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日本におけるプロテインデータバンクの編集体制の整備に関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 10558109
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 生物物理学
研究機関大阪大学

研究代表者

楠木 正巳  大阪大学, たんぱく質研究所, 助教授 (90135749)

研究分担者 安永 照雄  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (20260630)
栗栖 源嗣  大阪大学, たんぱく質研究所, 助手 (90294131)
伊賀 祐一  株式会社システム, 研究室長
京極 好正  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90012632)
研究期間 (年度) 1998 – 2000
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
2000年度: 2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
1999年度: 2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
キーワードデータバンク / プロテイン / データベース / 結晶 / X線 / 構造生物学 / NMR
研究概要

プロテインデータバンク(Protein Data bank)はX線結晶解析やNMR分光学などの実験的方法によって立体構造が決められた,蛋白質,核酸などの生体高分子の立体構造データを収録した世界唯一の公共のデータベースである。2000年7月1日より,大阪大学蛋白質研究所ではアジア・オセアニア地区のPDBエントリーの登録・編集業務を始め,2003年2月26日の時点で,1271個のエントリーの編集をおこなった。
PDBエントリーの登録・編集を米国,ヨーロッパ,日本の世界の3極で分担・協力している。米国では,PDBはラトガース大学(ニュージャージー州立大学),カリフォルニア大学サンディエゴ校スーパーコンピュータセンターと国立標準・技術研究所(National Institute of Standards and Technology)の三者のコンソーシアムであるRCSB (Research Collaboratory for Structural Bioinfomatics)で運営している。
現在,PDBエントリーの登録は,インターネット上のWebからデータを転送する方法をとっている。ラトガース大学と蛋白質研究所では,ラトガース大学で開発されたADIT(AutoDep Input Tool)というWebツールを使っている。立体構造を決定した研究者が,これらWebツールを使ってデータを入力・転送する作業を,ここでは登録(deposition)とよび,編集者が編集する作業を編集(processing)とよぶ.
大阪大学蛋白質研究所では、現在編集人員4人を雇用し、編集用のコンピュータとソフトウェアを運用する体制を整備し、順調に編集体制を運用している。

報告書

(4件)
  • 2001 研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 1999 実績報告書
  • 1998 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (13件)

  • [文献書誌] 楠木正巳: "プロテインデータバンクの現場から"蛋白質・核酸・酵素. 43. 898-902 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 楠木正巳: "プロテインデータバンク:現状と国際協力"学術月報. 51. 1104-1108 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 楠木正巳: "立体構造を手にいれる-PDBの利用方法"蛋白質・核酸・酵素. 46. 2003-2008 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] "公共データベースに登録する"蛋白質・核酸・酵素. 47. 733-739 (2002)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 楠木正巳: "生体高分子の立体構造データの利用技術"遺伝子医学. 6. 473-477 (2002)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] KUSUNOKI, Masami: "Deposition with the Protein Data Bank"Protein, Nucleic Acid and Enzyme (in Japanese). Vol.47. 736-739 (2002)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] KUSUNOKI, Masami: "How to Use Structural Data of Biological Macro-molecules"Gene & medicine (in Japanese). Vol.6. 473-477 (2002)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] KUSUNOKI, Masami: "Acquisition of Structural Data of Biological Macromolecules : How to Utilize PDB"Protein, Nucleic Acid and Enzyme (in Japanese). Vol.46. 2003-2008 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Yamamoto,Mikusunoki 他3名: "Crystallization and preliminary X-ray anlysis of glucose dehydrogenase from Bacillas megaterinm IWG3"Acta Crystallographica. D56. 1443-1445 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] M.Otagiri,G.Kulisu,S.Ui Y.Takusagawa,M.Kuswnoki: "Crystal Structure of new-2,3-butanediol dehydrogenase in a Complex with NADI and inhibitor rescan to ethanal"Journal of Biochemistry. 129. 205-208 (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] 楠木正巳: "プロテインデータバンク:現状と国際協力" 学術月報. 51. 1104-1108 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] 楠木正巳,五十嵐令子,鈴木理子,岡本ユリ,栗栖源嗣: "大阪大学蛋白質研究所でのプロテインデータバンクの活動" 日本生物物理学会誌. 38. S149-S149 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] M.Kusunoki,R.Igarashi et al.: "Protein Data Bank Activities at the Institute for Protein Research,Osaka University,Japan" 3rd Conference of Asian Crystallographic Association Plogram and Abstruct. 13920-13920 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書

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公開日: 1999-04-01   更新日: 2016-04-21  

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