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イオンチャネルブロッカーの構造生物学的研究と創薬への展開

研究課題

研究課題/領域番号 11307053
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 物理系薬学
研究機関東京大学

研究代表者

嶋田 一夫  東京大学, 大学院・薬学研究科, 教授 (70196476)

研究分担者 加藤 晃一  名古屋市立大学, 薬学部, 教授 (20211849)
高橋 栄夫  東京大学, 大学院・薬学系研究科, 助手 (60265717)
研究期間 (年度) 1999 – 2001
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
39,650千円 (直接経費: 37,100千円、間接経費: 2,550千円)
2001年度: 11,050千円 (直接経費: 8,500千円、間接経費: 2,550千円)
2000年度: 8,500千円 (直接経費: 8,500千円)
1999年度: 20,100千円 (直接経費: 20,100千円)
キーワード核磁気共鳴法 / 構造生物学 / イオンチャネル / ゲーテリング変調剤 / 創薬 / NMR / 相互作用 / ゲーディングモディファイアー / 立体構造 / ブロッカー
研究概要

GrTxは、Xenopus oocytesから発見された、アミノ酸残基36残基からなるチャネル阻害剤である。チャネル阻害剤は、ボアー阻害剤とゲーティング変調剤に分けられる。ボアー阻害剤は、チャネル孔に結合しイオンの透過を妨げると考えられ、ゲーティング変調剤は、チャネルの開閉を制御するゲーティング領域に作用し、結果としてイオンの透過を妨げる。GrTxは、その機能から後者に分類される。
本年度は、GrTxの溶液における立体構造を核磁気共鳴(NMR)法により決定した。まず、GrTxを固相重合法により化学合成した。合成したGrTxは電気生理的にその活性が充分であることを確認した後、NMR測定に供した。各種2次元NMR測定を行い、スペクトル解析し、NOEから構造計算のための距離制限を集めた。得られた、距離制限に基づき分子動力学計算を行い、GrTxの立体構造を求めた。
GrTxは、2個のβ鎖と1個のβバルジからなる、所謂、'inhibitor cystine knot'を持つことが判明した。そして、その表面構造は、先の研究より明らかになった、ゲーティング変調剤HaTxの表面に存在したゲーティング変調剤の特徴と一致した。したがって、GrTxのチャネルの相互作用には、HaTxと同じ荷電残基に囲まれた疎水パッチが重要であることが明らかになった。
さらに、表面の形、荷電残基の分布を調べたところ、HaTxと似ているものの違いが見られた。HaTxとGrTxはそれぞれ、KチャネルおよびCaチャネルに強く結合する。しかし、親和性こそ弱いものの、HaTxはCaチャネルに、GrTxはKチャネルに結合する。したがって、この反応交差性は、表面状態の微妙な違いに由来すると考えた。

報告書

(4件)
  • 2001 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 1999 実績報告書
  • 研究成果

    (61件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (61件)

  • [文献書誌] Hiroyuki Kobayashi: "Probing the Interaction between a High-Affinity Single-Chain Fv and a Pyrimidine (6-4) Pyrimidone Photodimer by Site-Directed Mutagenesis"Biochemistry. 38. 532-539 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takuya Torizawa: "Conformational Multiplicity of the Antibody Combining Site of a Monoclonal Antibody Specific for a (6-4) Photoproduct"J. Mol. Biol.. 290. 731-740 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shunro Kawaminami: "A Multinuclear NMR Study of the Active Site of an Endoglucanase from a Strain of Bacillus-Use of Trp Residues as Structural Probes"J. Biol. Chem.. 274. 19823-19828 (1999)

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  • [文献書誌] Masayoshi Nakasako: "The pH-dependent structural variation of complementarily-determining region H3 and the association mode of variable domains in Fy fragment from an anti-d"J. Mol. Biol.. 291. 117-134 (1999)

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  • [文献書誌] Yoshiki Yamaguchi: "Development of a Systematic Method for ^<13>C Labeling of IgG Carbohydrate Chains for NMR Study"Glycocojugate J.. 16. 8 (1999)

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  • [文献書誌] Noriko Takahashi: "N-glycan structure of a recombinant mouse soluble Fc receptor II"Glycocojugate J.. 16. 114 (1999)

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  • [文献書誌] Katsuyoshi Masuda: "Post-translational modifications of immunoglobulin G : A mouse IgG variant that lacks the entire CH1 domain"Molecular Immunology. 36. 993-1003 (1999)

