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深度地下微生物による嫌気的炭酸固定反応

研究課題

研究課題/領域番号 11450314
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物・生体工学
研究機関京都大学

研究代表者

跡見 晴幸  京都大学, 工学研究科, 助教授 (90243047)

研究分担者 福居 俊昭  京都大学, 工学研究科, 助手 (80271542)
研究期間 (年度) 1999 – 2000
研究課題ステータス 完了 (2000年度)
配分額 *注記
12,900千円 (直接経費: 12,900千円)
2000年度: 6,100千円 (直接経費: 6,100千円)
1999年度: 6,800千円 (直接経費: 6,800千円)
キーワード炭酸固定 / Rubisco / ATP-citrate lyase / ビオチン / カルボキシラーゼ / 超好熱菌 / 始原菌 / Thermococcus / archaea / 嫌気的炭酸固定 / リブロースビスリン酸カルボキシラーゼ / RuBisCO
研究概要

HD-1株において、4種類のbiotin化タンパク(130kDa-BP、120kDa-BP、70kDa-BP、19kDa-BP、BP=Biotinylated Protein)の存在が示唆された。120kDa-BPの遺伝子を単離し、その塩基配列を決定した結果、推定分子量121.4kDa、1154aaをコードする3462bpから成る単一のORF上に、acetyl-CoA carboxylaseに特徴的な3つの機能であるbiotin carboxylase(BC)、biotin carboxyl carrier protein(BCCP)およびcarboxyltransferase(CT)遺伝子と相同的な領域が存在することが判明した。In vitroでは本酵素はacetyl-CoA carboxylase活性を有した。
超好熱始原菌Thermococcus kodakaraensis KOD1のゲノム上に存在するRubisco様遺伝子が、実際に高い炭酸固定能を有する酵素をコードしていること、および本遺伝子が転写翻訳され、Rubiscoがタンパク質としてKOD1株内に存在していることを明らかにした。超好熱始原菌由来Rubiscoがlarge subunitのみから構成されること、および新規な10量体、五角形構造を有することを明らかにした。さらに、組換え型Tk-Rubiscoの結晶化に成功し、X線解析の結果、2.8Angstromの分解能で本酵素の立体構造を明らかにした。
我々はまたChlorobium limicolaを題材として、原核生物のATP-citrate lyase遺伝子を単離し、本酵素の構造を明らかにした。既存のATP-citrate lyaseと異なり、原核生物のATP-citrate lyaseが2つのpolypeptideからなるhetero-enzymeであること、活性には両subunitが必須であることを明らかにした。また、原核生物のATP-citrate lyaseがcitrate synthase活性をもたないことを示した。また、oxaloacetate、ADPにより酵素活性が阻害されることから、本酵素が還元的TCA回路の回転方向や速度を調節していることを示した。

報告書

(3件)
  • 2000 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1999 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (18件)

  • [文献書誌] Haruyuki Atomi: "Presence of a structurally novel type Rubisco in the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus kodakaraensis KOD1."Journal of Biological Chemistry. 274(8). 5078-5082 (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Haruyuki Atomi: "Rubisco from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus kodakaraensis KOD1 is composed solely of large subunits and forms a pentagonal structure."Journal of Molecular Biology. 293(1). 57-66 (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Haruyuki Atomi: "Rubisco from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakaraensis."Methods in Enzymol.. 331. 353-365 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Haruyuki Atomi: "ATP-citrate lyase from the green sulfur bacterium Chlorobium limicola is a heteromeric enzyme composed of two distinct gene products"Eur.J.Biochem.. 268(6). 1670-1678 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Ezaki, N.Maeda, T.Kishimoto, H.Atomi and T.Imanaka: "Presence of a structurally novel type ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase in the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus kodakaraensis KOD1."J.Biol.Chem.. 274(8). 5078-5082 (1999)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Maeda, K.Kitano, T.Fukui, S.Ezaki, H.Atomi, K.Miki and T.Imanaka: "Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus kodakaraensis KOD1 is composed solely of large subunits and forms a pentagonal structure."J.Mol.Biol.. 293(1). 57-66 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Kanao, T.Fukui, H.Atomi and T.Imanaka: "ATP-citrate lyase from the green sulfur bacterium Chlorobium limicola is a heteromeric enzyme composed of two distinct gene products"Eur.J.Biochem.. 268(6). 1670-1678 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Atomi, S.Ezaki and T.Imanaka: "Rubisco from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakaraensis KOD1."Methods in Enzymol.. 331. 353-365 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Haruyuki Atomi: "Presence of a structurally novel type Rubisco in the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus kodakaraensis KOD1."Journal of Biological Chemistry. 274(8). 5078-5082 (1999)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Haruyuki Atomi: "Rubisco from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus kodakaraensis KOD1 is composed solely of large subunits and forms a pentagonal structure."Journal of Molecular Biology. 293(1). 57-66 (1999)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Haruyuki Atomi: "Rubisco from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakaraensis."Methods in Enzymol.. 331. 353-365 (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Haruyuki Atomi: "ATP-citrate lyase from the green sulfur bacterium Chlorobium limicola is a heteromeric enzyme composed of two distinct gene products"Eur.J.Biochem.. 268(6). 1670-1678 (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] S.Ezaki et al.: "Presence of a structurally novel type ribulose-bisphosphate carboxylase/oxygenase in the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus kodakaraensis KOD1"J. Biol. Chem.. 274. 5078-5082 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] N.Rashid et al.: "Isolation and characterization of phychrotrophs from subterranean environments"J. Biosci. Bioeng.. 87. 746-751 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] S.Ezaki et al.: "Gene analysis and enzymatic properties of thermostable β-glycosidase from Pyrococcus kodakaraensis KOD1"J. Biosci. Bioeng.. 88. 130-135 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] S.Satofuka et al.: "Rapid method for detection and detoxification of heavy metal ions in water environments using phytochelatin"J. Biosci. Bioeng.. 88. 287-291 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] N.Maeda et al.: "Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus kadakaraensis KOD1 is composed solely of large subunits and forms a pentagonal structure"J. Mol. Biol.. 293. 57-66 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] T.Tanaka et al.: "A unique chitinase with dual active sites and triple substrate binding sites from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus kodakaraensis KOD1"Appl. Environ. Microbiol.. 65. 5338-5344 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書

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公開日: 1999-04-01   更新日: 2016-04-21  

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