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イオン能動輸送機構の結晶学的研究

研究課題

研究課題/領域番号 11308026
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関東京大学

研究代表者

豊島 近  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

研究分担者 小川 治夫  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助手 (40292726)
中迫 雅由  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 講師 (30227764)
研究期間 (年度) 1999 – 2001
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
31,110千円 (直接経費: 30,600千円、間接経費: 510千円)
2001年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2000年度: 6,700千円 (直接経費: 6,700千円)
1999年度: 22,200千円 (直接経費: 22,200千円)
キーワード能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 電子線結晶解析 / X線結晶解析 / ATPase
研究概要

本研究の目標は筋小胞体カルシウムATPaseの三次元構造をまずは、既に薄いながらもX線レベルの三次元結晶が得られていたカルシウム結合状態(ElCa^<2+>)の結晶を用いて、原子分解能で決定し、さらに他の生理的状態に関しても結晶化を進めることであった。本研究は我々の期待を上回る速度で進行し、3つの状態について原子モデルを構築でき、さらに他の2つのカルシウム結合状態(E1ATPとE1Pのアナログ)についても結晶化に成功している。この結果、カルシウムと燐酸の離脱に伴う構造変化を明らかにすることが出来た。すなわち、カルシウムの離脱に伴い10本ある膜貫通ヘリックスのうち、6本が大きな再配置を起こし、カルシウム結合時には大きく離れていた三つの細胞質ドメインはコンパクトに集合することが判明した。膜貫通ヘリックスのうち2本は、膜に対し垂直方向の運動成分を持ち、カルシウムの離脱・結合に伴って、ピストンのように運動すること、すなわちP型イオンポンプは原子サイズの手押しポンプのような機構を持っていることが明らかとなった。その成果の一部は2000年6月と2002年8月にNatureに、2002年12月にPNASに発表することが出来た。
以上の成果は世界的注目を集め、NatureやNature Structure BiologyのNew & Views、ScienceのEditor's choiceで詳しく紹介された他、世界標準の生化学、分子生物学の教科書に最近の大きな成果として紹介されている。

報告書

(4件)
  • 2001 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 1999 実績報告書
  • 研究成果

    (79件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (79件)

  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Structural changes in the calcium pump accompanying the dissociation of calcium"Nature. 418. 605-611 (2002)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Ogawa: "Homology modeling of the cation binding sites of Na^+K^+-AT Pase"Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 99. 15977-15982 (2002)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Hua: "Functional role of "N" (Nucleotide) and "P" (Phosphorylation) domain interactions in the sarcoplasmic reticulum (SERCA) ATPase"Biochemistry. 41. 2264-2272 (2002)

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  • [文献書誌] S.Hua: "Fe^<2+> Catalyzed oxidation and cleavage of sarcoplasmic reticulum ATPase reveals Mg^<2+> and M^<2+>-ATP sites"Biochemistry. 41. 11405-11410 (2002)

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  • [文献書誌] S.Danko: "Organization of cytoplasmic domains of sarcoplasmic reticulum Ca^<2+>-ATPase in E1P and E1ATP states : a limited proteolysis study"FEBS letters. 505. 129-135 (2001)

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  • [文献書誌] S.Danko: "ADP-insensitive phosphoenzyme intermediate of sarcoplasmic reticulum Ca2+-ATPase has a compact conformation resistant to proteinase K, V8 protease and trypsin"FEBS letters. 489. 277-282 (2001)

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  • [文献書誌] Z.Zhang: "The role of the M6-M7 Loop (L67) in stabilization of the phosphorylation and Ca^<2+> binding domains of the sarcoplasmic reticulum Ca^<2+>-ATPase (SERCA)"J. Biol. Chem.. 276. 15232-15239 (2001)

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  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmi reticulum at 2.6 A resolution"Nature. 405. 647-655 (2000)

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  • [文献書誌] C.Toyoshima: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. I. Indexing of diffraction patterns"Ultramicroscopy. 84. 1-14 (2000)

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  • [文献書誌] K.Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. II. Averaging of tubular crystals of different helical classes"Ultramicroscopy. 84. 15-28 (2000)

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  • [文献書誌] K.Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. III. Solvent flattening"Ultramicroscopy. 84. 29-45 (2000)

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  • [文献書誌] H.Ogawa: "Soluble P-type ATPase from an archaeon, Methanococcus jannaschii"FEBS letters. 471. 99-102 (2000)