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  • [文献書誌] Hideo Takahashi: "Solution Structure of Hanatoxin 1, Gating Modifier of Drk1 Potassium Channel"Peptide Science. 83-86 (1999)

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  • [文献書誌] Koh Takeuchi: "Three-dimensional Solution Structure of Calcium Channel Activator : Imperatoxin A Detrermined by NMR Spectroscopy"Peptide Science. 83-86 (1999)

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  • [文献書誌] Sato K.: "Chemical synthesis and properties of (6-4) photoproduct and its analogs"Nucleic Acids Symposium Series. 42. 37-38 (1999)

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  • [文献書誌] Noriko Takahashi: "N-Glycan structure of murine hippocampus serine protease, neuropsin, produced in Trichoplusia ni cells"Glycoconjugate J.. 16. 405-414 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Koichi Kato: "Structural Basis of the Interaction between IgG and Fc Receptors"J. Mol. Biol.. 295. 213-224 (2000)

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  • [文献書誌] Takuya Torizawa: "DNA-binding mode of the Fab fragment of a monoclonal antibody specific for cyclobutane thymine dimer"Nucleic Acids Res.. 28. 944-951 (2000)

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  • [文献書誌] Hideo Takahashi: "A Novel NMR Method for the Determination of the Interface of Large Protein-protein Complexes"Nature Struct. Biol.. 7. 220-223 (2000)

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  • [文献書誌] Kousuke Sato: "Efficient chemical synthesis of a pyrimidine (6-4) pyrimidone photoproduct analog and its properties"Tetrahedron Lett.. 41. 2175-2179 (2000)

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  • [文献書誌] Hideo Takahashi: "Solution structure of hanatoxin1, a gating modifier of voltage-dependent K^+ channels : common surface features of gating modifier toxins"J. Mol. Biol.. 297. 771-780 (2000)

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  • [文献書誌] Kazuyasu Shindo: "Backbone ^1H, ^<13>C and ^<15>N resonance assignments of the anti-dansyl antibody Fv fragment"J. Biomol. NMR. 17. 357-358 (2000)

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  • [文献書誌] lchio Shimada: "NMR Analysis for Interactions Between Bio-Macromolecules Real-Time Analysis of Biomolecular Interactions"(K.Nagata and H.Handa, ed.). 223-231 (2000)

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  • [文献書誌] Katsuyoshi Masuda: "Pairing of oligosaccharides in the Fc region of immunoglobulin G"FEBS Lett.. 473. 349-357 (2000)

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  • [文献書誌] Yoshiki Yamaguchi: "^1H and ^<13>C NMR assignments for the glycans in glycoproteins by using ^2H/^<13>C-labeled glucose as a metabolic precursor"J. Biomol. NMR. 18. 357-360 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kazuyasu Shindo: "Solution Structure of Micelle-bound H5 Peptide (427-452) : A Primary Structure Corresponding to the Pore-Forming Region of the Voltage Dependent Potassium"Biochim. Biophys. Acta.. 1545. 153-159 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tomohisa Aoyama: "Identification and characterization of an antibacterial peptide in the 26-Kda protease of Sarcophaga peregrina having antibacterial activity"J. Biochem.. 130. 313-318 (2001)

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  • [文献書誌] Tamiji Nakanishi: "Determination of the Interface of a Large Protein Complex by Transferred Cross-saturation Measurements"J. Mol. Biol.. (in press).

