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遺伝子の分節構造に着目したゲノム遺伝子の自然史学的研究

研究課題

研究課題/領域番号 10836022
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 自然史科学
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

舘野 義男  国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (00202424)

研究分担者 川西 祐一  富士通(株), 科学システム統括部, 研究職
小林 薫 (深海 薫)  国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (20225494)
五條堀 孝  国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (50162136)
研究期間 (年度) 1998 – 1999
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
1999年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
1998年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
キーワード自然史 / 分子進化 / 構造進化 / HLA / ゲノム / オペロン / ミトコンドリア / ペリプラズミック結合タンパク質 / MIC / ゲノム断片重複 / LINE / エポキシダーゼ / プロテオーム / 色素遺伝子 / ゲノム比較 / ゲノム進化 / SINE / periplasmicタンパク / 高次構造進化 / 分子系統 / ミトコンドリア進化
研究概要

本研究では、遺伝子を分節構造体と捉えるとともに、遺伝子をゲノム上の有機集合体を見据えて、過去2年間において以下のような研究を行った。
1.HLAゲノムの進化的動態の解析
2.微生物全ゲノム比較によるオペロン構造の進化的解析
3.大腸菌株のゲノム比較による進化速度の推定
4.ミトコンドリア全ゲノム配列に基づく脊椎動物の系統解析
5.Periplamic bindingタンパク質ファミリーの分節構造進化の解析
6.アセチルコリン受容体遺伝子の分節構造の進化解析
7.真核生物のプロテオソーム手法に基づいた新遺伝子の発見
8.ホヤのメラニン合成系遺伝子の進化的解析
9.ゲノム情報のデータベースデザインの研究
10.大量ゲノム情報の処理ソフトの開発研究
これらの研究は、一見脈絡が無いように見えるが、それぞれがゲノムの進化学的解析(1、2、3、4)、遺伝子やタンパク質の分節進化解析(5、6)、遺伝子やタンパク質の有機集合体としての解析(7,8)、そしてゲノムの情報生物学的研究開発(9,10)と分けることが出来る。これらの研究はそれぞれの種々の国際学術誌に出版されたが、全体を通しての成果は、遺伝子やその制御領域の有機集合体としてのゲノムの自然史的研究に貢献をもたらすと信ずる。

報告書

(3件)
  • 1999 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1998 実績報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (42件)

  • [文献書誌] Sato, S. ら: "Structure and Developmental Expression of the Ascidian TRP Gene : Insights Into the Evolution of Pigment Cell-specific Gene Expression"Developmental Dynamics. 215. 225-237 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Itoh, T. ら: "A low rate of nucleotide changes in Escherichia coil K-12 estimated from a comparison of the genomo sequences between two different sub strains"FEBS Letters. 450. 72-76 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Itoh, T. ら: "Evolutionary Instability of Operon Structures Disclosed by Sequence Comparisons of Complete Microbial Genomes"Mol. Biol. Evol.. 16. 332-346 (1999)

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  • [文献書誌] Hatta, Y. ら: "HLA genes and haplotypes in Ryukyuan suggest a recent gene flow to the Okinawa islands"Human Biology. 71・3. 353-365 (1999)

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  • [文献書誌] Shiina, T. ら: "Multiple class I loci expressed by the quail MHC"Immunogentics. 49・5. 456-460 (1999)

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  • [文献書誌] Takezaki, N. ら: "Correct and incorrect vertebrate phylogeniesobtained by the entire mitochondria DNA sequences"Mol. Bol. Evol.. 16. 590-601 (1999)

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  • [文献書誌] Yamazaki, M. ら: "Genomic organization around the centromeric of the HLA class I region : Large-sequence analysis"J. Mol. Evol.. 48. 317-327 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fuakmi-Kobayashi, K. ら: "Domein dislocation : aachange of core structure in preriplasmic binding proteins in their evolutionary history"J. Mol. Biol.. 286. 279-290 (1999)

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  • [文献書誌] Watanabe, M ら: "A phoshate-induced gene which promotes Penicillium mediated bioconversion of cis-propenylphosphnic acid to Fosfomycia"*plied and Environmental Microbiology. 65. 1036-1044 (1999)

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  • [文献書誌] Sugawara, H. ら: "DNA Data Bank of Japan dealing with large-scale data submission"Nucleic Acids Res.. 27. 25-28 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizuki, N. ら: "Major histocompatibility complex class II alleles in an Uygur population in the Silk Route of Northwest China"Tissue antigens. 51. 287-292 (1998)

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  • [文献書誌] Okayama, T. ら: "Formal design and implementation of improved DDBJ DNA database with a new schema and object oriented library"Bioinformatics. 14. 472-478 (1998)

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  • [文献書誌] Tsunoyama, K. ら: "Evolution of Nicotinic Acetylcholine.Receptor Subunits."Mol . Biol. Evol.. 15. 518-527 (1998)

