| 研究分担者 |
菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (80231372)
西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (10093288)
舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (00202424)
池尾 一穂 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (20249949)
斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)
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| 配分額 *注記 |
23,400千円 (直接経費: 23,400千円)
2000年度: 8,200千円 (直接経費: 8,200千円)
1999年度: 4,900千円 (直接経費: 4,900千円)
1998年度: 10,300千円 (直接経費: 10,300千円)
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| 研究概要 |
本研究成果の中で最も重要なのは,「第13回国際塩基配列データベース実務者会議」であるので,それを中心に報告する。本会議は,2000年5月16日〜18日に,米国メリーランド州ベセスダ市内で開催された。DDBJからは,舘野義男教授(DDBJバンク長),菅原秀明教授,宮崎智助手のほか,DDBJスタッフ3名の計6名が参加し,ホストのNCBIおよび欧州のEBIからの参加者とともに,国際塩基配列データベースに関するさまざまな問題を議論した。本会議で決定した重要事項は以下のとおりである。(1)HTGドラフト配列のquality score作成について。ヒトゲノム計画の中心である英米のいわゆるG5(5大配列決定センター)は,GenBank/EMBLに対してquality scoreファイルの自動作成を要求してきた。日本のヒトゲノム配列決定センターからもDDBJに同様のファイル作成の要求があったので,対応することになった。(2)DDBJの提案で,full length insert cDNAのためだけのdivision(FLI)が設けられることになった。(3)DDBJの提案により,これまで普遍遺伝暗号表が用いられてきたplastidに対して,新しく定義された暗号表11を用いることになった。(4)EMBLの提案により,これまで明確な使用方法が確立していなかった/exceptionの使用法を明確にすることになった。(5)GenBankが,/geneの使用を1エントリーあたり1回に制限し,それ以外は同義語として /gene_synを用いることを提案したが,EMBLとDDBJの反対にあい,却下された。このほか,研究代表者の五條堀孝らが,米国,オーストラリア,イタリア,ドイツ,中国の生命情報学関連の研究機関を歴訪し,各国における生命情報学データベースの構築と利用状況を調査した。
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