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欠損と挿入を利用した蛋白質の折り畳みおよび機能発現の分子機構の解析

研究課題

研究課題/領域番号 10480182
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

片岡 幹雄  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 教授 (30150254)

研究分担者 徳永 史生  大阪大学, 大学院・理学研究科, 教授 (80025452)
三原 憲一  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助手 (10304164)
今元 泰  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教授 (80263200)
研究期間 (年度) 1998 – 2000
研究課題ステータス 完了 (2000年度)
配分額 *注記
11,700千円 (直接経費: 11,700千円)
2000年度: 1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
1999年度: 5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
1998年度: 5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
キーワードStaphylococcal nuclease / 内部欠損変異体 / C末欠損変異体 / イェロープロテイン / 挿入変異体 / 折畳み機構 / 酵素活性 / 変性構造 / Photoactive Yellow Protein / 欠損変異体 / 蛋白質折り畳み / 光反応 / 遺伝子操作 / Staphy lococcal nuclease / タンパク質折り畳み / 円偏光二色性 / X線溶液散乱 / 非天然構造 / 蛋白質工学 / 酸素活性 / 結晶構造解析 / 構造・機能相関
研究概要

Staphylococcal nuclease(以下SNase)内部欠損変異体Δ44-49は、野生型と同じ構造をとるが、野生型よりも酸及び熱に対して安定である。一方、Δ114-119は、全体の構造は野生型とよく似た二量体となるが、酸及び熱に対し不安定になった。天然構造に近く折り畳まれるΔ44-49、Δ114-119はともに活性を持たない。一方、生理的条件下でコンパクトな変性構造をとるΔ137-149は、活性を有する。Δ114-119は基質結合能を失っているのに対し、Δ44-49では野生型と同等の基質結合能を持つ。Δ44-49は触媒能を失っている。活性部位の運動性が失われたため、触媒として働けないことが判明した。機能発現のためには、活性部位の柔軟性が本質的である。系統的C末欠損変異体の研究から、SNaseの構造保持には、Trp140が本質的な役割を果たすことが示された。また、野生型と同等の構造、機能を有するためにはSer141までが必要であるが、141番目はSerである必要はない。生理的条件下でコンパクトな変性構造をとりながら、活性を持つ挿入変異体と活性を持たない挿入変異体が得られた。以上から、活性を持てば折り畳み能を有するが、折り畳み能があっても活性を有するとは限らない、という原理が得られた。
イェロープロテイン(以下PYP)について、N末は構造保持には必要ないが、機能に重要な領域であることが示された。また、C末については、Val122までが構造保持に必須であり、Lys123までが機能発現に必要であることが示された。Arg124は機能をより効率的にし、Val125は天然構造をより安定化する。
N末やC末の欠損は、徐々に安定性や反応性が減少するのではなく、ある時点で突然に構造も機能も失われる。すなわち、配列空間での蛋白質折り畳みは二状態的であることが示された。

報告書

(4件)
  • 2000 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1999 実績報告書
  • 1998 実績報告書
  • 研究成果

    (51件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (51件)

  • [文献書誌] Yasushi Imamoto: "Low-temperature Fourier transform infrared spectroscopy of photoactive yellow protein"Biochemistry. 40(印刷中). (2001)

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  • [文献書誌] Shin'ichi Ohishi: "Light induces destabilization of photoactive yellow protein"Biochemistry. 40. 2854-2859 (2001)

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  • [文献書誌] Yasushi Imamoto: "Lingt-induced conformational changes of rhodopsin probed by fluorescent Alexa594 immobilized on the cytoplasmic surface"Biochemistry. 39. 15225-15233 (2000)

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  • [文献書誌] Toshihiko Oka: "Time-resolved X-ray diffraction reveals multiple conformations in the M-N transition of the bacteriorhodopsin photocycle"Proceedings of the National Academy of Science, U.S.A.. 97. 14278-14282 (2000)

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  • [文献書誌] Y.Kawase: "Alteration of Conformation and Dynamics of Bacteriorhodopsin Induced by Protonation of Asp 85 and Deprotonation of Schiff Base as Studied by ^<13>CNMR"Biochemistry. 39. 14472-14480 (2000)

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  • [文献書誌] K.Takeshita: "Temperature dependent volume change of initial step of the photoreaction of photoactive yellow protein (PYP) studied by the transient grating"Journal of Americal Chemical Society. 122. 8524-8528 (2000)

