メダカゲノムBACライブラリーの構築

• 研究課題/領域番号: 11236209
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 慶應義塾大学
• 研究代表者: 浅川 修一 慶應義塾大学, 医学部, 助手 (30231872)
• 研究期間 (年度): 1999 – 2003
• 研究課題ステータス: 完了 (2003年度)
• 配分額: 45,700千円 (直接経費: 45,700千円); 2003年度: 10,000千円 (直接経費: 10,000千円); 2002年度: 10,000千円 (直接経費: 10,000千円); 2001年度: 8,400千円 (直接経費: 8,400千円); 2000年度: 8,400千円 (直接経費: 8,400千円); 1999年度: 8,900千円 (直接経費: 8,900千円)
• キーワード: メダカゲノム / BAC / LG22 / 4次元PCR / 性決定 / GSS / BAC末端シーケンス / ポジショナルクローニング / メダカ / HNI / Hd-rR / ゲノム解析 / DMY / DMRT1Y / STS / ゲノムシーケンス / 遺伝子地図 / BACライブラリー / 高密度レプリカメンブレン / 末端シーケンス / BACコンティグ / デジタルハイブリダイゼーション / ケツムライブラリー / pBAC-Lac / EST

研究概要

1.北日本由来近交系HNI株をソースとして、20ゲノム相当(平均インサートサイズ160kb、9万6千クローン)のBACラィブラリーを作製し、384穴プレート250枚に個別に保存した。さらにコロニーハイブリダイゼーション法によって目的のクローンを同定するための高密度レプリカフィルターを多数作製した。
2.BACクローンの末端シーケンシングを推進するための実験系を確立し、HNI-BAC8,160クローンの両末端を解読した。また我々が名大堀教授らと共同で構築していたメダカHd-rR株BAC、ドイツで構築されたメダカCab株BACについてそれぞれ、11,904クローン、1,152クローンの両末端シーケンスを決定した。これらによって解読した計21,216クロー
3.メダカHd-rR.株30,720クローンに対してPCRスクリーニングを行うためのBAC-DNAプールを調製した。このスクリーニング系では、1次スクリーニングとして20スーパープール、2次スクリーニングとして各スーパープールに対して28プールの4次元DNAミックスをテンプレートにPCRを行うようデザインした。これらはBACウォーキングなどに活用した。
4.領域内外の研究者と共同でメダカ22番染色体全体(約20Mb)のシーケンシングを目指して、BACコンティグの作成、シーケンシングを進めた。2004年2月現在で11Mb(55%)をカバーするBACのコンティグ作成および7Mb(35%)のシーケンシングが完了した。
5.領域内外の研究者に多数のBACクローンやそのスクリーニング材料、末端シーケシスデータを提供した。その結果、メダカ性決定遺伝子など様々な遺伝子のポジショナルクローニングや構造解析、さらにBACコンティグマップや連鎖地図作成に貢献した。

