| 研究課題/領域番号 |
11680666
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生物物理学
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| 研究機関 | 早稲田大学 |
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研究代表者 |
輪湖 博 早稲田大学, 社会科学部, 教授 (60158607)
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| 研究期間 (年度) |
1999 – 2001
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| 研究課題ステータス |
完了 (2001年度)
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| 配分額 *注記 |
3,200千円 (直接経費: 3,200千円)
2001年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2000年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
1999年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
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| キーワード | タンパク質立体構造 / 立体構造モチーフ / Delaunay四面体 / 立体構造アラインメント / 相同タンパク質 / 疎水コア / αヘリックス / 立体構造アライメント / 局所構造モチーフ / PROSITE / モチーフ検索 / タンパク質 / モチーフ構造 / 立体構造 / β構造 / α / β型構造 |
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| 研究概要 |
タンパク質立体構造の構築原理を明らかにするために、異なるタンパク質の間に共通に見出される局所構造(モチーフ)を同定し、解析することを目的として研究を行った。局所構造の同定法としては、タンパク質の立体構造をDelaunay四面体で分割し、それぞれの四面体に局所構造を特徴づけるコードを付与する方法(Wako ＆ Yamato,1998)を用いた。当該研究期間において、次のことを行った。
(1)局所構造を表すコード付けのルールを、より的確に局所構造の特徴を表すように、また複数のサブユニットからなるタンパク質にも適用できるように改良した。
(2)一つの四面体に付与されたコードだけから局所構造を同定していた方法を、複数の四面体から構成されるより大きな局所構造モチーフの同定に対しても適用できるよう、新規にアルゴリズムを開発した。
(3)応用1:コードを付与された局所構造のデータベース構築のための検討を行った。
(4)応用2:局所構造コードを利用して位置依存および環境依存を考慮したアミノ酸出現頻度の解析を、αヘリックスを例として取り上げて行った。
(5)応用3:4つの頂点すべてが疎水性アミノ酸残基で占められ、かつその四つの面すべてに他の四面体が接触している四面体を疎水コアと定義し、その四面体を含む局所構造を調べた。
(6)応用4:同じ配列モチーフを持つタンパク質を、局所構造コードの類似・相違を利用してさらに細かく分類する方法を開発した。
(7)応用5:(2)のアルゴリズムを使って、相同、あるいは非相同タンパク質の間で共通に見出される局所構造を同定し、それらの特徴を解析した。
今後の課題としては、局所構造データベースを作成するところまで到達できなかったため、引き続きそれを目指して、研究を進めていく予定である。
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