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光受容膜蛋白質の時間分解X線結晶構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 10680630
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関名古屋大学

研究代表者

神山 勉  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (30170210)

研究分担者 岡田 哲二  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助手 (10271545)
杉山 康雄  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (70154507)
山根 隆  名古屋大学, 大学院・工学研究科, 教授 (80030055)
足立 伸一  理化学研究所, 播磨研究所, 研究員 (60260220)
神谷 信夫  理化学研究所, 播磨研究所, 室長 (60152865)
研究期間 (年度) 1998 – 1999
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
1999年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
1998年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
キーワードX線結晶構造解析 / 膜蛋白質 / バクテリオロドプシン / 光捕集クロロフィル蛋白質複合体 / ロドプシン / 蛋白質の結晶化 / 生体膜 / 反応中間体 / アーキロドプシン / 光受容体 / 蛋白質構造解析 / 結晶化 / 膜蛋白質の結晶化 / プロトン輸送 / 生体超分子
研究概要

光駆動プロトンポンプとして知られるバクテリオロドプシンの反応中間体の立体構造を求めることを目指して研究を行った。我々は、これまでに、膜融合を利用して膜蛋白質を結晶化することを試み、脂質分子を含んだバクテリオロドプシンの三次元結晶(平面膜が積層してできた結晶)を作成する技術の開発を行ってきた。本研究において、この結晶化法をさらに改良し、また、低温X線回折測定法を適用してX線損傷の影響の軽減を図り、目標としていた水分子を識別できる程度の分解能(2.5オングストローム分解能)の構造解析を実現した。基底状態の構造解析から、脂質分子がプロトン輸送反応に重要な影響を及ぼしうる位置に結合していることなど幾つかの新知見を得ることができた。さらに、バクテリオロドプシンの反応中間体の構造解析を行うため、光照射下で結晶を急速凍結する方法を開発し、また、単結晶のX線回折と吸収スペクトルの同時測定を行うための装置も作成した。このような開発研究を積み重ねることにより、バクテリオロドプシンのプロトン輸送サイクルにおける重要な5つの反応状態のうち、K中間体ならびにM中間体の構造決定を行うことができた。特にM中間体の構造解析から、蛋白質を構成する7本のヘリックスのうち一本(Gヘリックス)が膜面に垂直方向にスライドすることが明らかになり、このヘリックスがピストン運動することでプロトンの一方向の流れが生じるという分子機構が強く示唆された。また、バクテリオロドプシンの研究で培われた技術を応用し、他の光受容体膜蛋白質(エンドウ葉緑体の光捕集クロロフィル蛋白質複合体(LHC-II)およびウシ・ロドプシン)の結晶構造解析も企てた。LHC-IIについては、結晶化条件でウイルス様球殻状集合体(正二十面体構造)を形成し、これが積層して三次元結晶ができることを見出した。また、結晶化条件を少し変えると別の結晶形(平面膜が積層してできた結晶)も得られた。これと類似の現象がバクテリオロドプシンの結晶化において観測されているので、膜融合を利用した結晶化法を発展させる上で重要な成果であると考えている。ロドプシンについては、研究分担者の一人である岡田博士が良質の三次元結晶を作成し、2.8オングストローム分解能で立体構造を求めるという成果を導いた。

報告書

(3件)
  • 1999 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1998 実績報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (43件)

  • [文献書誌] K.Takeda et al: "A novel three-dimensional crystal of bacteriorhodopsin obtained by successive fusion of the vesicular assemblies"J.Mol.Biol.. 283. 463-474 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.D.Denkov,et al: "Electron cryomicroscopy of bacterihoropsin vesicles : Mechanism of vesicle formation"Biophys.J. 74,. 1409-1420 (1998)

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  • [文献書誌] T.Okada et al: "Highly selective separation of rhodopsin from bovine rod outer segment membranes using combination of divalent cation and alkyl(thio)glucoside"Rhotochem.Photobiol,. 67. 495-499 (1998)

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  • [文献書誌] H.Sato et al: "Specific lipid-protein interactions in a novel honeycomb lattice of bacteriorhodopsin"Acta Crystallogr. D55,. 1251-1256 (1999)

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  • [文献書誌] 竹田一旗、神山 勉: "膜融合法を利用したバクテリオロドプシンの結晶化法"日本結晶学会誌.. 42. 171-175 (2000)

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  • [文献書誌] 神山 勉: "膜タンパク質の結晶化"ニューバイオフィジックスII-4:生体膜のダイナミクス(共立出版). D55,. 42-62 (1999)

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  • [文献書誌] 竹田一旗、神山 勉: "光をプロトンの流れに-バクテリオロドプシンにおけるエネルギー変換"光が拓く生理科学-生命を支える光(共立出版). 42. 88-101 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Takeda, H., Sato, T.Hino, M.Kono, K.Fukuda, I., Sakurai, T.Okada, and T.Kouyama: "A novel three-dimensional crystal of bacteriorhodopsin obtained by successive fusion of the vesicular assemblies"J.Mol.Biol.. 283. 463-474 (1998)

