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哺乳動物細胞における核内non-coding RNAの特異的分解制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 09J05282
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生物系薬学
研究機関東京大学

研究代表者

谷 英典  東京大学, アイソトープ総合センター, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
2011年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2010年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2009年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワードnon-coding RNA / RNA分解 / Bromo-uridine / BRIC / RNA-se / SLiT / HOTAIR / CDKN2B-AS1 / MALAT-1 / MENε/β / exosome / 哺乳動物細胞 / BRIC法 / パラスペックル / Xrn2 / PM / Scl-75 / Scl-100 / PARN / Mtr4
研究概要

数十塩基長の短鎖non-codingRNA(ncRNA)はその機能や動態の理解が深まっているが,数百,数千塩基長の長鎖ncRNAの機能のほとんどが未解明であり,膨大なデータから機能性長鎖ncRNAを区別する革新的な指標が望まれていた。mRNAにおいてRNAの安定性とその機能が密接に結びついており,ハウスキーピングタンパク質をコードするmRNAは長寿命だが,調節性タンパク質をコードするmRNAは短寿命であることがわかっている。そこで我々はncRNAにおいてもRNAの安定性を指標とすることで長鎖ncRNAの機能を定義できるのではないかと考えた。まず,細胞内のRNAの安定性をゲノムワイドにモニタできる手法として,BRIC-seq(5'-BRomo-uridine Immunoprecipitation Chase-deep sequencing analysis)を開発し,HeLa細胞中の11,052個のmRNA,1,389個のncRNAの安定性を測定した。その結果,mRNAでは上記で予想された結果が得られ,さらに,ncRNAにおいては,細胞内で安定な状態で存在するRNA群にはハウスキーピング様の機能を有するncRNAが有意に濃縮されており,不安定なRNA群には調節性の核内longncRNAが含まれていることを発見した。我々はこの不安定なncRNA群をSLiTs(Short Lived non-coding Transcripts)と命名した。さらに機能未知のSLITsに対して解析を進めた結果,細胞増殖に重要な役割を担う長鎖ncRNAや,外部刺激により安定性が変化する長鎖ncRNAを多数発見した。以上のことから,RNAの安定性は長鎖ncRNAの機能を定義する上で重要な指標となっており,その安定性を調べることは,長鎖ncRNAの機能解明への強力なカギになると考えられる。

報告書

(3件)
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (26件) 図書 (1件) 産業財産権 (3件)

  • [雑誌論文] Genome-wide determination of RNA stability reveals hundreds of short-lived non-coding transcripts in mammals2012

    • 著者名/発表者名
      Tani, H.
    • 雑誌名

      Genome Res

      巻: (in press) 号: 5 ページ: 947-956

    • DOI

      10.1101/gr.130559.111

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inhibition of hepatitis C Virus NS3 helicase by manoalide2012

    • 著者名/発表者名
      Salam, K.A.
    • 雑誌名

      J.Nat.Prod.

      巻: (in press) 号: 4 ページ: 650-654

    • DOI

      10.1021/np200883s

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stability of MALAT-1, a nuclear long non-coding RNA in mammalian cells, varies in various cancer cell.2010

    • 著者名/発表者名
      Tani, H., et al.
    • 雑誌名

      Drug Discoveries and Therapeutics

      巻: 4 ページ: 235-239

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Real-time monitoring of RNA helicase activity using fluorescence resonance energy transfer in vitro.2010

    • 著者名/発表者名
      Tani, H., et al.
    • 雑誌名

      Biochemical Biophysical and ResearchCommunications 393

      ページ: 131-136

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative detection of chloroethene-reductive bacteria Dehalococcoides spp. using alternately binding probe competitive polymerase chain reaction.2010

    • 著者名/発表者名
      Miyata, R., et al
    • 雑誌名

      Molecular and Cellular Probes 24

      ページ: 131-137

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Universal quenching probe system : flexible, specific, and cost-effective real-time PCR method.2009

    • 著者名/発表者名
      Tani, H., et al
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry 81

      ページ: 5678-5685

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification and characterization of novel genotoxic stress-inducible nuclear long noncoding RNAs in mammalian cells

