立腺癌 / リスク分類 / ベイジアンネットワーク / ロジスティック回帰モデル / 再発リスク / マイクロアレイデータ / 研究デザイン / サンプルサイズ / ロジスティック回帰分析 / リスク解析
研究概要

個々の患者の生存予後予測、即ち、遺伝子解析データ、先天的要因、診断時の臨床所見等から癌摘出手術を行ってから再発・死亡するまでの生存率曲線を予測することが、臨床の現場では有用となる。生存時間解析での打ち切り症例(フォローアップ途中に観察が打ち切られた症例のこと)を考慮に入れた多変量回帰モデルにより、個々の患者の無再発率や生存率を予測することが可能である。そこで、それぞれの疾患での独立で有意な予後規定因子から、ある経過年後の生存率(たとえば、5年生存率)を臨床の現場で推定する方法を検討した。
前立腺癌患者の生存率予測を行った。対象症例は211例の根治的前立腺切除症例である。癌摘出後、癌が再発するまでの時間を評価尺度とした。収集されたデータ項目は、PSA値(他の論文を参照して5つのカテゴリーに分割)、Gleasonスコア、癌の深達度分類(T1/T2,T3a)、PPB、手術時年齢(50歳未満、50歳以上)、の5因子である。また、これら5因子を使い米国で開発されたUCSF-CAPRAスコア(0点から10点まで)が計算された。無再発率を予測するために、多変量生存時間解析手法のCoxの比例ハザードモデルを用いた。また、Harrellの一致係数(c-index)が予測精度を定量的に評価するために用いられた。比較のために、D'Amico分類やCAPRAのリスク分類も計算された。
CAPRAスコアによる低リスク群、中間リスク群、高リスク群の人数は、それぞれ85例(40.3%)、106例(50.2%)、20例(9.5%)であった。D'Amicoのリスク分類の低リスク群、中間リスク群、高リスク群の人数は、それぞれ66例(31.3%)、89例(42.2%)、56例(26.5%)であった。cAPRAスコアとD'Amicoのリスク分類の一致係数(c-index)は、それぞれ0.755と0.713でありCAPRAスコアの方が予測精度が高いことが示唆された。これらに基づき、日本人にあった予後予測モデルの構築がなされた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究計画書に記載された研究目的がほぼ達成され、その成果は英文論文誌に掲載された。

今後の研究の推進方策

すでに終了した研究である。

報告書

(3件)
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2012 2011 2010

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] High-Risk Ovarian Cancer Based on 126-Gene Expression Signature Is Uniquely Characterized by Downregulation of Antigen Presentation Pathway2012

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Yoshihara
    • 雑誌名

      Clinical Cancer Research

      巻: 18 号: 5 ページ: 1374-1385

    • DOI

      10.1158/1078-0432.ccr-11-2725

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] External Validation of the UCSF-CAPRA (University of California, San Francisco, Cancer of the Prostate Risk Assessment) in Japanese Patients Receiving Radical Prostatectomy2011

    • 著者名/発表者名
      Fumio Ishizaki
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Clinical Oncology

      巻: 41 号: 11 ページ: 1259-1264

    • DOI

      10.1093/jjco/hyr136

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metabolic flux distribution and mathematical models of dynamic simulation of carbon metabolism in Escherichia coli2011

    • 著者名/発表者名
      Hoque M.A, Attia K, Alattas O, Merican, A.F.
    • 雑誌名

      African Journal of Biotechnology

      巻: 10(12) ページ: 2340-2352

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Application of Bayesian Networks to Decision Making in Lymph Node Metastasis of Colorectal Cancer2011

    • 著者名/発表者名
      Md.Aminul Hoque
    • 学会等名
      19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 10th European Conference on Computational Biology
    • 発表場所
      オーストリア・ウィーンAUSTRIA CENTER VIENNA
    • 年月日
      2011-07-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Application of Bayesian network model to decision making in clinical practice2010

    • 著者名/発表者名
      Md.Aminul Hoque
    • 出版者
      SCIYO Inc(In press)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

URL: 

公開日: 2009-04-01   更新日: 2024-03-26  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi