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酵素タンパク質における構造と揺らぎと活性の関係:イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼを例として

研究課題

研究課題/領域番号 10044095
研究種目

国際学術研究

配分区分補助金
応募区分共同研究
研究分野 構造生物化学
研究機関東京薬科大学

研究代表者

大島 泰郎  東京薬科大学, 生命科学部, 教授 (60167301)

研究分担者 田中 信夫  東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)
山岸 明彦  東京薬科大学, 生命科学科, 助教授 (50158086)
ZAVODOSZKY P  ハンガリー科学アカデミー, 酵素研, 教授
PETSKO Greg  ブランダイス大学, 生物化学科, 教授
研究期間 (年度) 1998 – 1999
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
1999年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
1998年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
キーワードイソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ / 可逆変性 / 自由エネルギー変化 / 温度ジャンプ / 変性反応 / ラウエ法 / 高度好熱菌 / 進化分子工学 / 実験室内進化 / 熱安定酵素
研究概要

イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼをモデル酵素として、各種の変異体を作成し、その構造を解析するとともに、活性、揺らぎとの関係を調べた。今年度は特に、熱力学平衡論を用いて熱変性過程を調べた。高度好熱菌Thermus thermophilusの生産する酵素は可逆変性の条件を求めるのが難しかったため、これまでは平衡論の適用ができなかったが、特定の変性剤の存在下には塩酸グアニジンによる変性は可逆であることを見いだし、これを用いて変性反応を解析することができるようになった。その結果、変性が二段階で進行すること、活性は第一段目の変性により失われることなどを明らかにした。また、アメリカ・ブンランダイス大学ペツコ教授の研究室と協力し、変性反応の解析を変異体に拡げている。東京工業大学田中研究室との共同研究から、ラウエ法による温度ジャンプにより変性反応が解析できるよう装置を考案した。この方法を用いて、常温(20度C)から熱変性を起こすに十分な90度Cへ温度をジャンプする実験を行い構造変化を観測すると、熱に余り安定でない好熱菌と常温菌酵素の混成体であるキメラ酵素は、二つのドメイン間を結ぶ領域のループから変性が始まることが明らかになった。キメラ酵素を安定化した変異体は特に第一段目の変性反応の変性温度が上昇しているが、この変異体では同じ条件下の温度ジャンプを行っても、問題の領域のループの局所的な変性は起こっていないことが示され、安定化機構を説明することが可能になった。

報告書

(3件)
  • 1999 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1998 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (20件)

  • [文献書誌] A CHIBA et al.: "Coenzyme Activity of NAD Analogs for 3-Isopropylmalate Dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8."Biosci. Biotechnol. Biochem.. 63(9). 1647-1649 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] J.Nathaniel et al.: "of the Isolated Zinc Site in Archaeal Zinc-containing Ferredoxins as Revealed by X-ray Absorption Spectroscopic Analysis and Its Evolutionary Implications."J.Biol. Chem.. 274(33). 23160-23168 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] A.CHIBA et al.: "Synthetic and Mechanistic Studies of(2R,3S)-3-Vinylmalic Acid as a Mechanism-Based Inhibitor of 3-Isopropylmalate Dehydrogenase."J.Org. Chem.. 64(17). 6159-6165 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Akanuma et al.: "Further Improvement of the Thermal Stability of a Partially Stabilized Bacillus subtilis 3-Isopropylmalate Dehydrogenase Variant by Random and Site-Directed Mutagenesis."

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.IWASAKI et al.: "Respiratory Complex II from the Thermophilic Archaeon, Sulfolobus sp.Strain 7 : Genes and Protein."in "Flavins and Flavoproteins 1999" (eds. by S.Ghisla et al.) Rudolf Weber, Berlin. 779-786

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] A.CHIBA et al.: "Coenzyme Activity of NAD Analogs for 3-Isopropylmalate Dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8."Biosci.Biotechnol.Biochem.. 63(9). 1647-1649 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] J.Nathaniel et al.: "Structural Conservation of the Isolated Zinc Site in Archaeal Zinc-containing Ferredoxins as Revealed by X-ray Absorption Spectroscopic Analysis and Its Evolutionary Implications."J.Biol.Chem.. 274(33). 23160-23168 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.AKANUMA et al.: "Further Improvement of the Thermal Stability of a Partially Stabilized Bacillus subtilis 3-Isopropylmalate Dehydrogenase Variant by Random and Site-Directed Mutagenesis."Eur.J.Biochem.. 260. 499-504 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] C.MOTONO et al.: "Urea-Induced Unfolding and Conformational Stability of 3N-Isopropylmalate Dehydrogenase from the Thermophile Thermus thermophilus and Its Mesophilic counterpart from escherichia coli."Biochemistry. 38{4}. 1332-1337 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.NISHIHARA et al.: "sn-Glyceol-1-Phosphate-Forming Activities in Archaea : Separation of Archaeal Phospholipid Biosynthesis and Glycerol Catabolism by Glycerophosphate Enantiomers."J.Bacteriol.. 181[4]. 1330-1333 (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] A.CHIBA et al.: "Synthetic and Mechanistic Studies of (2R, 3S)-3-Vinylmalic Acid as a Mechanism-Based Inhibitor of 3-Isopropylmalate Dehydrogenase."J.Org.Chem.. 64(17). 6159-6165 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] A.CHIBA et al.: "Coenzyme Activity of NAD Analogs for 3-Isopropylmalate Dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8"Biosci.Biotechnol. Biochem.. 63(9). 1647-1649 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] J.Nathaniel et al.: "of the Isolated Zinc Site in Archaeal Zinc-containing Ferredoxins as Revealed by X-ray Absorption Spectroscopic Analysis and Its Evolutionary Im;lications"J.Biol.Chem. 274(33). 23160-23168 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] A.CHIBA et al.: "Synthetic and Mechanistic Studies of (2R,3S)-3-Vinylmalic Acid as a Mechanism-Based Inhibitor of 3-Isopropylmalate Dehydrogenase"J.Org.Chem. 64(17). 6159-6165 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] S.AKANUMA et al.: "Further Improvement of the Thermal Stability of a Partially Stabilized Bacillus subtilis 3-Isopropylmalate Dehydrogenase Variant by Random and Site-Directed Mutagenesis"

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Fujii,T.: "The crystal structure of zinc-containing ferredoxin from the thermoacidophilic a rchaeon Sulfolobus sp.Strain 7." Biochemistry. 36. 1505-1513 (1997)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Qu,C.: "A mutation at the interface between domains causes rearrangement of domains in 3-isopropylmalate dehydrogenase." Protein Eng.10. 45-52 (1997)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Wallon,G.: "Crystal structure of Escherichia coli and Salmonella typhimurium 3-isopropylmalate dehydrogenase and comparison with their thermophilic counterpart from Thermus thermophilus." J.Mol.Biol.266. 1016-1031 (1997)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Wallon,G.: "Purification,catalytic properties and thermostability of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Escherichia coli." Biochem.Biophys.Acta. 1337. 105-112 (1997)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Tamakoshi,M.: "The organization of the leuC,leuD and leuB genes of the extreme thermophile The rmus thermophilus." Gene. 222. 125-132 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書

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公開日: 1998-04-01   更新日: 2019-02-15  

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