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  • [文献書誌] Mikio Kataoka: "Structures of photointermediates and their implication to the proton pump mechanism"Biochimica et Biophysica Acta. 1460. 166-176 (2000)

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  • [文献書誌] 岡俊彦: "バクテリオロドプシンの光反応中間体の構造とプロトンポンプ機構"放射光. 12. 184-193 (1999)

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  • [文献書誌] Toshihiko Oka: "Conformational change of helix G in the bacteriorhodopsin photocycle : Investigation with heavy atom labeling and X-ray diffraction"Biophysical Journal. 76. 1018-1023 (1999)

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  • [文献書誌] Yuji O.Kamatari: "The compact and expanded denatured conformations of apomyoglobin in methanol-water solvent"Protein Science. 8. 873-882 (1999)

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  • [文献書誌] Mikio Kataoka: "Dynamical and structural modifications of staphylococcal nuclease on C-terminal truncation"Physica B. 266. 20-26 (1999)

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  • [文献書誌] Mikio Kataoka: "Low energy dynamics of globular proteins studied by inelastic neutron scattering"Journal of Physical Chemistry of Solids. 60. 1285-1289 (1999)

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  • [文献書誌] Jeremy C.Smith: "Motions in native and denatured proteins"Physica B. 241-243. 1110-1114 (1998)

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  • [文献書誌] A.Yamaguchi: "Characterization of soluble artificial proteins with random sequences"FEBS Letters. 421. 147-151 (1998)

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  • [文献書誌] Yuji O.Kamatari: "The methanol-induced transition and the expanded helical conformation in hen lysozyme"Protein Science. 7. 681-688 (1998)

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  • [文献書誌] 片岡幹雄: "生物の働きを生み出すタンパク質のかたち(分担執筆)"クバプロ. 199 (2000)

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  • [文献書誌] 片岡幹雄: "夢の光-放射光が拓く生命の神秘(分担執筆)"共立出版. 171 (2000)

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  • [文献書誌] Mikio Kataoka: "Old and New Views of Protein Folding (分担執筆)"Elsevier Science. 318 (1999)

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  • [文献書誌] 片岡幹雄: "結晶解析ハンドブック(分担執筆)"共立出版. 673 (1999)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Imamoto, Y.Shirahige, F.Tokunage, T.Kinoshita, K.Yoshiara & M.Kataoka: "Low-temperature Fourier transform infrared spectroscopy of photoactive yellow protein"Biochemistry. (in press). (2001)

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  • [文献書誌] S.Ohishi, N.Shimizu, K.Mihara, Y.Imamoto & M.Kataoka: "Light induces destabilization of photoactive yellow protein"Biochemistry. 40. 2854-2859 (2001)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Imamoto, M.Kataoka, F.Tokunaga & K.Palezewski: "Lingt-induced conformational changes of rhodopsin probed by fluorescent Alexa594 immobilized on the cytoplasmic surface"Biochemistry. 39. 15225-15253 (2000)

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  • [文献書誌] T.Oka, N.Yagi, T.Fujisawa, H.Kamikubo, F.Tokunaga, & M.Kataoka: "Time-resolved X-ray diffraction reveals multiple conformations in the M-N transition of the bacteriorhodopsin photocycle"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 97. 14278-14282 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Kawase, M.tanio, A.Kira, S.Yamaguchi, S.Tuzi, A.Naito, M.Kataoka, J.K.Lanyi, R.Needleman, & H.Saito: "Alteration of Conformation and Dynamics of Bacteriorhodopsin Induced by Protonation of Asp 85 and Deprotonation of Schiff Base as Studied by 13C NMR"Biochemistry. 39. 14472-14480 (2000)

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  • [文献書誌] K.Takeshita, N.Hirota, Y.Imamoto, M.Kataoka, F.Tokunage & M.Terazima: "Temperature dependent volume change of initial step of the photoreaction of photoactive yellow protein (PYP) studies by the transient grating"J.Am.Chem.Soc.. 122. 8524-8528 (2000)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Kataoka & H.Kamikubo: "Structures of photointermediates and their implication to the proton pump mechanism"Biochim.Biophys.Acta.. 1460. 166-176 (2000)

