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蛋白質結晶の電子線回折データ収集システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 10558106
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 生物物理学
研究機関東京大学

研究代表者

豊島 近  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

研究分担者 鈴木 清一  (有)クォーク, 代表取締役
小笠原 光雄  (株)日立製作所, 計測器事業部・科学機器システム本部・第一設計部, 技師
中迫 雅由  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 講師 (30227764)
研究期間 (年度) 1998 – 1999
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
11,400千円 (直接経費: 11,400千円)
1999年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
1998年度: 10,000千円 (直接経費: 10,000千円)
キーワード電子線回折 / 結晶解析 / 構造解析 / クライオ電子顕微鏡 / 低温試料ホルダー / 蛋白質結晶 / データ収集
研究概要

本研究では、X線結晶解析にかからないような薄い結晶からでも蛋白質の構造決定を行えるよう、電子線回折用回転カメラとその関連技術の開発を目標とした。生物学的に重要な膜蛋白質では特に数層しかない結晶が得られることも多いからである。この目的のために、(i)既存の電子顕微鏡の大幅な改造、(ii)コンピューター制御ソフトウェアの開発、(iii)高傾斜角低温試料ホルダーの開発を行った。また、同時に、電子線回折パターンの指数付、反射点の積分強度の計算回折強度のスケーリングのためのソフトウェアの開発も行った。このような開発は、数層から成る結晶の場合、X線回折にはかからないことと、回折パターンは三次元結晶からのものとして扱わなければならないが既存のX線結晶解析用ソフトウェアでは処理できないためである。
回転カメラの最初のものは、DCモーターと内蔵ロータリーエンコーダー、スロースキャンCCD検出器を用いて実現された。これは、大幅な改造を必要とするわけではないので、現代の電子顕微鏡の大部分のものに設置可能である。このシステムの性能を検定するため、カルシウムATPaseの超薄結晶に適用し、傾斜角±30°までのデータを収集した。本研究で開発した「最低電子線量電子線回折法」を用いることにより、100枚もの回折パターン(回転写真)を同じ結晶から得ることが出来るようになった。さらに精度を上げるために、第2のものを作製した。これはハイデンハイン社の高精度ロータリーエンコーダーとパルスモーターを用いたものである。ハードウェアは完成したが、制御ソフトウェアは未完成の部分を残している。しかしながら、これまでに得られた予備的結果は大変期待が持てるものである。

報告書

(3件)
  • 1999 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1998 実績報告書
  • 研究成果

    (46件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (46件)

  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum at 2.6A resolution."Nature. 405. 647-655 (2000)

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  • [文献書誌] H.Ogawa: "Soluble P-type ATP ase from an archaeon, Methanococcus jannaschii"FEBS letters. 471. 99-102 (2000)

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  • [文献書誌] S.Hua: "Distinct topologies of mono-and decavanadate binding and photooxidative cleavage in the sarcoplasmic reticulum ATP ase"J.Biol.Chem.. 275. 30546-30550 (2000)

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  • [文献書誌] A.Zhang: "Detailed characterization of the cooperative mechanism of Ca^<2+> binding and catalytic activation in the Ca^<2+> transport(SERCA)ATPase."Biochemistry. 39. 8758-8767 (2000)

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  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. I.Indexing of diffraction patterns."Ultramicroscopy. 84. 1-14 (2000)

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  • [文献書誌] K.Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. II.Averaging of tubular crystals of different helical classes."Ultramicroscopy. 84. 15-28 (2000)

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  • [文献書誌] K.Yonekura: "Structure determination of tubular crystal of membrane proteins. III.Solvent flattening."Ultramicroscopy. 84. 29-45 (2000)

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  • [文献書誌] 小川 治夫: "チャネルの立体構造決定法 I"脳の科学. 21. 997-1004 (1999)

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  • [文献書誌] 小川 治夫: "チャネルの立体構造決定法 II"脳の科学. 21. 1121-1128 (1999)

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  • [文献書誌] 豊島 近: "イオンチャネル、ポンプの構造と機能"蛋白質・核酸・酵素. 44. 557-565 (1999)

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  • [文献書誌] 小川治夫: "膜蛋白質の構造解析"ファルマシア. 35. 33-38 (1999)

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  • [文献書誌] P.Zhang: "Structure of the calcium pump from sarcoplasmic reticulum at 8Å resolution."Nature. 392. 835-839 (1998)

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  • [文献書誌] H.Ogawa: "Structure of the Ca^<2+> pump of sarcoplasmic reticulum : A view along the lipid bilayer at 9-Å resolution."Biophys.J.. 75. 41-52 (1998)