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  • [文献書誌] Z.Zhang: "Detailed characterization of the cooperative mechanism of Ca^<2+> binding and catalytic activation in the Ca^<2+> transport (SERCA) ATPase"Biochemistry. 39. 8758-8767 (2000)

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  • [文献書誌] S.Hua: "Distinct topologies of mono-and decavanadate binding and photo-oxidative cleavage in the sarcoplasmic reticulum ATPase"J. Biol. Chem.. 275. 30546-30550 (2000)

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  • [文献書誌] K.Hirose: "Structural comparison of dimeric Eg5, Neurospora Kinesin (Nkin) and Ncd Head-Nkin Neck chimera with conventional Kinesin"EMBO Journal. 19. 5308-5314 (2000)

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  • [文献書誌] 豊島 近: "筋小胞体カルシウムポンプの構造決定"蛋白質・核酸・酵素. 46. 1374-1380 (2001)

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  • [文献書誌] 豊島 近: "カルシウムポンプの構造と能動輸送のメカニズム"現代化学. 365. 22-28 (2001)

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  • [文献書誌] 豊島 近: "筋小胞体カルシウムポンプの構造決定"日本放射光学会誌. 14. 42-48 (2001)

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  • [文献書誌] 豊島 近: "カルシウムポンプの結晶構造"細胞工学. 19. 1517-1519 (2000)

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  • [文献書誌] 豊島 近: "膜タンパク質を見る"バイオサイエンスとインダストリー. 58. 9-10 (2000)

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  • [文献書誌] 江橋節郎: "カルシウムポンプの構造決定"パリティー. 15. 122-124 (2000)

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  • [文献書誌] 中迫雅由: "筋小胞体カルシウムポンプの結晶構造解析"日本結晶学会誌. 42. 478-485 (2000)

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  • [文献書誌] 小川治夫: "チャネルの立体構造決定法I"脳の科学. 21. 997-1004 (1999)

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  • [文献書誌] 小川治夫: "チャネルの立体構造決定法II"脳の科学. 21. 1121-1128 (1999)

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  • [文献書誌] 豊島 近: "イオンチャネル、ポンプの構造と機能"蛋白質・核酸・酵素. 44. 557-565 (1999)

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  • [文献書誌] E.Carafoli, J.Krebs: "Calcium Homeostasis (Topics in Biological Inorganic Chemistry Vol. 3)"Springer-Verlag, Berlin. (2000)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Structural changes in the calcium pump accompanying the dissociation of calcium"Nature. 418. 605-611 (2002)

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  • [文献書誌] H. Ogawa: "Homology modeling of the cation binding sites of Na^+ K^+-ATPase"Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 99. 15977-15982 (2002)

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  • [文献書誌] S. Hua: "Functional role of "N" (Nucleotide) and "P" (Phosphorylation) domain interactions in the sarcoplasmic reticulum (SERCA) ATPase."Biochemistry. 41. 2264-2272 (2002)

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  • [文献書誌] S. Hua: "Fe^<2+>-catalyzed oxidation and cleavage of sarcoplasmic reticulum ATPase reveals Mg^<2+> and Mg^<2+>-ATP sites"Biochemistry. 41. 11405-11410 (2002)

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  • [文献書誌] S. Danko: "Organization of cytoplasmic domains of sarcoplasmic reticulum Ca^<2+>-ATPase in E1P and E1ATP states: a limited proteolysis study."FEBS letters. 505. 129-13 (2001)

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  • [文献書誌] S. Danko: "ADP-insensitive phosphoenzyme intermediate of sarcoplasmic reticulum Ca^<2+>-ATPase has a compact conformation resistant to proteinase K, V8 protease and trypsin"FEBS letters. 489. 277-2829 (2001)

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  • [文献書誌] Z. Zhang: "The role or the M6-M7 Loop (L67) in stabilization of the phosphorylation and Ca^<2+> binding domains of the sarcoplasmic reticulum Ca^<2+>-ATPase (SERCA)"J. Biol. Chem.. 276. 15232-15239 (2001)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum at 2.6 A resolution"Nature. 405. 647-655 (2000)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. I. Indexing of diffraction patterns"Ultramicroscopy. 84. 1-14 (2000)

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  • [文献書誌] K. Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. II. Averaging of tubular crystals of different helical classes"Ultramicroscopy. 84. 15-28 (2000)

