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質量分析計を用いたHLA-DNAタイピングの自動化機械の開発

研究課題

研究課題/領域番号 10557252
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 病態検査学
研究機関東海大学

研究代表者

猪子 英俊  東海大学, 医学部, 教授 (10101932)

研究分担者 西村 直行  島津製作所, 基盤技術研究所・医療グループ, 主任研究員
安藤 麻子  東海大学, 医学部, 講師 (40101935)
研究期間 (年度) 1998 – 1999
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
12,200千円 (直接経費: 12,200千円)
1999年度: 5,800千円 (直接経費: 5,800千円)
1998年度: 6,400千円 (直接経費: 6,400千円)
キーワードHLAタイピング / 質量分析 / 自働判定 / 対立遺伝子 / 高速液体クロマトグラフィー / 自動判定
研究概要

分子量の試料サンプルの測定に関する検討では、核HLA対立遺伝子の塩基数が同一の場合は判別が困難なことが予想されたため、制限酵素で切断を行ったが、高速液体クロマトグラフィー分析の際には、精製後に残存するわずかな夾雑物の混入をも測定するために、実測値にばらつきが生じ、高精度な再現性が得られなかった。そこでさらに高精度な精製を試みたが、精製に要する時間が大幅に増加した。測定の前段階で時間を浪費する精製は、本法の自動化にとっては致命的であると考え、制限酵素処置の方法に代わって、PCR-SSP法を採用することを試みた。PCR反応後のサンプルを、制限酵素を用いた場合よりも簡易に精製後、順に測定を行い判定したが良好な結果を得たことから、PCR-SSP法を用いてMS法の自動化を行うこととし、自動化にむけての行程を検討した。
PCR-SSP法のプライマーセットの増加により、遺伝子型判定のためのコンピューターソフトのプログラミングについて、再構築を行うこととなった。しかしながら現在の精製度では、増幅領域の長さから分子量が120,000を越えるため、PCR増幅産物の長さを100bpにとどめ、可能な限り分子量を小さくすることが必要となった。そこで新たに90bpのPCR産物を作製したところ、簡易精製で均一な測定値を得ることに成功した。また、プライマーセットの増加に対応するため、測定機器についてもスライドチップによる測定時間の短縮化を検討し、終了させた。我々の予備的な研究では、PCRプライマーをさらに狭い領域に設定し、PCR産物の分子量を5万以下に設定すれば、磁場収束型のESイオン化法により一塩基の違いのHLA型も識別しうることが判明しているので、技術的には明るい展望が開けたと考える。

報告書

(3件)
  • 1999 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1998 実績報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (32件)

