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BHC分解菌由来新規脱塩化水素酵素の反応機構及び細胞内局在化機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 11660075
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 応用微生物学・応用生物化学
研究機関東北大学 (2000)
東京大学 (1999)

研究代表者

永田 裕二  東北大学, 遺伝生態研究センター, 助教授 (30237531)

研究期間 (年度) 1999 – 2000
研究課題ステータス 完了 (2000年度)
配分額 *注記
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2000年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
1999年度: 2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
キーワードBHC / 環境汚染物質 / Sphingomonas / 脱塩化水素酵素 / デハロゲナーゼ / 細胞内局在性 / ペリプラズム
研究概要

γ-hexachlorocyclohexane(HCH)分解菌UT26由来のγ-hexachlorocyclohexane(HCH)dehydrochlorinase(LinA)は,補因子なしにγ-HCHから直接脱塩化水素を行うが,一次配列上の相同性を示す酵素が存在せず,その反応機構・起源については全く不明である。
LinAの反応機構の解明を目的とし,LinAの立体構造予測及び活性中心のアミノ酸残基の同定を行った。コンピューターを用いた立体構造予測により,LinAは,既に立体構造が解かれているscytalone dehydratase,steroid Δ-isomerase,nuclear transport factor 2,naphthalene 1,2-dioxygenaseのβ-subunitと立体構造上の相同性を示すことが予想された。これらの蛋白質は異なる酵素活性を有するが,立体構造上の相同性を示すことが知られている。部位指定変異導入とランダム変異導入により20種類以上のLinAの変異酵素を作製し,これらを大腸菌中で高発現し,野生型酵素と活性を比較した。その結果,活性を失った変異酵素は予想立体構造上の活性中心あるいはその近傍に変異が入っているのに対して,活性を残している変異酵素は酵素の表層部分に変異が入っているという傾向が見られたことから,予想立体構造の妥当性が確認された。また,LinAの活性にはAsp25とHis73のペアによるプロトンの引き抜きが必須であることが明らかになった。この,Asp-Hisのペアによるプロトンの引き抜きはscytalone dehydrataseの活性にも必須であり,LinAが脱水酵素から脱塩化水素酵素に進化したものである可能性が強く示唆された
更に,LinAの代謝産物の立体化学的解析を行った。LinAによって生じるγ-PCCHのプロトンNMRスペクトルは,アルカリ条件下での化学的な1,2-biaxial HCl pairの脱塩化水素反応によって生じるγ-PCCHのそれと同一であった。しかし,CDスペクトル解析を行ったところ,LinAによって生じるγ-PCCHは,一方の鏡像異性体しか含んでいないことが明らかになった。さらに,化学合成したγ-PCCHのラセミ体をLinAと反応させたところ,1,2,4-TCBに加えて,1,2,3-TCBが生じた。これは,LinAの作用によって生じるtetrachlorodieneの種類の違いによるものと考えられた。以上の結果から,LinAは立体構造依存的に1,2-biaxial HCl pairの脱塩化水素反応を触媒すると結論した。LinAによる基質の立体構造認識は,LinAの立体構造モデルからも説明可能である。
以上,LinAの反応機構に関する重要な知見を得ることに成功した。

報告書

(3件)
  • 2000 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1999 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (22件)

  • [文献書誌] Glatz,Z. et al: "Determination of haloalkane dehalogenase activity by capillary zone electrophoresis."Journal of Chromatography A. 895. 219-225 (2000)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Marek,J. et al: "Crystal structure of the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26."Biochemistry. 39. 14082-14086 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Trantirek,L. et al: "Reaction mechanism and stereochemistry of γ-hexachiorocyciohexane dehydrochlorinase LinA."J.Biol.Chem.. (in press). (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Marvanova,S. et al: "Biochemical characterization of broad-specificity enzymes using multivariate experimental design and a colorimetric microplate assay : characterization of the haloalkane dehalogenase mutants."J.Microbiol. Methods. (in press). (2001)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nagata,Y. et al: "Two different types of dehalogenase, LinA and LinB, which are involved in the γ-HCH degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26, are localized in periplasmic space without molecular processing."J.Bacteriol.. 181. 5409-5413 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nagata,Y. et al: "Complete analyisis of genes and enzymes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26."J.Industial Microbiology & Biotechnology. 23. 380-390 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Glatz, Z., M.V.Marini, M.Wimmerova, J.Damborsky, and Y.Nagata: "Determination of haloalkane dehalogenase activity by capillary zone electrophoresis."Journal of Chromatography A. 895. 219-225 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Marek, J., J.Vevodova, I.K.Smatanova, Y.Nagata, L.A.Svensson, J.Newman, M.Takagi, and J.Damborsky: "Crystal structure of the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26."Biochemistry. 39. 14082-14086 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Trantirek, L., K.Hynkova, Y.Nagata, A.G.Murzin, A.Ansorgova, V.Sklenar, and J.Damborsky: "Reaction mechanism and stereochemistry of γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA."J.Biol.Chem.. (in press). (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Marvanova, S., Y.Nagata, M.Wimmerova, J.Sykorova, K.Hynkova and J.Damborsky: "Biochemical characterization of broad-specificity. enzymes using multivariate experimental design and a colorimetric microplate assay : characterization of the haloalkane dehalogenase mutants."J.Microbiol.Methods. (in press). (2001)

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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nagata, Y., A.Futamura, K.Miyauchi and M.Takagi: "Two different types of dehalogenase, LinA and LinB, which are involved in the γ-HCH degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26, are localized in periplasmic space without molecular processing."J.Bacteriol. 181. 5409-5413 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nagata, Y., K.Miyauchi, and M.Takagi: "Complete analysis of genes and enzymes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26."Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. 23. 380-390 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2000 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Glatz,Z. et al: "Determination of haloalkane dehalogenase activity by capillary zone electrophoresis."Journal of Chromatography A. 895. 219-225 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Marek,J. et al: "Crystal structure of the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26."Biochemistry. 39. 14082-14086 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Trantirek,L. et al: "Reaction mechanism and stereochemistry of γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA."J.Biol.Chem.. (in press). (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Marvanova,S. et al: "Biochemical characterization of broad-specificity enzymes using multivariate experimental design and a colorimetric microplate assay : characterization of the haloalkane dehalogenase mutants."J.Microbiol.Methods. (in press). (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] I. Smatanov ら: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of halsalkane dehalogenase Lin B from Sphingomonas paucimobilis UT26"Acta Crystallographica Section D, Biological Crystallography. D55. 1231-1233 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Y. Nagata ら: "Two different types of dehalogenase LinA and LinB, which are involved in the γ-HCH degradation in S.paucimobilis UT26, are localized in ‥‥"J. Bacteriol.. 181. 5409-5413 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Y. Ohtsubo ら: "PcpA, which is involved in the degradation of pentachloropherol in S.chlorophenolica ATCC39723, is a novel type of ‥‥"FEBS Lett.. 459. 395-398 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Y. Nagata ら: "Construction and characterization of histidine-tagged haloalkane dehalogenase (LinB) of a new substrate class from a ‥‥"Protein Expression and Purification. 17. 299-304 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] K. Miyauchi ら: "Cloning and sequencing of a novel meta-cleavage dioxygenase gene whose product is involved in the degradation of γ-HCH in S.paucimobilis"J. Bacteriol.. 181. 6712-6719 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書
  • [文献書誌] Y. Nagata ら: "Complete analysis of genes and enzymes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26"J. Industrial Microbiology & Biotechnology. 23. 380-390 (1999)

    • 関連する報告書
      1999 実績報告書

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公開日: 1999-04-01   更新日: 2016-04-21  

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