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  • [文献書誌] M.Kataoka, J.Yunoki & H.Takahara: "Effects of deletions or insertions on the structure, stability and function of Staphylococcal nuclease"in "Old and New Views of Protein Folding" (eds.by K.Kuwajima and M.Arai), Elsevier Science, Amsterdam. 205-214 (1999)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Kataoka, H.Kamikubo, J.Yunoki, F.Tokunaga, T.Kanaya, Y.Izumi & K.Shibata: "Low energy dynamics of globular proteins studied by inelastic neutron scattering"J.Phys.Chem.Solid. 60. 1285-1289 (1999)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Kataoka, M.Ferrand, A.V.Goupil-Lamy, H.kamikubo, J.Yunoki, T.Oka & J.C.Smith: "Dynamical and structural modifications of staphylococcal nuclease on C-terminal truncation"Physica B. 266. 20-26 (1999)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Oka, H.Kamikubo, F.Tokunaga, J.K.Lanyi, R.Needleman & M.Kataoka: "Conformational change of helix G in the bacteriorhodopsin photocycle : Investigation with heavy atom labeling and X-ray diffraction"Biophys.J.. 76. 1018-1023 (1999)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.O.Kamatari, S.Ohji, T.Konno, Y.Seki, K.Soda, M.Kataoka & K.Akasaka: "The compact and expanded denatured conformations of apomyoglobin in methanol-water solvent"Protein Sci.. 8. 873-882 (1999)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] J.C.Smith, A.V.Gopil-Lamy, M.Kataoka, J.Yunoki, A.-J.Petrescu, V.Receveur, P.Calmettes & D.Durand: "Motions in native and denatured proteins"Physica B. 241-243. 1110-1114 (1998)

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  • [文献書誌] A.Yamaguchi, T.Yomo, F.Tanaka, I.D.Prijambada, S.Ohhashi, K.Yamamoto, Y.Shima, K.Ogasahara, K.Yutani, M.Kataoka & I.Urabe: "Characterization of soluble artificial proteins with random sequences"FEBS Lett.. 421. 147-151 (1998)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.O.Kamatari, T.Konno, M.Kataoka & K.Akasaka: "The methanol-induced transition and the expanded helical conformation in hen lysozyme"Protein Sci.. 7. 681-688 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mikio Kataoka: "Structures of photointermediates and their implication to the proton pump mechanism"Biochimica et Biophysica Acta. 1460. 166-176 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Shin'ichi Ohishi: "Light induces destabilization of photoactive yellow protein"Biochemistry. (印刷中). (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Yasushi Imamoto: "Low-temperature Fourier transform infrared spectroscopy of photoactive yellow protein"Biochemistry. (印刷中). (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] 片岡幹雄: "生物の働きを生み出すタンパク質のかたち"クバプロ(分担執筆). 199(119-132) (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Mikio Kataoka: "Dynamical and structural modifications of staphylococcal nuclease on C-terminal truncation"Physica B. 266. 20-26 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Yuji O.Kamatari: "The compact and expanded denatured conformations of apomyoglobin in methanol-water solvent"Protein Science. 8. 873-882 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Daizo Hamada: "Evidence for the nature of rate-limiting steps in protein folding by analysis of the effects of 2.2.2-trifluoroethanol"Nature Strctural Biology. 7. 58-61 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Mikio Kataoka: "Old and New Views of Protein Folding (桑島邦博、新井宗仁偏)"Elsevier Science. 318 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Yoshihisa Hagihara: "Chain-like conformation of heat-denatured ribonuclease A and cytochrome c as evidenced by solution X-ray scattering" Folding & Design. 3. 195-201 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Jeremy C.Smith: "Motions in native and denatured proteins" Physica B. 241-243. 1110-1114 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Toshiaki Kakitani: "Deuterium substitution effect on the excited-state dynamics of rhodopsin" Journal of Physical Chemistry B. 102. 1334-1339 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Haik Chosrowjan: "Environmental effects on the femtosecond-picosecond fluorescence dynamics of photoactive yellow protein" Journal of Physical Chemistry B. 102. 7695-7698 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Sayuri Nomura: "Ordered structure formation of bacteriorhodopsin-hDHFR in a plasma membrane" Langmuir. 15. 214-220 (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Toshihiko Oka: "Conformational change of helix G in the bacteriorhodopsin photocycle:" Biophysical Journal. 76. 1018-1023 (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Mikio Kataoka: "Low energy dynamics of globular proteins studied by inelastic neutron scattering" Journal of Physcal Chemistry of Solid. (印刷中). (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Yuji O.Kamatari: "The compact and expanded denatured conformations of apomyoglobin in methanol-water solvent" Protein Science. (印刷中). (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Norio Hamada: "The analysis of light-induced conformational change of photoactivie protein" Photomedicine and Photobiology. (印刷中). (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書

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公開日: 1998-04-01   更新日: 2016-04-21  

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