    • 著者名/発表者名
      Mizutani, R.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: (in press)(in pressのため未取得)

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inhibition of hepatitis C virus replication and viral helicase by ethyl acetate extract of the marine feather star Alloeocomatella polycladia

    • 著者名/発表者名
      Yamashita, A.
    • 雑誌名

      Mar.Drugs

      巻: (in press)(in pressのため未取得)

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 海洋生物抽出物より取得したcholesterol sulfateによるC型肝炎ウイルスNS3 helicase阻害作用2011

    • 著者名/発表者名
      古田篤史
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京(東京農工大学)
    • 年月日
      2011-09-27
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Genome-wide determination of RNA stability defines functionality of long non-coding RNAs in mammals2011

    • 著者名/発表者名
      Tani, H.
    • 学会等名
      EMBO meeting
    • 発表場所
      Austria Center Vienna, Vienna, Austria
    • 年月日
      2011-09-11
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 新規ヒトlong non-coding RNAの探索と機能解析2011

    • 著者名/発表者名
      水谷玲菜
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2011
    • 発表場所
      愛知(あいち健康プラザ)
    • 年月日
      2011-08-31
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 新規ヒトlong non-coding RNAの探索と機能解析2011

    • 著者名/発表者名
      水谷玲菜
    • 学会等名
      平成23年度エンライトニングセミナー
    • 発表場所
      東京(東京理科大学)
    • 年月日
      2011-07-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Identification of novel human long non-coding RNAs involved in cell proliferation2011

    • 著者名/発表者名
      Mizutani, R.
    • 学会等名
      RNA2011
    • 発表場所
      Kyoto International Conference Center, Kyoto, Japan
    • 年月日
      2011-06-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] RNA stability defines functionality of long noncoding transcripts in mammals2011

    • 著者名/発表者名
      Tani, H.
    • 学会等名
      RNA2011
    • 発表場所
      Kyoto International Conference Center, Kyoto, Japan
    • 年月日
      2011-06-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Identification and biochemical characterization of novel hepatitis C virus NS3 inhibitors, Manoalide and Psammaplin A2011

    • 著者名/発表者名
      Salam, A.K.
    • 学会等名
      RNA2011
    • 発表場所
      Kyoto International Conference Center, Kyoto, Japan
    • 年月日
      2011-06-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 新規ヒトlong non-coding RNAの探索と機能解析2011

    • 著者名/発表者名
      水谷玲菜
    • 学会等名
      第11回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京(東京大学)
    • 年月日
      2011-06-04
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] RNAの安定性が長鎖non-coding RNAの機能を定義する2011

    • 著者名/発表者名
      谷英典
    • 学会等名
      第11回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京(東京大学)
    • 年月日
      2011-06-04
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 海洋生物をライブラリーソースとしたHCV NS3 Helicase活性阻害化合物の検索2011

    • 著者名/発表者名
      山下篤哉
    • 学会等名
      第21回抗ウイルス療法研究会
    • 発表場所
      金沢(金沢市文化ホール)
    • 年月日
      2011-05-29
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Inhibitors against NS3 helicase of hepatitis C virus from coral reef invertebrates2011

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, J.
    • 学会等名
      52nd Annual American Society of Pharmacognosy meeting
    • 発表場所
      Paradise Point Resort & Spa, San Diego, USA
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] エピジェネティックな遺伝子発現制御に対するRNA分解経路の関与2011

    • 著者名/発表者名
      秋光信佳
    • 学会等名
      第5回エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      熊本(KKRホテル熊本)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムワイドな細胞内RNA分解測定法を用いたnon-coding RNAの安定性と機能解析2011

    • 著者名/発表者名
      谷英典
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜(パシフィコ横浜)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 哺乳動物細胞における5-Bromo-Uridineを用いた核内長鎖non-coding RNA分解に関する研究2010

    • 著者名/発表者名
      谷英典, ら
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸(神戸ポートアイランドポートピアホテル)
    • 年月日
      2010-12-08
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 沖縄産ウミシダ(Alloeocomatella polycladia)抽出物の抗HCV NS3 helicase阻害活性によるHCV増殖抑制効果2010