  • [文献書誌] Naruse TK, et al.: "Extended HLA haplotypes in Japanese homozygous typing cells."Tissue Angigens. 51. 305-308 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katsuyama Y, et al: "Genetic relationships among Japanese, Northern Han, Hui, Uygur, Kazakh, Greek, Saudi Arabian and Italian populations based on allelic frequencies at four VNTR (D1S80, D4S43, COL2A1, D17S5S) and one STR(ACTBP2)"Human Heredity. 48. 126-137 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sazazuki T, et al: "Importance of HLA-class I allele matching for clinical outcome after unrelated bematopoietic stem cell transplantation."N. Engl. J. Med.. 339. 1177-1185 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naruse Tk, et al: "Limited polymorphism in the HLA-DOA gene."Tissue Antigens. 53. 359-365 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Moribe T, et al.: "Rapid HLA class I DNA typing using microtiter plate-reverse hybridization assay(MRHA) by simple thermoregulation: High resolution subtyping of HLA-A2 and -B40 alleles."Hum Immunol. 60. 539-549 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] The MHC sequencing consortium: "Complete structure and gene map of a human major histocompatibility complex(MHC)."Nature. 401. 921-923 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Siina T, et al.: "International Congress of Immunology"Monduzzi Editore. 5 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yabuki K, et al: "Dev. Ophthalmol"Kargar. 15 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naruse TK, et al.: "Extended HLA haplotypes in Japanese homozygous typing cells."Tissue Antigens. 51. 305-308 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katsuyama Y, et al.: "Genetic relationships among Japanese, Northern Han, Hui, Uygur, Kazakh, Greek, Saudi Arabian and Italian populations based on allelic frequencies at four VNTR (D1S80, D4S43, COL2A1, D17S5) and one STR (ACTBP2)"Huma Heredity. 48. 126-137 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sazazuki T, et al.: "Importance of HLA-class I allele matching for clinical outcome after unrelated hematopoietic stem cell transplantation"N Engl J Med. 339. 1177-1185 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naruse TK, et al.: "Limited polymorphism in the HLA-DOA gene"Tissue Antigens. 53. 359-365 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Moribe T, et al.: "Rapid HLA class I DNA typing using microtiter plate-reverse hybridization assay (MRHA) by simple ther moregulation: High resolution subtyping of HLA-A and -B40 alleles."Hum Immunol. 60. 539-549 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Aguado B, et al.: "The MHC sequencing consortium Complete structure and gene map of a human major histocompatibility complex (MHC)."Nature. 401. 921-923 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shiina T, et al.: "Nucleotide sequencing determination of the 1.8Mb entire HLA class I region."International Congress of Immunology, (eds. Talwar GP, Ganguly INNK, Rao KVS), Monduzzi Editore, Bologna. 5 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yabuki K, et al.: "Uveitis Update (ed. BenEzra), Immunogenetics and Uveitis."Dev. Ophthalmol. Basel, Kargar. 15 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Naruse TK, et al.: "Limited polymorphism in the HLA-DOA gene."Tissue Antigens. 53. 359-365 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Moribe T, et al.: "Rapid HLA class I DNA typing using microtiter plate-reverse hybridization assay(MRHA) by simple thermoregulation:High resolution subtyping of HLA-A2 and-B40 alleles"Hum Immunol. 60. 539-549 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Takashige N, et al.: "Genetic polymorphisms at the tumor necrosis factor loci(TNFA and TNFB)in cardiac sarcoidosis"Tissue Antigens. 54. 191-193 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] The MHC sequencing consortium(Aguado B, et al): "Complete structure and gene map of a human major histocompatibility complex(MHC)"Nature. 401. 921-923 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Yabuki K, et al.: "HLA class I and II typing of the patients with Behcht's disease in Saudi Arabia"Tissue Antigens. 54. 273-277 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Katuyama Y, et al.: "Sequencing based typing for genetic polymorphisms in exons 2, 3 and 4 of the MICA gene"Tissue Antigens. 54. 178-184 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Yabuki K, et al.: "Dev Ophthalmol"Kargar. 15 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Kanaya S, et al.: "Major Histocompatibility Complex; Evolusion, Structure and Function"Springer. 15 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Mizuki N.et al.: "Major histocompatibility complex class II alleles in an Uygurpopulation in Northwest China." Tissue Antigens. 51. 287-292 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Naruse T.K.et al.: "Extended HLA haplotypes in Japanese homozygous typing cells." Tissue Antigens. 51. 305-308 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Katsuyama Y.et al.: "Genetic relationships among Japanese,Northern Han,Hui,Uygur,Kazakh,Greek,Saudi Arabian and Italian populations based on allelic frequencies at four VNTR(D1S80,D4S43,COL2A1,D17S5)and one STR(ACTBP2)Loci." Human Heredity. 48. 126-137 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Goto K.et al.: "Association between MICA gene A4 allele and acute anterior uveitis in white patients with and without HLA-B27." Am J Ophthalmol. 126. 436-441 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Kimura T.et al.: "Microsatellite polymorphism within the MICB gene among Japanese patients with Behcet's disease." Hum Immunol. 59. 500-502 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Sazazuki T.et al.: "Importance of HLA-class l allele matching for clinical outcome after unrelated hematopoietic stem cell transplantation." N Engl J Med. 339. 1177-1185 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Shiina T.et al.: "International Congress of Immunology" Monduzzi Editore, 136-167 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 猪子英俊 他(共著): "医学大辞典 第18版" 南山堂, 193-196,222,488,518-519,882,884 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書

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公開日: 1998-04-01   更新日: 2016-04-21  

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