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生体超分子複合体の構造解析への多波長異常分散法の利用

研究課題

研究課題/領域番号 11169202
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関大阪大学

研究代表者

中川 敦史  大阪大学, たんぱく質研究所, 助教授 (20188890)

研究分担者 山下 栄樹  大阪大学, 蛋白質研究所, 助手 (00294132)
研究期間 (年度) 1999 – 2002
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
19,100千円 (直接経費: 19,100千円)
2002年度: 5,100千円 (直接経費: 5,100千円)
2001年度: 5,200千円 (直接経費: 5,200千円)
2000年度: 4,500千円 (直接経費: 4,500千円)
1999年度: 4,300千円 (直接経費: 4,300千円)
キーワード生体超分子複合体 / 多波長異常分散法 / シンクロトロン放射光 / X線結晶構造解析 / タンパク質複合体 / 放射光 / 構造生物 / タンパク質 / 構造生物学
研究概要

多波長異常分散法は,1種類(場合によっては1個)の結晶で構造解析が可能な,迅速かつ確実な位相決定法であるため,近年多くのタンパク質結晶の構造解析に適用されてきている.しかし,異常分散効果による回折強度差は小さく,分子量数万程度タンパク質にしか適用されていない.分子量の大きな生体高分子複合体に多波長異常分散法を適用するためには,より精度の高い回折強度データ収集を行う必要がある.
本研究では,SPring-8の生体超分子ビームライン(BL44XU)において,多波長異常分散法を高分子量タンパク質複合体に適用するための回折強度データ収集システムの改良と構造解析への応用を進めてきた.特に今年度は,波長変更と波長校正(測定波長の最適化)を,簡単に行えるソフトウェアの開発を行った.また,同時に,新規のタンパク質の構造解析への適用を行った.
測定波長の最適化と波長変更を行うためのソフトウェアは,GUIを採用し,サンプルからの蛍光測定を行うことにより,X線専門家でなくても容易に最適な波長を選択することができる.
本研究の遂行過程で,異常分散効果の大きな1波長のデータを用いた,単一波長異常分散法(Single-wavelength Anomalous Diffraction : SAD)の適用範囲が,予想以上に広く,多くの場合吸収端よりわずかに高エネルギー側のいわゆるピークと呼ばれる波長のデータのみで構造解析可能であることが示された.

報告書

(4件)
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 2000 実績報告書
  • 1999 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (21件)

  • [文献書誌] A.Ogawa, Y.Takayama, H.Sakai, K.T.Chong, S.Takeuchi, A.Nakagawa, S.Nada, M.Okada, T.Tsukihara: "Structure of the Carboxyl-terminal Src Kinase, Csk"The Journal of Biological Chemistry. 277. 14351-14354 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 中川敦史: "ウイルスのSPring-8利用による生体超分子複合体の構造決定"蛋白質核酸酵素. 47(8). 1131-1136 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] A.Nakagawa, N.Miyazaki, J.Taka, H.Naitow, A.Ogawa, Z.Fujimoto, H.Mizuno, T.Higashi, Y.Watanabe, T.Omura, R.H.Cheng, T.Tsukihara: "The Atomic Structure of a Double Shelled Virus, Rice Dwarf Virus"Acta Crystallographica. A58. C12 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] S.Toma, A.Nakagawa, T.Tsukihara, S.Inouye, O.Shimomura: "The Crystal Structure of Semi-Synthetic Aequorins"Acta Crystallographica. A58. C114 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] N.Miyazaki, J.Taka, H.Naitow, A.Ogawa, A.Nakagawa, Z.Fujimoto, H.Mizuno, T.Higashi, Y.Watanabe, T.Omura, R.H.Chen, T.Tsukihara: "Assembly Mechanism of a Double-shelled Virus, Rice Dwarf Virus"Acta Crystallographica. A58. C385 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Eiki Yamashita, Masaki Yamamoto, Atsushi Nakagawa, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara: "IPR Beamline (BL44XU) for Macromolecular Assemblies at SPring-8"Acta Crystallographica. A58. C388 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Yamagata, K.Ogasahara, Y.Hioki, S.J.Lee, A.Nakagawa, H.Nakamura, M.Ishida, S.Kuramitsu, K.Yutani: "Entropic Stabilization of the Tryptophan Synthase a-Subunit from a Hyperthermophile, Pyrococcus furiosus : X-ray Analysis and Calorimetry"Journal of Biological Chemistry. 276. 11062-11071 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 中川敦史: "X線結晶構造解析"RADIOISOTOPES. 50周年記念号. 78S-84S (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Atsushi Nakagawa et al.(eds.A.Messerschmidt, R.Huber, T.Poulos, K.Wieghardt): "Handbook of Metalloproteins"John Wiley & Sons, Ltd. 1449 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Atsushi Nakagawa et al.: "The three-dimensional structure of the RNA-binding domain of riboscmal protein L2 : a protein at the peptidyl transferase center of the ribosome"EMBO Journal. 18. 1459-1467 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Atsushi Nakagawa et al.: "Crystal structure of a ribonuclease from the seeds of bitter gourd (Momordica charantia) at 1.75 Å resolution"Biochimica et Biophysica Acta. 1433. 253-260 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Gentaro Miyazawa et al.: "Magnesium (II) and Zine (II) ? protopocphyrin XI's stubilize the Lowest Oxgen Affinity of Human Hemoglobin Even More Strongly than Deoxyheme"Journal of Molecular Biology. 292. 1121-1136 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Hiroshi Susimoto et al.: "Crystal Structure of Human D-Dopachrome Tautomerase, a Homologue of Macrophase Migration Inhibitory Factor, at 1.54 Å Resolution"Biochemistry. 38. 3268-3279 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Thakahiro Tominaga et al.: "High Resolution Crystals of the HU Mutant K38N from Bacillus stearo-chermophilus"Journal of Structural Biology. 125. 86-89 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] A. Nakagawa et al.: "The Crystal Structure of MRP8, A Member of S100 Calcium-binding protein family, at 1.9 Å resolution"Acta Crystallographica. A55 Supp1. 350 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Takashi Nakashima et al.: "Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Study of 23S rRNA Binding Domain of the Ribosomal Protein L2 from Bacillus Stearoehenrophihs"Journal of Structural Biology. 124. 99-101 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 中川敦史: "人工変更タンパク質調整による多波長異常分数法の利用-迅速な立体構造決定-"放射光. 12. 176-183 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] I. Tanaka et al.: "The Three dimensional Structure of the RNA-binding Domain of Ribosomal Protein L2"Acta Crystallographica. A50, Supp1. 309-310 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] H. Sugimoto et al.: "Crystal Structure of Human D-Dopachrorne Taufonerase at 1.54 Å resolution"Acta Crystall ographica. A50, Supp1. 350 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] M. Yao: "The crystal structure of 1-Aminocyclopropane-1-Carboxylic acid Deaminase from Tenst"Acta Crystallographica. A50, Supp. 329 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 日本化学会編 大場茂,矢野重信編著: "化学者のための基礎講座12 X線講座解析"朝倉書店. 174 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書

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公開日: 1999-04-01   更新日: 2018-03-28  

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