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  • [文献書誌] K. Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. III. Solvent flattening."Ultramicroscopy. 84. 29-45 (2000)

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  • [文献書誌] H. Ogawa: "Soluble P-type ATPase from an archaeon, Methanococcus jannaschii."FEES letters. 471. 99-102 (2000)

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  • [文献書誌] Z. Zhang: "Detailed characterization of the cooperative mechanism of Ca^<2+> binding and catalytic activation in the Ca^<2+> transport (SERCA) ATPase."Biochemistry. 39. 8758-8767 (2000)

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  • [文献書誌] S. Hua: "Distinct topologies of mono-and decavanadate binding and photo-oxidative cleavage in the sarcoplasmic reticulum ATPase"J. Biol. Chem.. 275. 30546-30550 (2000)

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  • [文献書誌] K. Hirose: "Structural comparison of dimeric Eg5, Neurospora Kinesin (Nkin) and Ncd Head-Nkin Neck chimera with conventional Kinesin"EMBO Journal. 19. 5308-5314 (2000)

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  • [文献書誌] G. Inesi: "The Ca^<2+> pump of sarco-and endoplasmic reticulum membranes"Calcium Homeostasis (Topics in Biological Inorganic Chemistry Vol. 3)eds. E. Carafoli and J. Krebs(Springer-Verlag, Berlin). 143-154 (2000)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Structure determination of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum (in Japanese)"Protein, Nucleic Acid and Enzyme. 46. 1374-1380 (2001)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Structure of calcium pump and the mechanism of active transport (in Japanese)"Modern Chemistry. 365. 22-28 (2001)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Structure determination of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum (in Japanese)"Journal of the Japanese Society for Synchrotron Radiation Research. 14. 42-48 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Crystal structure of the calcium pump (in Japanese)"Cell Technology. 19. 1517-1519 (2000)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Visualizing membrane proteins (in Japanese)"Bioscience & Industry. 58. 9-10 (2000)

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  • [文献書誌] S. Ebashi: "Structure determination of the calcium pump (in Japanese)"Parity. 15. 122-124 (2000)

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  • [文献書誌] M. Nakasako: "Structure determination of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum (in Japanese)"Journal of the Crystallographic Society of Japan. 42. 478-485 (2000)

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  • [文献書誌] H. Ogawa: "Methods for structure determination of channels I (in Japanese)"Brain Science. 21. 997-1004 (1999)

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  • [文献書誌] H. Ogawa: "Methods for structure determination of channels II (in Japanese)"Brain Science. 21. 1121-1128 (1999)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Structures and functions of ion channels and pumps (in Japanese)"Protein, Nucleic Acid and Enzyme. 44. 557-565 (1999)

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  • [文献書誌] S.Danko: "Organization of cytoplasmic domains of sarcoplasmic reticulum Ca^<2+>-ATPase in E_1P and E_1ATP states : a Iimited proteolysis study"FEBS letters. 505. 129-135 (2001)

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  • [文献書誌] S.Danko: "ADP -insensitive phosphoenzyme intermediate of sarcoplasmic reticulum Ca ^<2+>-ATPase has a compact conformation resistant to proteinase K, V8 protease and trypsin"FEBS letters. 489. 277-282 (2001)

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  • [文献書誌] E.Carafoli and J.Krebs: ""Calcium Homeostasis (Topics in Biological Inorganic Chemistry Vol.3)"Springer-Verlag,Berlin. (2000)

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  • [文献書誌] C. Toyoshima: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins.I. Indexing of diffraction patterns."Ultramicroscopy. (in press).

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  • [文献書誌] K. Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins.II. Avaraging of tubular crystals of different helical classes."Ultramicroscopy. (in press).

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] K. Yonekura: "Structure determination of tubular crystals of membrane proteins. III. Solvent flattening"Ultramicroscopy. (in press).

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  • [文献書誌] 小川治夫: "チャネルの立体構造決定法 I"脳の科学. 21. 997-1004 (1999)

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  • [文献書誌] 小川治夫: "膜蛋白質の構造解析"ファルマシア. 35. 33-38 (1999)

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      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Carafoli and Krebs: "Topics in Biological Inorgenic Chemistry Vol.3"Springer (in press).

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公開日: 1999-04-01   更新日: 2016-04-21  

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