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単一分子鎖の折り畳みによるナノ秩序構造の自己創出

研究課題

研究課題/領域番号 10044073
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 機能・物性・材料
研究機関京都大学

研究代表者

吉川 研一  京都大学, 大学院・理学研究科, 教授 (80110823)

研究分担者 小穴 英廣  京都大学, 大学院・理学研究科, 助手 (20314172)
熊沢 紀之  茨城大学, 工学部, 助教授 (70137256)
LINDEMAN B.O  ルンド大学, 物理化学科, 教授
KABANOV V.A.  モスクワ大学, 化学学部, 教授
VASILEVSKAYA バレンチナ  ロシア科学アカデミー, ネスメヤノフ有機素子化合物研究所, 上級研究員
KHOKHLOV A.R  ロシア科学アカデミー, ネスメヤノフ有機素子化合物研究所, 教授
研究期間 (年度) 1998 – 1999
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
4,200千円 (直接経費: 4,200千円)
1999年度: 1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
1998年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
キーワード長鎖DNA / コリ-グロビュール転移 / 単一分子鎖観察 / 蛍光顕微鏡 / 単分子凝縮 / 融解転移 / 界面活性剤 / 折り畳み転移 / コイルーグロビュール転移 / コイル-グロビュール転移 / 単分子観察 / ミセル
研究概要

本研究は、長鎖DNA分子のコイル-グロビュール転移の特性やグロビュール微細構造の安定性について実験と理論の両面から明らかにすること、更には高次構造制御の方法論の確立を目的として研究を行った。そして本共同研究において、陽イオン界面活性剤と複合体を形成した長鎖DNA分子を蛍光顕微鏡法を用いて単一鎖観察し、複合体は、アルコール濃度の増加に伴い、グロビュール(凝縮状態)からコイル(沖長状態)を経て再びグロビュールとなる、リエントラントな転移を示すことを発見した。中程度のアルコール濃度でDNAがコイル状態として存在することから、この環境はDNAにとって良溶媒であると示唆される。一方、アルコール濃度が低いとき、および高いときの双方において、グロビュール状DNAが現れることから、この環境は複合体に対して貧溶媒であると考えられる。しかしながら、高アルコール濃度において生成されたグロビュール状態のDNAは予想に反して可溶性であった。すなわち、DNA複合体にとって後者の環境というのは、可溶性から考えると良溶媒であり、高分子高次構造の点から見ると貧溶媒であると言える。この複合体の持つそのような独特な性質は、界面活性剤がグロビュール状DNA全体を被覆し、かつ凝縮状態のDNAの表面エネルギーを低くするという、ミセル形成の効果に起因すると考えられる。CTAB非存在下のアルコールによる高次構造変化と、異なるアルコール濃度における複合体のCDおよびUV分光法による観察に関する実験からも、この結論を支持する結果が得られている。又、これ以外の重要な成果としては、DNA折り畳み転移と、二重鎖融解転移間のcross talkがあげられる。これも、これまでに類を見ない新しい発見である。

報告書

(3件)
  • 1999 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1998 実績報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (42件)

  • [文献書誌] Noguchi,H.: "Morphological Variation in a Collapsed Single Homopolymer"J. Chem. Phys.. 109. 5070-5077 (1998)

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  • [文献書誌] Ueda,M.: "Electrophoresis of Long DNA Molecules in Linear Polyacrylamide Solutions"Biophys. Chem.. 71. 113-123 (1998)

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  • [文献書誌] Ichiba,Y.: "Single Chain Observation on Collapse Transition in Giant DNA Induces by Negatively-Charged Polymer"Biochem. Biophys. Res. Commun.. 242. 441-445 (1998)

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  • [文献書誌] Starodoubsev,S.G.: "Conformational Transition of Long Duplex T4 DNA Embedded in Poly(acrylamide) Gel"Langmuir. 14. 214-217 (1998)

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  • [文献書誌] Umeno,D.: "Temperature-directed Compaction of Single DNA Molecule Grafted with Poly(N-isopropylacrylamide)"Nucleic Acids Symposium Serise. 39. 175-176 (1998)

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  • [文献書誌] Kidoaki,S.: "Folding and unfolding of a giant duplex-DNA in a mixed solution with polycations, polyanions and crowding neutral polymers"Biophys. Chem.. 109. 133-143 (1998)

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  • [文献書誌] Sergeyev,V.G.: "How Does Alcohol Dissolve the Complex of DNA with Cationic Surfactant?"J. Am. Chem. Soc.. 121. 1780-1785 (1999)

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  • [文献書誌] Takagi,S.: "Stepwise Collapse of Polyelectrolyte Chains Entrapped in a Finite Space As Predicted by Theoretical Consideration"Langmuir. 15. 4143-4146 (1999)

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  • [文献書誌] Yoshikawa,Y.: "Formation of a Giant Toroid from Long Duplex DNA"Langmuir. 15. 4085-4088 (1999)

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  • [文献書誌] Murayama,H.: "Thermodynamics of the Collapsing Phase Transition in a Single Duplex DNA Molecule"J. Phys. Chem.. B103. 10517-10523 (1999)

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  • [文献書誌] Matsuzawa,Y.: "Laser Trapping of an Individual DNA Molecule Folded Using Various Condensing Agents"J. Am. Chem. Soc.. 121. 11581-11582 (1999)

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  • [文献書誌] Velichko,Yu.S.: "Effect of Twisting on the Behavior of a Double-Stranded Polymer Chain : A Monte Carlo Simulation"J. Chem. Phys.. 111. 9424-9433 (1999)