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroyuki Kobayashi, Hiroshi Morioka, Kunihiro Tobisawa, Takuya Torizawa, Koich Kato, Ichio Shimada, Osamu Nikaido, Jon D. Stewart and Eiko Ohtsuka: "Probing the Interaction between a High-Affinity Single-Chain Fv and a Pyrimidine (6-4) Pyrimidone Photodimer by Site-Directed Mutagenesis"Biochemistry. 38. 532-539 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takuya Torizawa, Koichi Kato, Jiro Kato, Hiroyuki Kobayashi, Yasuo Komatsu, Hiroshi Morioka, Osamu Nikaido, Eiko Ohtsuka and Ichio Shimada: "Conformational Multiplicity of the Antibody Combining Site of a Monoclonal Antibody Specific for a (6-4) Photoproduct"J. Mol. Biol.. 290. 731-740 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shunro Kawaminami, Hideo Takahashi, Susumu Ito, Yoji Arata, and Ichio Shimada: "A Multinuclear NMR Study of the Active Site of an Endoglucanase from a Strain of Bacillus: Use of Trp Residues as Structural Probes"J. Biol. Chem.. 274. 19823-19828 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masayoshi Nakasako, Hideo Takahashi, Nobuhisa Shimba, Ichio Shimada and Yoji Arata: "The pH-dependent structural variation of complementarity-determining region H3 and the association mode of variable domains in Fv fragment from an anti-dansyl monoclonal antibody, IgG2a(s)"J. Mol. Biol.. 291. 117-134 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshiki Yamaguchi, Koichi Kato, Mitsuru Shindo, Shin Aokil, Kumiko Furusho, Kenji Koga, Noriko Takahashi, Yoji Arata and Ichio Shimada: "Developmentof a Systematic Method for^<13>C Labeling of IgG Carbohydrate Chains for NMR Study"Glycocojugate J.. 16. 8 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Noriko Takahashi, Wakako Yamada, Katsuyoshi Masuda, Hiroko Araki, Yoshinori Tsukamoto, Annie Galinha, Catherine Ssutes, Koich Kato, Ichio Shimada: "N-glycan structure of a recombinant mouse soluble Fc receptor II"Glycocojugate J.. 16. 114 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katsuyoshi Masuda, Yoshiki Yamaguchi, Koichi Kato, HaHyung Kim, Noriko Takahashi, Ichio Shimada and Yoji Arata: "Posl-translational modifications of immunoglobulin G: A mouse IgG variant that lacks the entire CHl domain"Molecular Immunology. 36. 993-1003 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] HidcoTakahashi, Jae II Kim, Kazuki Sato, Kenton J. Swartz, and Ichio Shimada: "Solution Structure of Hanatoxin l, Gating Mndifier of Drk l Potassium Channel"Peptide Science. 83-86 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Koh Takeuchi, Jae II Kim, HideoTakahashi, Kazuki Sato, and Ichio Shimada: "Three-dimensional Solution Structure of Calcium Channel Activator: Imperatoxin A Determined by NMR Spectroscopy"Peptide Science. 83-86 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sato K., Komatsu Y., Torizawa T., Kato K., Shimada I., Ohtsuka E.: "Chemical synthesis and properties of (6-4) photoproduct and its analogs"Nucleic Acids Symposium Series. (42). 37-8 (1999)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Noriko Tkahashi, Y. Tsukamoto, S. Shiosaki, Toshio Hakoshima, Yoji Arata, Yoshiki Yamaguchi, Koichi Kato and Ichio Shimada: "N-Glycan structure of murine hippocampus serine protease, neuropsin, produced in Trichoplusia ni cells"Glycoconjugate J. 16. 405-414 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Koichi Kato, Catherine Sautes-Fridman, Wakako Yamada,. Junichi Enokizono, Yuii Kobavashi, Yoji Arata, and Ichio Shimada: "Struetural Basis of the Interaction between IgG and Fc Receptors"J. Mol. Biol.. 295. 213-224 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takuya Torizawa, Nobuhiro Yamamoto, Tomonori Suzuki, Kaoru Nobuoka, Yasuo Komatsu, Hiroshi Morioka, Osamu Nikaido, Eiko Ohtsuka, Koichi Kato, and Ichio Shimada: "DNA-binding mode of the Fab fragment of a monoclonal antibody specific for cyclobutane thymine dimer"Nucleic Acid Res. 28. 944-951 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hideo Takahashi, Tamiji Nakanishi, Keiichiro Kami, Yoji Arata and Ichio Shimada: "A Novel NMR Method for the Determination of the Interface of Large Protein-protein Complexes"Nature Struct. Biol.. 7. 220-223 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kousuke Sato, Yasuo Komatsu, Takuya Torizawa, Koichi Kato, Ichio Shimada, Osamu Nikaido and Eiko Ohtsuka: "Efficient chemical synthesis of a pyrimidine (6-4) pyrimidone photoproduct analog and its properties"Tetrahedron Lett.. 41. 2175-2179 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] HideoTakahashi, Jae II Kim, Hye Jung Min, Kazuki Sato, Kenton J. Swartz, and Ichio Shimada: "Solution structure of hanatoxin l, a gating modifier of voltage-dependent K^+ channels: common surface features of gating modifier toxins"J. Mol. Biol.. 297. 771-780 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kazuyasu Shindo, Katsyoshi Masuda, Hideo Takahashi, Yoji Arata, and Ichio Shimada: "Backbone ^1H, ^<13>C, and ^<15>N resonance assignments of the anti-dansyl antibody Fv fragment"J. Biomol. NMR. 17. 357-358 (2000)