研究成果

• [文献書誌] Yao, Y.: "Genomic structure and expression of the soluble guanylyl cyclase alpha2 subunit gene in the medaka fish Oryzias latipes"Zoological Science. 20. 1293-1304 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Okubo, K.: "A novel third gonadotropin-releasing hormone receptor in the medaka Oryzias latipes : evolutionary and functional implications."Gene. 314. 121-131 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kondo, M.: "Absence of the candidate male sex-determining gene dmrtlb(Y) of medaka from other fish species."Current Biology. 13. 416-420 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kondo, M.: "Molecular cloning and characterization of DMRT genes from the medaka Oryzias latipes and the platyfish Xiphophorus maculatus."Gene. 295. 213-222 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Nanda, I.: "A duplicated copy of DMRTI in the sex-determining region of the Y chromosome of the medaka, Oryzias latipes."Proc Natl Acad Sci USA. 99. 11778-11783 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Okubo, K.: "Structural characterization of GnRH loci in the medaka genome."Gene. 293. 181-189 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Matsuda, M.: "DMY is a Y-specific DM-domain gene required for male development in the medaka fish."Nature. 417. 559-563 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Matsuo M.Y.: "Nucleotide sequence of the MHC class I genomic region of a teleost, the medaka (Oryzias latipes)."Immunogenetics. 53. 930-940 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kondo, S.: "The medaka rs-3 locus required for scale development encodes ectodysplasin-A receptor."Current Biology. 11. 1202-1206 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Yao Y, Yamamoto, T., Tsutsumi, M., Matsuda, M., Hori, H., Naruse, K., Mitani, H., Shima, A., Asakawa, S., shimizu, N., Suzuki, N.: "Genomic structure and expression of the soluble guanylyl cyclase alpha2 subunit gene in the medaka fish Oryzias latipes."Zoolog Sci. 20. 1293-1304 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Okubo, K., Ishii, S., Ishida, J., Mitani, H., Naruse, K., Kondo, M., Shima, A., Tanaka, M., Asakawa, S., Shimizu, N., Aida, K.: "A novel third gonadotropin-releasing hormone receptor in the medaka Oryzias latipes : evolutionary and functional implications."Gene. 314. 121-131 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kondo, M., Nanda, I., Hornung, U., Asakawa, S., Shimizu, N., Mitani, H., Schmid, M., Shima, A., Schartl, M.: "Absence of the candidate male sex-determining gene dmrt1b (Y) of medaka from other fish species."Curr Biol.. 13. 416-420 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kondo, M., Froschauer, A., Kitano, A., Nanda, I., Hornung, U., Volff, J., Asakawa, S., Mitani, H., Naruse, K., Tanaka, M., Schmid, M., Shimizu, N., Schart, M., Shima, A.Tanaka, M., Schmid, M., Shimizu, N., Schartl, M., Shima, A.: "Molecular cloning and characterization of DMRT genes from the medaka Oryzias latipes and the platyfish Xiphophorus maculatus."Gene. 295. 213-222 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Nanda, I., Kondo, M., Hornung, U., Asakawa, S., Winkler, C., Shimizu, A., Shan, Z., Haaf, T., Shimizu, N., Shima, A., Schmid, M., Schartl, M.: "A duplicated copy of DMRT1 in the sex-determining region of the Y chromosome of the medaka, Oryzias latipes."Proc Natl Acad Sci U S A. 99. 11778-11783 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Okubo, K., Mitai, H., Naruse, K., Kondo, M., Shima, A., Tanaka, M., Asakawa, S., Shimizu, N., Yoshiura, Y., Aida K.: "Structural characterization of GnRH loci in the medaka genome."Gene. 293. 181-189 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Matsuda, M., Nagahama, Y., Shinomiya, A., Sato, T., Matsuda, C., Kobayashi, T., Morrey, CE., Shibata, N., Asakawa, S., Shimizu, N., Hori, H., Hamagauchi, S., Sakaizumi, M.: "DMY is a Y-specific DM-domain gene required for male development in the medaka fish."Nature. 417. 559-563 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Matsuo MY, Asakawa, S., Shimizu, N., Kimura H, Nonaka M.: "Nucleotide sequence of the MHC class I genomic region of a teleost, the medaka (Oryzias latipes)."Immunogenetics. 