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  • [文献書誌] Tateno, Y. ら: "DNA Data Bank of Japan at work on genome sequence data"Nucleic Acids Res.. 26. 16-20 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sato, S., Toyoda, R., Katsuyama, Y., Saiga, H., Numakunai, T., Ikeo, K., Gojobori, T., Yajima,1. And Yamamoto, H.: "Structure and Developmental Expression of the Ascidian TRP Gene: Insights Into the Evolution of Pigment Cell-Specific Gene Expression"Developmental Dynamics. 215. 225-237 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Itoh, T., Okayama, T., Hashimoto, H., Takeda, J., Davis, R. W., Mori, H. and Gojobori, T.: "A low rate of nucleotide changes in Escherichia coil K-12 estimated from a comparison of the genome sequences between two different sub strains"FEBS Letters. 450. 72-76 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takezaki, N. and Gojobori, T.: "Correct and Incorrect Vertebrate Phylogenies Obtained by the Entire Mitochondrial DNA"Mo1. Bio1. Evo1.. 16. 590-601 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Itoh, T., Takemoto, K., Mori, H. and Gojobori, T.: "Evolutionary Instability of Operon Structures Disclosed by Sequence Comparisons of Complete Microbial Genomes"Mo1. Bio1. Evo1.. 16. 332-346 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shiina, T., Oka, A., Imanishi, T., Hanzawa, K., Gojobori, T., Watanabe, S., and Inoko, H.: "Multiple class I 1oci expressed by the quail MHC"Immunogenetics. 49-5. 456-460 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hatta, Y., Ohashi, J., Imanishi, T., Kamiyama, H.,Iha, M., Simabukuro, T., Ogawa, A., Tanaka, H., Akaza, T., Gojobori, T., Juji, T., and Tokunaga, K.: "HLA genes and haplotypes in Ryukyuan suggest a recent gene flow to the Okinawa islands"Human Biology. 71-3. 353-365 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fukami-Kobayashi, K., Tateno, Y. and Nishikawa, K.: "Domain Dislocation: a Change of Core Structure in Periplasmic Binding Proteins in their Evolutionary History"J. Mo1. Bio1.. 286+. 279-290 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yamazaki, M., Tateno, Y. and Inoko, H.: "Genomic organization around the centromeric end of the HLA class I region: Large-scale e analysis"J. Mo1. Bio1.. 48. 317-327 (1999)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Watanabe, M., Sumida, N., Murakami, S., Anzai, H., Thompson, C J. Tateno, Y. and Murakami, T.: "A phosphate-induced gene which promotes Penicillium mediated bioconversion ofcis-propenylphosphonic acid to Fosfomycin. Applied and Environmental"Microbiology. 65. 1036-1044 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sugawara, H., Miyazaki, S., Gojobori, T. and Tateno, Y.: "DNA Data Bank of Japan dealing with large-scale date submission"Nucleic Acids Res.. 27. 25-28 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tateno, Y., Jukami-Kobayashi, K., Miyazaki, S., Sugawara, H. and Gojobori, T.: "DNA Data Bank of Japan at work on genome sequence data"Nucleic Acids Res.. 26. 16-20 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tsunoyama, K. and Gojobori, T.: "Evolution of Nicotinic Acetylcholine. Receptor Subunits"Mol. Bio. Evol.. 15. 518-527 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Okayama, T., Tamura, T., Gojobori, T., Tateno, Y., Ikeo, K., Miyazaki, S., Fukami-Kobayashi, K., and Sugawara, H.: "Formal design and implementation of an improved DDBJ DNA database with a new schema and object-oriented library"Bioinformatics. 14-6. 472-478 (1998)

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      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizuki, N., Ohno., S., Ando, H., Sato, T., Imanishi, T., Gojobori, T., Ishihara, M., Goto, K., Ota, M., Geng, Z., Geng, L., Li, G., and Inoko, H.: "Major histocompatibility complex class II alleles in an Uygur population in the Silk Route of Northwest China"Tissue Antigens. 51-3. 287-292 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1999 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sato, S. ら: "Structure and Developmental Expression of the Ascidian TRP Gene : Insights Into the Evolution of Pigment Cell-Specific Gene Expression"Developmental Dynamics. 215. 225-237 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Itoh, T. ら: "A low rate of nucleotide changes in Escherichia coli K-12 estimated from a comparison of the genome se1uences between two different sub strains"FEBS Letters. 450. 72-76 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Itoh, T. ら: "Evolutionary Instability of Operon Structures Disclosed by Sequence Comparisons of Complete Microbial Genomes"Mol. Biol. Evol.. 16. 332-346 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Hatta, Y.ら: "HLA genes and haplotypes in Ryukyuan suggest a recent gene flow to the Okinawa islands"Human Biology. 71・3. 353-365 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Shiina,T.: "Multiple class I loci expressed by the quail MHC" Immunogenetics. (in press).

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Takezaki,N.: "Correct and incorrect vertebrate phylogeniesobtained by the entire mitochondrial DNA sequences" Mol.Bol.Evol.(in press).

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Hatta,Y.: "HLA genes and haplotypes in Ryukyuan suggest a recent gene flow to the Okinawa islands" Hyman Biology. (in press).

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Yamazaki,M.: "Genomic organization around the centromeric end of the HLA class I region:Large-scale sequence analysis" J.Mol.Evol.(in press).

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Fukami-Kobayashi,K.: "Domain dislocation:a change of core structure in periplasmic binding proteins in their evolutionary history" J.Mol.Biol.286. 279-290 (1999)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Watanabe,M: "A phosphate-induced gene which promotes Penicillium mediated bioconversion of cis-propenylphosphonic acid to Fosfomycin" Applied and Environmental Microbiology. 65. 1036-1044 (1999)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Sugawara,H.: "DNA Data Bank of Japan dealing with large-scale data submission" Nucleic Acids Res.27. 25-28 (1999)

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      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Mizuki,N.: "Major histocompatibility complex class II alleles in an Uygur population in the Silk Route of North west China" Tissue Antigens. 51. 287-292 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Okayama,T.: "Formal design and implementation of improved DDBJ DNA database with a new schema and object oriented library" Bioinformatics. 14. 472-478 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Tateno,Y.: "DNA Data Bank of Japan at work on genome sequence data" Nucleic Acids Res.26. 16-20 (1998)

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      1998 実績報告書

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公開日: 1998-04-01   更新日: 2016-11-11  

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