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フォトンファクトリーにおける生物マシーナリー研究のためのより効率的な放射光利用法

研究課題

研究課題/領域番号 11169241
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関高エネルギー加速器研究機構

研究代表者

鈴木 守  高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助手 (40280507)

研究分担者 上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 助手 (20311128)
松垣 直宏  高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助手 (50342598)
五十嵐 教之 (五十嵐 紀之)  高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助手 (80300672)
研究期間 (年度) 1999 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
63,500千円 (直接経費: 63,500千円)
2002年度: 3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
2001年度: 3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
2000年度: 20,300千円 (直接経費: 20,300千円)
1999年度: 37,000千円 (直接経費: 37,000千円)
キーワードタンパク質結晶学 / シンクロトロン放射光 / タンパク質字結晶学 / 生物マシーナリー
研究概要

本研究班では効率的な放射光利用のために回折データ収集の自動化をおよび構造解析の迅速化を達成することを目的とした。
これまでに本研究領域予算により、ADSC社のQuantum4R CCD検出器システムを導入し、回折データ測定の自動化をほぼ達成した。また昨年度導入した高速演算処理装置(Linux計算機)及び、回折イメージ処理ソフトウエア・構造解析用ソフトウエアは、すでに多数のユーザーにより使用されている。本システムを用いてビームタイム中に構造解析を達成するユーザー数は確実に増えてきている。
本年度は回折データ収集のデータストレージ環境、ネットワーク環境の改善を行った。実際には、高速アクセス可能なレイドディスクを実験ステーションに導入し、回折および処理データの冗長保存、および、高速アクセスを可能とした。またステーションの通信をギガビット化して、データ収集保存/画像処理/データバックアップの安定性、高速性を確保した。
また、本研究班で導入した測定システムを用いた実験のデータにより、本研究班員が参加する「細胞内輸送に関係する蛋白質複合体」の構造解析に成功し、輸送の初期段階の分子認識に重要な蛋白質の分子認識機構を明らかにした。これは本研究班で導入したシステムの有効性を示すものである。

報告書

(4件)
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 2000 実績報告書
  • 1999 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (23件)

  • [文献書誌] T.Nogi et al.: "Structural basis for the accessory protein recruitment by the gamma-adaptin"Nat.Struct.Biol.. 9. 527-531 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] T.Shiba et al.: "Molecular mechanism of membrane recruitment of GGA by ARF in lysosomal protein transport"Nat.Struct.Biol.. (in press). (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Yamada et al.: "The 2.0 A crystal structure of catalase-peroxidase from Haloarcula marismortui"Nat.Struct.Biol.. 9. 691-695 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] I.Yoshizaki et al.: "Systematic analysis of the effect of supersaturation on protein crystal quality"J.Crystal Growth. 237-239. 295-299 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] T.Shiba: "Structural basis for recognition of acidic-cluster dileucine sequence by GGA1"Nature. 415. 937-941 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] N.Sakabe: "Automatic Weissenberg data collection system for time-resolved protein crystallography"Nucl. Instrum. Methods. A467-A468. 1367-1371 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Yamada: "Crystallization and preliminary X-ray analysis of catalase-peroxidase from the halophilic archaeon Haloarcula marismortui"Acta Cryst.. D57. 1157-1158 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] I.Yoshizaki: "Systematic analysis of supersaturation and lysozyme crystal quality"Acta Cryst.. D57. 1621-1629 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] T.Oka: "Time-resolved x-ray diffraction reveals multiple conformations in the M-N transition of the bacteriorhodopsin photocycle."Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 97. 14278-14282 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] R.Kato: "Observation of RecA protein monomer by small angle X-ray scattering with synchrotron radiation."FEBS Lett.. 482. 159-162 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] M.Kataoka: "Structures of photointermediates and their implications for the proton pump mechanism."Biochim.Biophys.Acta. 1460. 166-176 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] H.Seto: "Pressure and temperature effects on the phase transition from a dense droplet to a lamellar structure in a ternary microemulsion."J.Chem.Phys.. 112. 10608-10614 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] T.Konno: "A partially unfolded structure of the alkaline -denatured state of pepsin and its implication for stability of the zymogen -derived protein."Biochemistry. 39. 4182-4190 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] T.Sato: "Enhancement in the perfection of orthorhombic lysozyme crystals grown in a high magnetic field (10 T)."Acta Cryst.. D56. 1079-1083 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] N.Igarashi: "Hydroxylamine oxidoreductase. in Handbook of Metalloproteins."John Wiley and Sons, Ltd.(in press). (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] N. Watanabe: "Rotated-inclined focusing monochromator with simultaneous tuning of asymmetry factor and radius of curvature over a wide wavelength"J. Synchrotron Radiation. 6. 64-68 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] 五十嵐 教之: "新規の多ヘム酵素の立体構造解明"日本結晶学会誌. 41. 283-292 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] S. Nomura: "Ordered structure formation of bacteriorhodopsin-hDHFR in a plasma membrane"Langmuir. 15. 214-220 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] T. Oka: "Conformational change of helix G in the bacteriorhodopsin photocycle: Investigation with heavy atom labeling and X-ray diffraction"Biophys. J.. 76. 1018-1023 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] M. Kataoka: "Dynamical and structural modification of staphylococcal nuclease on a terminal truncation"Physica B. 266. 20-26 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] M. Kataoka: "Low energy dynamics of globular proteins studied by inelastic neutron scattering"J. Phys. Chem. Solid..

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] T. Konno: "A partially unfolded structure of the alkaline-denatured state of pepsin and its implications for stability of the zymogen-derived protein"Biochemistry. (in press). (2000)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] H. Kamikubo: "Structures of photointermediates and their implication to the proton pump mechanism"Biochimica et Biophysica Acta. (in press).

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書

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公開日: 1999-04-01   更新日: 2018-03-28  

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