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  • [文献書誌] N.D.Denkov, H.Yoshimura, T.Kouyama, J.Walz, and K.Nagayama: "Electron cryomicroscopy of bacterihoropsin vesicles : Mechanism of vesicle formation"Biophys.J.. 74. 1409-1420 (1998)

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  • [文献書誌] T.Okada, K.Takeda, and T.Kouyama: "Highly selective separation of rhodopsin from bovine rod outer segment membranes using combination of divalent cation and alkyl (thio)glucoside"Photochem. Photobiol.. 67. 495-499 (1998)

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  • [文献書誌] H.Sato, K.Takeda, K.Tani T.Hino, T.Okada, M.Nakasako, N.Kamiya, and T.Kouyama: "Specific lipid-protein interactions in a novel honeycomb lattice of bacteriorhodopsin"Acta Crystallogr.. D55. 1251-1256 (1999)

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  • [文献書誌] T.Kumagai, K.Muta, Y.Matoba, Y.Kawano, N.Kamiya, J., Davies, and M.Sugiyama: "Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of Bleomycin-Binding Protein from Bleomycin-Producing Streptomyces verticillus"Acta Cryst.sec.. D54. 127-128 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Nagashima, M.Nakasako, N.Dohmae, M.Tsujimura, K.Takio, M.Odakn, M.Yohda, N.Kamiya and I.Endo: "Novel non-heme iron center of nitrile hydratase with a clow setting og oxygen atoms"Nature Structural Biology. 5. 347-351 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Goto, M.Yabashi, H.Ohashi, H.Kimura, K.Takeshita, T., Uruga, T.Mochizuki, Y.Kohmura, M.Kuroda, M.Ymamamoto, Y.Furukawa, N.Kamiya and T.Ishikawa: "Standard Transport Channels of X-ray Beamlines at SPring-8"J.Synchrotron Rad.. 5. 1202-1205 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Yamamoto, T.Kumasaka, T.Uruga, N.Kamiya, H.Iwasaki, and T.Ueki: "Evaluation of high spatial resolution imaging plate"Nucl.Instrum.& Meth.. A416. 314-318 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Nakasako, M.Odaka, M.Yohda, N.Dohmae, K.Takio, N.Kamiya and I.Endo: "Tertiary and quaternary structures of photoreactive Fe-type nitrile hydratase from Rhodococcus sp.N-771 : Roles of hydration water molecules in stabilizing the structures and the structural origin for the substratespecificity of the enzyme"Biochemistry. 38. 9887-9898 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Matsuura, M.Stewart, M.Kawamoto, N.Kamiya, K.Saeki T.Yasunaga and T.Wakabayashi: "The 2.0A resolution crystal structure of a mutant actin that hyperactivates thin filaments"J.Mol.Biol.. 296. 579-595 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] J.R.Shen, and N.Kamiya: "Crystallization and the Crystal Properties of the Oxygen-Evolving Photosystem II from Synechococcus vulcanus"Biochemistry. 39. 14739-14744 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Kawamoto, Y.Kawano, and N.Kamiya: "The Bio-Crystallography beamline (BL41XU) at SPring-8"Rev.Sci.Instrum.. (in press).

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Shirai, M.Fujikake, T.Yamane, K.Inaba, K.Ishimori, and I.Morishima: "Design, construction, crystallization, and preliminary X-ray studies of a fine-tuning mutant (F133V) of module-substituted chimera hemoglobin"Proteins. 32, No.3. 263-267 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] A.Suzuki, K.Kakuno, Y.Iwasaki, T.Yamane and T.Yamane: "Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of phospholipase D from Streptomyces antibioticus"Acta Crystallogr.. D55, No.1. 317-319 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Yamane, H.Tasaki, F.Matsumoto, A.Suzuki, N.Uozumi and T.Ashida: "Crystallization and preliminary X-ray analysis of b-amylase from Bacillus Polymyxa"Acta Crystallogr.. D55, No.4. 898-900 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Shirai, M.Fujikake, T.Yamane, K.Inaba, K.Ishimori and I.Morishima: "Crystal structure of a protein with an artificial exon-shuffling, module M4-substituted chimera hemoglobin ba, at 2.5A resolution"J.Mol.Biol.. 287. 369-382 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Long Rong, T.Yamane and H.Takauchi: "Chalacterestics of mixed reverse micelles from ternary surfactant with di(2-ethylhexyl) tails"J.Chem.Eng.Japan. 32, No.4. 530-534 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Shirai, C.Mitsuyama, Y.Niwa, Y.Matsui, H.Hotta, T.Yamane, H.Kamiya, C., Ishii, T.Ogawa and K.Muramoto: "High-resolution structure of conger eel galection, congerin I, in lactose-liganded and ligand-free forms : Emergence of a new structure class by accelerated evolution"Structure. No.10. 1223-1233 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Akita, A.Suzuku, T.Yamane, T.Kobayashi and S.Ito: "Crystallization and preliminary X-ray analysis of high alkaline pectate lyase"Acta Crystallogr.. D56, No.6. 749-750 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Long Rong, T.Yamane and N.Niimura: "Measurement and control of the crystal growth rate of tetragonal hen egg-white lysozyme imaged with an atomic force microscope"J.Clystal Growth. 217, Nos.1/2. 161-169 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Ishida, T.Shirai, Y.Matsuda, Y.Kato, M.Ohno, T.Isaji and T.Yamane E mPLiCS: "An empirical approach for structure-based design of natual peptide drugs"J.Biochem.. 128, No.4. 561-574 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Akita, A.Suzuki, T.Kobayashi, S.Ito and T.Yamane: "High-alkaline adaptation and protein folding of right-handed b-helix protein"Acta Crystallogr.. submitted.