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  • [文献書誌] Ichio Shimada: "NMR Analysis for Interactions Between Bio-Macromolecules"Real-Time Analysis of Biomolecular Interactions (K.Nagata and H. Handa, ed.). 223-231 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katsuyoshi Masuda, Yoshiki Yamaguchi, Koichi Kato, Noriko Takahashi, Ichio Shimada, and Yoji Arata: "Pairing of oligosaccharides in the Fc region of immunoglobulin G"FEBS Lett.. 473. 349-357 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshiki Yamaguchi, Takeshi Takizawa, Koichi Kato, Yoji Arata, and Ichio Shimada: "^1H and ^<13>C NMR assignments for the glycans in glycoproteins by using ^2H/^<13>C-labeled glucose as a metabolic precursor"J. Biomol. NMR. 18. 357-360 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kazuyasu Shindo, Kohki Shinozaki, Keiichiro Kami, Kazunori Anzai, Sannamu Lee, Haruhiko Aoyagi, Yutaka Kirino, and Ichio Shimada: "Solution Structure of Micelle-bound H5 Peptid (427-452): A Primary Structure Corresponding to the Pore-Forming Region of the Voltage Dependent Potassium Channel"Biochem. Biophys. Acta. 1545. 153-159 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tomohisa Aoyama, Yumiko Tsuji, kou Takeuchi, Ko-ichi Homma, Hideo Takahashi, Yuki Nakajima, Ichio Shimada and Shunji Natori: "Identification and characterization of an antibacterial peptide in the 26-Kda protease of Sarcophaga peregrina having antibacterial activity"J. Biochem.. 130. 313-318 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tamiji Nakanishi, Mayumi Miyazawa, Masayoshi Sakakura, Hiroaki Terasawa, Hideo Takahashi, and Ichio Shimada: "Determination of the Interface of a Large Protein Complex by Transferred Cross-saturation Measurements"J. Mol. Biol.. (In press).

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kazuyasu Shindo: "Solution Structure of Micelle-bound H5 Peptide(427-452):A Primary Structure Corresponding to the Pore-Forming Region of the Voltage Dependent"Biochem. Biophys. Acta.. 1545. 153-159 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Tomohisa Aoyama: "Identification and characterization of an antibacterial peptide in the 26-Kda protease of Sarcophaga peregrina having antibacterial activity"J. Biochem.. 130. 313-318 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Tamiji Nakanishi: "Determination of the Interface of a Large Protein Complex by Transferred Cross-saturation Measurements"J. Mol. Biol.. (in press). (2002)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Hideo Takahashi: "A Novel NMR Method for the Determination of the Interface of Large Protein-protein Complexes"Nature Struct.Biol. 7. 220-223 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Koichi Kato: "Structural Basis of the Interaction between IgG and Fc Receptors"J.Mol.Biol.. 295. 213-224 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Kazuyasu Shindo: "Backbone ^1H,^<13>C, and^<15> N resonance assignments of the anti-dansyl antibody Fv fragment"J.Biomol.NMR. 17. 357-358 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Ichio Shimada: "NMR Analysis of Interactions Between Bio-Macromolecules"Real-Time Analysis of Biomolecular Interactions (K.Nagata and H.Handa, ed.). 223-231 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Katsuyoshi Masuda: "Pairing of oligosaccharides in the Fc region of immunoglobulin G"FEBS Lett.. 473. 349-357 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Yoshiki Yamaguchi: "^1H and ^<13>C NMR assignments for the glycans in glycoproteins by using ^2H/^<15>C-labeled glucose as a metabolic precursor"J.Biomol.NMR. 18. 357-360 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Takuya Torizawa: "DNA-binding mode of the Fab fragment of monoclonal antibody specific for cyclobutane thymine dimer"Nucleic Acid Res.. 28. 944-951 (2000)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Koichi Kato: "Structural Basis of the Interaction between IgG and Fc Receptors"J. Mol. Biol.. (in press).

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Hideo Takahashi: "A Novel NMR Method for the Determination of the Interface of Large Protain-Protein Complexes"Nature Struct. Biol.. (in press).

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Kousuke Sato: "Efficient chemical synthesis of a Pyrimidine (6-4) pyrimidone photoproduct analog and its properties"Tetrahedron Lett.. (in press).

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Hideo Takahashi: "Solution structure of hanatoxinl, a gating modifier of Voltage-dependent K^+ channels : common surface features of"J. Mol. Biol. (in press).

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Katsuyoshi Masuda: "Post-translational modifications of emonustoglobulin G : mouse IgG Variant that lacks the entire CH1 domain"Molecular Immunology. (in press).

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書

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公開日: 1999-04-01   更新日: 2016-04-21  

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