53. 930-940 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kondo, S.Kuwahaa, Y., Kondo, M., Naruse, K., Mitani, H., Wakamatsu, Y., Ozato, K., Asakawa, S., Shimizu, N., Shima, A.: "The medaka rs-3 locus required for scale development encodes ectodysplasin-A receptor"Curr Biol. 11. 1202-1206 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Yao Y, Yamamoto, T., Tsutsumi, M., Matsuda, M., Hori, H., Naruse, K., Mitani, H., Shima, A., Asakawa, S., Shimizu, N., Suzuki, N.: "Genomic structure and expression of the soluble guanylyl cyclase alpha2 subunit gene in the medaka fish Oryzias latipes."Zoolog Sci.. 20. 1293-1304 (2003)
• [文献書誌] Okubo, K., Ishii, S., Ishida, J., Mitani, H., Naruse, K., Kondo, M., Shima, A., Tanaka, M., Asakawa, S., Shimizu, N., Aida, K.: "A novel third gonadotropin-releasing hormone receptor in the medaka Oryzias latipes : evolutionary and functional implications."Gene.. 314. 121-131 (2003)
• [文献書誌] Kondo, M., Nanda, I., Hornung, U., Asakawa, S., Shimizu, N., Mitani, H., Schmid, M., Shima, A., Schartl, M.: "Absence of the candidate male sex-determining gene dmrt1b(Y) of medaka from other fish species."Curr Biol.. 13. 416-420 (2003)
• [文献書誌] Matsuda M, Nagahama Y, Shinomiya A, Sato T, Matsuda C, Kobayashi T, Morrey CE, Shibata N, Asakawa S, Shimizu N, Hori H, Hamaguchi S, Sakaizumi M.: "DMY is a Y-specific DM-domain gene required for male development in the medaka fish"Nature. 417. 559-563 (2002)
• [文献書誌] Nanda I, Kondo M, Hornung U, Asakawa S, Winkler C, Shimizu A, Shan Z, Haaf T, Shimizu N, Shima A, Schmid M, Schartl M.: "A duplicated copy of DMRT1 in the sex-determining region of the Y chromosome of the medaka, Oryzias latipes"Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99. 11778-11783 (2002)
• [文献書誌] Kondo M, Froschauer A, Kitano A, Nanda I, Hornung U, Volff JN, Asakawa S, Mitani H, Naruse K, Tanaka M, Schmid M, Shimizu N, Schartl M, Shima A.: "Molecular cloning and characterization of DMRT genes from the medaka Oryzias latipes and the platyfish Xiphophorus maculatus"Gene. 295. 213-222 (2002)
• [文献書誌] Kondo M, Nanda I, Hornung U, Asakawa S, Shimizu N, Mitani H, Schmid M, Shima A, Schartl M.: "Absense of the Candidate Male Sex-Determining Gene dmrt1b(Y) of Medaka from Other Fish Species"Curr. Biol.. 13. 416-420 (2003)
• [文献書誌] Kondo S.: "The medaka rs-3 locus required for scale development encodes ectodysplasin-A receptor"Current Biology. 11・15. 1202-1206 (2001)
• [文献書誌] Kondo M.: "Molecular cloning and characterization of DMRT genes from Medaka Oryzias latipes and the platyfish Xiphophorus maculatus"Gene. (in press).
• [文献書誌] The chromosome 21 mapping and sequencing consortium.: "The DNA sequence of human chromosome 21."Nature. 405. 311-319 (2000)
• [文献書誌] Scott HS et al.: "Insertion of beta-satellite repeats identifies a transmembrane protease causing both congenital and childhood onset autosomal recessive deafness."Nature Genetics. 27. 59-63 (2001)
• [文献書誌] Internation Human Genome Sequencing Consortium: "Initial sequencing and analysis of the human genome."Nature. 409. 860-921 (2001)
• [文献書誌] International Human Genome Mapping Consortium: "A physical map of the human genome、"Nature. 409. 934-940 (2001)
• [文献書誌] Suzuki K.: "Construction and evaluation of a porcine bacterial artificial library"Anim. Genet.. 31. 8-12 (2000)
• [文献書誌] Dunham I.: "The DNA sequence of human chromosome 22"Nature. 402. 489-501 (1999)
• [文献書誌] Ozaki H.: "Structure and chromosome mapping of the human SLX4 and murine Six4 genes"Cytogenet All Genet.. 87. 108-112 (1999)
• [文献書誌] Gomyo H.: "A 2Mb sequence-ready config map and a novel immunogloblin superfamily gene IGSF4 in the LOH region of chromosome 11823.2"Genomics. 62. 139-146 (1999)
• [文献書誌] Yanauchi T.: "Assignment of the human poly(A) polymerase (PAP) gene to chromosome 14832.1 - 832.2 and isolation of a polymorphic CA reaeat sequence"J. Hum. Genet.. 44. 253-255 (1999)
• [文献書誌] Wu C.: "Construction and charactrization of bacterial artificial chromosome libraries from silkworm Bombyx mori"Mol. Gen. Genet. 261. 698-706 (1999)