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Miyatake, M.Mukai S.Adachi, H.Nakamura, K.Tamura, T.Iizuka, Y.Shiro, R.W.Strange, S.S.Hasnain: "Iron Coordniation Structures of Oxygen Sensor FixL Characterized by Fe K-edge EXAFS and Resonance Raman Spectroscopy"J.Biol.Chem.. 274. 23176-23184 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.-Y.Park, K.Yamane, S.Adachi, Y.Shiro, K.E.Weiss, S.G.Sligar: "Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Analysis of a Cytochrome P450 (CYP119) from Sulfolobus solfataricus"Acta Crystallogr.. D56. 1173-1175 (2000)

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    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Miyatake, M.Mukai, S.-Y.Park, S.Adachi, K.Tamura, H.Nakamura, K.Nakamura, T.Tsuchiya, T.Iizuka, Y.Shiro: "Sensory Mechanism of Oxygen Sensor FixL from Rhizobium meliloti : Crystallographic, Mutagenesis, and Resonance Raman Spectroscopy Studies"J.Mol.Biol.. 301. 415-431 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Shimizu, E.Obayashi, Y.Gomi, H.Arakawa, S.-Y.Park, H.Nakamura, S.Adachi, H.Shoun, Y.Shiro: "Proton Delivery in NO Reduction by Fungal Nitric Oxide Reductase : Cryogenic-crystallography, Spectroscopy and Kinetics of Ferric-NO Complexes of Wild-type and Mutant Enzymes"J.Biol.Chem.. 275. 4816-4826 (2000)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Adachi, T.Oguchi, H.Tanida, S.-Y.Park, H.Shimizu, H.Miyatake, N.Kamiya, Y.Shiro, Y.Inoue, T.Ueki, T.Iizuka: "The RIKEN Structural Biology Beamline II (BL44B2) at the SPring-8"Nucl.Instr.Meth.A. (in press). (2001)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Ihara, T.Umemura, I.Katagiri, T.Kitajima-Ihara, Y.Sugiyama, Y.Kimura and Y.Mukohata: "Evolution of the archaeal rhodopsins : Evolution rate changes by gene duplicatio and functional differentiation"J.Mol.Biol.. 285. 163-174 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Mukohata, K.Ihara, T.Tamura and Y.Sugiyama: "Halobacterial Rhodopsins."J.Biochem.. 125. 649-657 (1999)

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    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Sugiyama, K.Fujii and Y.Mukohata: "The effect of carboxyl group modification on the chromophore regeneration of archaeopsin- 1 and bacterioopsin."J.Biochem.. 125. 1144-1150 (1999)

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    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Sato et al: "Specific lipid-protein interactions in a novel honeycomb lattice structure of bacteriorhodopsin"Acta Crystallographica section D. 55. 1251-1256 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] K.Takeda et al: "A Novel Three-dimensional Crystal of Bacteriorhodopin obtained by Successive Fusion of the Vesicular Assemblies"J.Mol.Biol. 283. 463-474 (1998)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] T.Okada et al: "Highly Selective Separation of Rhodopsin from Booine Rod Outer Segment Membrane Using Combination of Divalent Cation and Alkly (thio)glucoside"Photochemistry and Photobiology. 67. 495-499 (1998)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 神山 勉: "シリーズ 光が拓く生命科学 第3巻 生命を支える光(第2章3節)"共立出版. 印刷中 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] T.Okada, et al: "Highly selective separation of rhodopsin from bovine rod outer segment membranes using combination of divalent cation and alkyl (thio) glucoside" Photochem. Photobiol.67. 495-499 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] K.Takeda, et al: "A novel three-dimensional crystal of bacterirhodopsin obtained by successive fusion of the vesicular assemblies" J.Molecular Biology. 283. 463-474 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書

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公開日: 1998-04-01   更新日: 2016-04-21  

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