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  • [文献書誌] K.Mayanagi: "Three-dimensional electron microscopy of the photosystem II core complex."J.Struct.Biol.. 123. 211-224 (1998)

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  • [文献書誌] 米倉功治: "P型イオンポンプの立体構造"細胞工学. 17. 1270-1271 (1998)

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  • [文献書誌] E.Carafoli and J.Krebs: "Calcium Homeostasis(Topics in Biological Inorganic Chemistry Vol.3)"Springer-Verlag, Berlin. (2000)

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  • [文献書誌] H.A.C.Benavides and M.J.Yacaman: "Electron Microscopy 1998"Institute of Physics Publishing, Bristol and Philadelphia. (1998)

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  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum at 2.6Å resolution."Nature. 405. 647-655 (2000)

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  • [文献書誌] H.Ogawa: "Soluble P-type ATPase from an archaeon, Methanococcus jannaschii."FEBS letters. 471. 99-102 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Hua: "Distinct topologies of mono-and decavanadate binding and photooxidative cleavage in the sarcoplasmic reticulum ATPase."J.Biol.Chem. 275. 30546-30550 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] A.Zhang: "Detailed characterization of the cooperative machanism of Ca^<2+> binding and catalytic activation in the Ca^<2+> transport(SERCA)ATPase."Biochemistry. 39. 8758-8767 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] C.Toyoshim: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. I.Indexing of diffraction patterns."Ultramicroscopy. 84. 1-14 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. II.Averaging of tubular crystals of different helical classes."Ultramicroscopy. 84. 15-28 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. III.Solvent flattening."Ultramicroscopy. 84. 29-45 (2000)

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  • [文献書誌] G.Inesi: "The Ca^<2+>pump of sarco-and endoplasmic reticulum membranes."In "Calcium Homeostasis (Topics in Biological Inorganic Chemistry Vol.3)", eds.E.Carafoli and J.Krebs. Springer-Verlag, Berlin. 143-154 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Ogawa: "Methods for structure determination of channels I.(in Japanese)"Brain Science. 21. 997-1004 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Ogawa: "Methods for structure determination of channels II.(in Japanese)"Brain Science. 21. 1121-1128 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Structures and functions of ion channels and pumps. (in Japanese)"Protein, Nucleic Acid and Enzyme. 44. 557-565 (1999)

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  • [文献書誌] H.Ogawa: "Structural analysis of membrane proteins. (in Japanese)"Pharmacia. 35. 33-38 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] P.Zhang: "Structure of the calcium pump from sarcoplasmic reticulum at 8 Å resolution."Nature. 392. 835-839 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Ogawa: "Structure of the Ca^<2+> pump of sarcoplasmic reticulum : A view along the lipid bilayer at 9-Å resolution."Biophys.J.. 75. 41-52 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Electron crystallography of thin protein crystals."In "Electron Microscopy 1998", eds.H.A.C.Benavides and M.J.Yacaman, Institute of Physics Publishing, Bristol and Philadelphia. 395-396 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Mayanagi: "Three-dimensional electron microscopy of the photosystem II core complex."J.Struct.Biol.. 123. 211-224 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Yonekura: "Three-dimensional structure of P-type ion pump. (in Japanese)"Cell Technology. 17. 1270-1271 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins.I. Indexing of diffraction patterns."Ultramicroscopy. (in press).

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] K.Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins.II. Averaging of tubular crystals of different helical classes."Ultramicroscopy. (in press).

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] K.Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins.III. Solvent flattening."Ultramicroscopy. (in press).

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 小川治夫: "チャネルの立体構造決定法 I"脳の科学. 21. 997-1004 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 小川治夫: "チャネルの立体構造決定法 II"脳の科学. 21. 1121-1128 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 豊島 近: "イオンチャネル、ポンプの構造と機能"蛋白質・核酸・酵素. 44. 557-565 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 小川治夫: "膜蛋白質の構造解析"ファルマシア. 35. 33-38 (1999)

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  • [文献書誌] Carafoli and Krebs: "Topics in Biological Inorganic Chemistry Vol.3"Springer (in press).

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  • [文献書誌] P.Zhang: "Structure of the calcium pump from sarcoplasmic reticulum at 8Å resolution" Nature. 392. 835-839 (1998)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] H.ogawa: "Structure of the Ca^<2+> pump of sarcoplasmic reticulum: A view along the lipid bilayer at 9-Å resolution" Biophys.J.75. 41-52 (1998)

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    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 米倉功治: "P型イオンポンプの立体構造" 細胞工学. 17. 1270-1271 (1998)

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      1998 実績報告書

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公開日: 1998-04-01   更新日: 2016-04-21  

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