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細胞内代謝シミュレーションのための汎用システム

研究課題

研究課題/領域番号 11149224
研究種目

特定領域研究(A)

配分区分補助金
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

冨田 勝  慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60227626)

研究分担者 中山 洋一  慶應義塾大学, 環境情報学部, 助手 (20317316)
研究期間 (年度) 1998 – 2000
研究課題ステータス 完了 (1999年度)
配分額 *注記
2,100千円 (直接経費: 2,100千円)
1999年度: 2,100千円 (直接経費: 2,100千円)
キーワード細胞代謝 / シミュレーション / 細胞モデル / 仮想細胞 / E-CELL / 赤血球
研究概要

E-CELLシステムを用いた実在する細胞のシミュレーションとして、実験より得られたデータに基づいたヒト赤血球細胞シミュレーションモデルを構築した。これは主な代謝経路である解糖系、ペントースリン酸経路、核酸代謝系から成っており、また、これらの経路に関わる酵素活性へのpHの影響や、浸透圧による赤血球の体積変化、ヘモグロビンによるO2運搬、CO2のpH緩衝作用などについても詳細に表現している。このモデルは定常状態に達しており、実験で確認されている赤血球の状態を再現することができた。
今回、このモデルを用いて、赤血球の疾患として多く見られる先天的代謝系酵素異常疾患のシミュレーションを行った。これら先天的疾患のうち、Glucose-6-Phosphate dehydrogenase(G6PDH),Hexokinase(HK),Phosphofructokinase(PFK),Pyruvate Kinase(PK)の4つの全律速酵素において、正常酵素の反応速度パラメータを文献より得られた異常酵素のものと入れ替え、シミュレーションを実行してこの異常状態における様子を解析した。HK、PHK、PK 各欠損症におけるシミュレーション結果は、ATPの産生の減少や、直前の代謝物質の蓄積が認められた。また、G6PDH欠損症においては、赤血球内の各種還元反応を担うGSHの産生が停止するなど、実際の欠損症における病態に近い反応を示した。また、これまでこれらの先天的疾患の治療法として用いられてきた方法についてシミュレーション上での再現を試みた。

報告書

(1件)
  • 1999 実績報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (4件)

  • [文献書誌] 冨田 勝、 中山 洋一: "The E-CELL Project: Towards Integrative Simulation of Cellular Processes"New Generation Computing. Vol. 18 No. 1. 1-12 (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 斎藤 輪太郎、 冨田 勝: "Computer analysis of archaebacterial genomes suggest that they employ both eucaryotic and eubacterial mechanisms in translation initiation"Gene. Vol. 238. 79-83 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 長田木綿子、冨田 勝: "Analysis of basepairing potentials between 16S γRNA and 5 UTR for translation initiation in various prokaryotes"Bioinformatics. Vol. 15. 578-581 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 冨田 勝、和田 理彦: "ApA Dinucleotide periodicity in Procaryote, Eucaryote and Organelle Genomes"Journal of Molecular Evolution. Vol. 49. 182-192 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書

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公開日: 1999-04-01   更新日: 2016-04-21  

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