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  • [文献書誌] Yoshikawa,Y.: "A Working Hypothesis on the Mechanism of Molecular Machinery"Chem. Phys. Lett.. 303. 10-14 (1999)

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  • [文献書誌] Nomura,S.: "Giant Phospholiqid Vesicles Entrapping Giant DNA"Giant Vesicles. 313-317 (1999)

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  • [文献書誌] H. Noguchi: "Morphological Variation in a Collapsed Single Homopolymer"J. Chem. Phys.. 109. 5070-5077 (1998)

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  • [文献書誌] M. Ueda: "Electrophoresis of Long DNA Molecules in Linear Polyacrylamide Solutions"Biophys. Chem.. 71. 113-123 (1998)

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  • [文献書誌] Y. Ichiba: "Single Chain Observation on Collapse Transition in Giant DNA Induced by Negatively-Charged Polymer"Biochem. Biophys. Res. Commun.. 242. 441-445 (1998)

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  • [文献書誌] S. G. Starodoubtsev: "Conformational Transition of Large Duplex T4 DNA Embedded in Poly (acrylamide) Gel"Langmuir. 14. 214-217 (1998)

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  • [文献書誌] D. Umeno: "Temperature-directed Compaction of Single DNA Molecule Grafted with Poly (N-isopropylacrylamide)"Nucleic Acids Symposium Serise. 39. 175-176 (1998)

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  • [文献書誌] S.Kidoaki: "Folding and unfolding of a giant duplex-DNA in a mixed solution with polycations, polyanions and crowding neutral polymers"Biophys. Chem.. 109. 133-143 (1998)

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  • [文献書誌] V.G.Sergeyev: "How Does Alcohol Dissolve the Complex of DNA with a Cationic Surfactant?"J.Am. Chem. Soc.. 121. 1780-1785 (1999)

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  • [文献書誌] S.Takagi: "Stepwise Collapse of Polyelectrolyte Chains Entrapped in a Finite Space As Predicted by Theoretical Consideration"Langmuir. 15. 4143-4146 (1999)

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  • [文献書誌] Y.Yoshikawa: "Formation of a Giant Toroid from Long Duplex DNA"Langmuir. 15. 4085-4088 (1999)

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  • [文献書誌] H.Murayama: "Thermodynamics of the Collapsing Phase Transition in a Single Duplex DNA Molecule"J.Phys.Chem. B. 103. 10517-10523 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y. Matsuzawa: "Laser Trapping of an Individual DNA Molecule Folded Using Various Condensing Agents"J.Am. Chem. Soc.. 121. 11581-11582 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yu.S.Velichko: "Effect of Twisting on the Behavior of a Double-Stranded Polymer Chain : A Monte Carlo Simulation"J.Chem. Phys.. 111. 9424-9433 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Tsumoto: "RNA Switches the Higher-Order Structure of DNA Sulfate"Biophys. Chem.. 82. 1-8 (1999)

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  • [文献書誌] N.Makita: "ATP/ADP Switches the Higher-Order Structure of DNA In the Presence of Spermidine."FEBS Lett.. 460. 333-337 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] V.G.Sergeyev: "How Does Alcohol Dissolve the Complex of DNA with a Cationic Surfactant?"J. Am. Chem. Soc.. 121. 1780-1785 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] S.Takagi: "Stepwise Collapse of Polyelectrolyte Chains Entrapped in a Finite Space As Predicted by Theoretical Consideration"Langmuir. 15. 4143-4146 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Yoshikawa: "Formation of a Giant Toroid from Long Duplex DNA"Langmuir. 15. 4085-4088 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] H.Murayama: "Thermodynamics of the Collapsing Phase Transition in a Single Duplex DNA Molecule"J. Phys. Chem.. B103. 10517-10523 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Matsuzawa: "Laser Trapping of an Individual DNA Molecule Folded Using Various Condensing Agents"J. Am. Chem. Soc.. 121. 11581-11582 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Yu.S.Velichko: "Effect of Twisting on the Behavior of a Double-Stranded Polymer Chain : A Monte Carlo Simulation"J. Chem. Phys.. 111. 9424-9433 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] K.Yoshikawa: "A Working Hypothesis on the Mechanism of Molecular Machinery"Chem. Phys. Lett.. 303. 10-14 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] S.Nomura: "Giant Phospholiqid Vesicles Entrapping Giant DNA"Giant Vesicles. 313-317 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] H.Noguchi: "Morphological Variation in a Collapsed Single Homopolymer" J.Chem.Phys.109. 5070-5077 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] M.Ueda: "Electrophoresis of Long DNA Molecules in Linear Polyacrylamide Solutions" Biophys.Chem.71. 113-123 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Ichiba: "Single Chain Observation on Collapse Transition in Giant DNA Induced by Negatively-Charged Polymer" Biochem.Biophys.Res.Commun.242. 441-445 (1998)

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  • [文献書誌] S.G.Starodoubtsev: "Conformational Transition of Large Duplex T4 DNA Embedded in Polly(acrylamide)Gel" Langmuir. 14. 214-217 (1998)

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  • [文献書誌] D.Umeno: "Temperature-directed Compaction of Single DNA Molecule Grafted with Poly(N-isopropylacrylamide)" Nucleic Acids Symposium Serise. 39. 175-176 (1998)

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  • [文献書誌] S.Kidaki: "Folding and unfolding of a giant duplex-DNA ina mixed solution with polycations,polyanions and crowding neutral polymers" Biophys.Chem.109. 133-143 (1998)

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      1998 実績報告書

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公開日: 1998-04-01   更新日: 2016-04-21  

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