    • 著者名/発表者名
      山下篤哉, ら
    • 学会等名
      第58回日本ウイルス学会
    • 発表場所
      徳島(徳島県郷土文化会館)
    • 年月日
      2010-11-07
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] ABC-HDA法による簡便な遺伝子定量技術の開発2010

    • 著者名/発表者名
      古田篤史, ら
    • 学会等名
      日本生物工学会 2010年度大会
    • 発表場所
      宮崎(宮崎シーガイア ワールドコンベンションセンターサミット)
    • 年月日
      2010-10-28
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 哺乳動物細胞における5-Bromo-Uridineを用いた核内長鎖noncoding RNA分解に関する研究2010

    • 著者名/発表者名
      谷英典, ら
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2010
    • 発表場所
      静岡(IPC生産性国際交流センター)
    • 年月日
      2010-09-27
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Bromouridineを用いた細胞内RNA分解灘定法の開発及び核局在型長鎖non-coding RNA分解に関する研究2010

    • 著者名/発表者名
      谷英典, ら
    • 学会等名
      第12回RNAミーティング
    • 発表場所
      東京(学術総合センター内・一橋記念講堂)
    • 年月日
      2010-07-27
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Pulse-labeling of newly transcribed RNA with 5-Bromo-Uridine for nuclear long non-coding RNA decay in mammalian cells2010

    • 著者名/発表者名
      Tani, H., et al
    • 学会等名
      RNA stability meeting 2010
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Universal quenching probe system : flexible, specific, and cost-effective real-time polymerase chain reaction method2009

    • 著者名/発表者名
      野田尚宏, ら
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 海洋生物抽出液ライブラリーからのC型肝炎ウイルスNS3 helicase活性阻害物質の探索2009

    • 著者名/発表者名
      松田泰嘉, ら
    • 学会等名
      第57回日本ウイルス学会学術集会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-10-26
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 核局在型non-coding RNAであるMALAT-1の分解に関する研究2009

    • 著者名/発表者名
      谷英典, ら
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2009
    • 発表場所
      神奈川
    • 年月日
      2009-09-27
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 新規等温遺伝子定量手法Alternately binding probe competitive helicase-dependent amplification (ABC-HDA)法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      古田篤史, ら
    • 学会等名
      日本生物工学会平成21年度大会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-24
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 蛍光消光現象を利用したC型肝炎ウイルス由来ヘリカーゼ活性阻害剤の探索2009

    • 著者名/発表者名
      松田泰嘉, ら
    • 学会等名
      日本生物工学会平成21年度大会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-24
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Alternately binding probe competitive (ABC)-PCR法を用いた土壌サンプルからのDNA抽出効率算出法2009

    • 著者名/発表者名
      宮田亮, ら
    • 学会等名
      日本生物工学会平成21年度大会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-24
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 核局在型ノンコーディングRNAであるMALAT-1の分解に関する研究2009

    • 著者名/発表者名
      谷英典, ら
    • 学会等名
      第11回RNAミーティング
    • 発表場所
      新潟
    • 年月日
      2009-07-27
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] マリンメタゲノムの有効利用第3章メタゲノム解析におけるFunction-based screening法の高度化2009

    • 著者名/発表者名
      野田尚宏, ら
    • 総ページ数
      279
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [産業財産権] 修飾核酸を用いた細胞内RNA量の変化の測定方法2010

    • 発明者名
      秋光信佳, 谷英典
    • 権利者名
      国立大学法人東京大学
    • 産業財産権番号
      2010-154640
    • 出願年月日
      2010-07-05
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [産業財産権] 核酸定量用試薬及びそれを用いる核酸の定量方法2010

    • 発明者名
      金川貴博, 野田尚宏, 谷英典
    • 権利者名
      独立行政法人産業技術総合研究所
    • 取得年月日
      2010-02-12
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [産業財産権] APOBEC3Gの活性測定方法2009

    • 発明者名
      野田尚宏, 関口勇地, 須藤恭子, 宮田亮, 谷英典, 常田聡
    • 権利者名
      独立行政法人産業技術総合研究所,学校法人早稲田大学
    • 産業財産権番号
      2009-254354
    • 出願年月日
      2009-11-05
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2024-03-26  

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