カイコBACライブラリーのコンティーグ作製

• 研究課題/領域番号: 11694226
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 蚕糸・昆虫利用学
• 研究機関: 独立行政法人放射線医学総合研究所
• 研究代表者: 三田 和英 放射線医学総合研究所, 第2研究グループ, 研究員 (30159165)
• 研究分担者: 市村 幸子 (沼田 幸子) 放射線医学総合研究所, 生物影響研究部, 研究員 (40158754) ; 森明 充興 放射線医学総合研究所, 第2研究グループ, 研究員 ; 嶋田 透 放射線医学総合研究所, 農学生命科学研究科, 助教授 (20202111) ; 田村 俊樹 放射線医学総合研究所, 蚕糸・昆虫農業技研究所遺伝育種部, 研究員 ; OSOEGAWA Kazutoyo Roswell Park Cancer Institute Genetic Department, Research Associate ; 森明 先興 放射線医学総合研究所, 第2研究グループ, 研究員 (00166430)
• 研究期間 (年度): 1999 – 2000
• 研究課題ステータス: 完了 (2000年度)
• 配分額: 5,800千円 (直接経費: 5,800千円); 2000年度: 2,600千円 (直接経費: 2,600千円); 1999年度: 3,200千円 (直接経費: 3,200千円)
• キーワード: カイコ / BACライブラリー / コンティーグ / ハイブリダイゼーション / ESTマーカー / 物理地図 / フィンガーブリント / フィンガープリント / BACコンティーグ / 遺伝子地図 / カイコゲノム解析

研究概要

カイコゲノム解析のための物理地図を作成することが本研究の目的である。まず平均インサートサイズが170Kbで、重複度が11倍、キメラ率が3%以内という優れたカイコBACライブラリーを作成することができた。作成したBACライブラリーの全クローンをフィルターにドットプロットした高密度HDRフィルターも作成した。また、ESTデータベースは科学研究費基盤(B)「カイコ全発現遺伝子のカタログ化」(研究代表者:三田和英、平成10-12年)のサポートにより、カイコ全遺伝子の約40%をカバーするデータベースが構築されている。このESTマーカーをマーカーとし、ハイブリダイゼーション法によってBACコンティーグ作成を進行させている。この方法で全ゲノムのBACコンティーグを作成するには約6,200回のハイブリダイゼーションが必要であるが、現在までに約1/3のハイブリを終了した。しかし、この方法で得られる物理地図は直接遺伝子地図になるので、非常に価値が高い。この他に、BAC末端シーケンスによるウォーキング法を用いて、Z染色体のBACコンティーグ作成を行っており、現在までに1Mb以上の領域のコンティーグ作成を行い、Z染色体に座乗する10個以上の遺伝子を見い出した。また、遺伝子密度が低い領域や繰り返し配列がクラスターとなっている領域についてはフィンガープリント法でBACコンティーグ作成を行っている。

研究成果

• [雑誌論文] Genomic sequence of 320 kb containing a kettin orthologue on the Z chromosome in Bombyx mori. (2003)
  • 著者名/発表者名: Yoshiko Koike, Kazuei Mita, Masataka G.Suzuki, Susumu Maeda, Hiroaki Abe, Kazutoyo Osoegawa, Pieter J.deJong, Toru Shimada
  • 雑誌名: Mol Genet Genomics. 269 ページ: 137-149
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Nested retrotransposons on the W chromosome of the wild silkworm Bombyx mandarina. (2002)
  • 著者名/発表者名: Abe, H., Sugasaki, T., Terada, T., Kanehara, M., Ohbayashi, F., Shimada, T., Kawai, S., Mita, K, Oshiki, T.
  • 雑誌名: Insect Mol Biol. 11 ページ: 307-314
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Two novel Pao-like retrotransposons of Bombyx mori and B. mandarina (2001)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Abe
  • 雑誌名: Mol. Gen. Genet. 265 ページ: 35-385
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A homdogue of the Drosophlla doublesex gene transcribed info sex-specific mRNA isoforms in sllkworm (2001)
  • 著者名/発表者名: Fumi Ohbayashi
  • 雑誌名: Comp. Biochem. Physiop. Ser. B 128 ページ: 145-158
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Isolation and expression of the ecdysteroid-inducible angiotensin-converting enzyme-related gene in wingdiscs (2001)
  • 著者名/発表者名: Guo-Xing Quan
  • 雑誌名: Insect Mol. Biol 31 ページ: 97-103
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Two novel Pao-like retrotransposons (Kamikaze and Yamato) of the silkworm Bombyx mori and B. mandarina and the common structural feature of Pao-like element. (2001)
  • 著者名/発表者名: Abe, H., Ohbayashi, F., Sugasaki, T., Kanehara, M., Terada, T., Shimada, T., Kawai, S., Mita, K, Kanamori, Y., Yamamoto, M-T., Oshiki, T.
  • 雑誌名: Mol.Gen.Genet. 265 ページ: 375-385
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Molecular structure of novel gypsy-Ty3-like retrotransposon and nested retrotransposable elements (2000)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Abe
  • 雑誌名: Mol. Gen. Genet. 268 ページ: 916-924
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Molecular structure of a novel gypsy-Ty3-like retrotransposon (Kabuki) and nested retrotransposable elements on the W chromosome of the silkworm Bombyx mori. (2000)
  • 著者名/発表者名: Abe, H., Ohbayashi, F., Shimada, T., Sugasaki, T., Kawai, S., Mita, K, Oshiki, T.
  • 雑誌名: Mol.Gen.Genet. 263 ページ: 916-924
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The construction of EST database for genome analysis of Bombyx mori (1999)
  • 著者名/発表者名: Kazuei Mita
  • 雑誌名: RIKEN Review 22 ページ: 63-67
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kazuei Mita: "The construction of EST database for genome analysis of Bombyx mori"RIKEN Review. 22. 63-67 (1999)
• [文献書誌] Hiroaki Abe: "Molecular structure of a novel gypsy-T-13-like retrotransposon and nested retrotransposable elements"Mol.Gen.Genet.. 268. 916-924 (2000)
• [文献書誌] Hiroaki Abe: "Two novel Pao-like retrotransposons of Bombyx mori and B. mandarins"Mol.Gen.Genet.. (印刷中). (2001)
• [文献書誌] Fumi Ohbayashi: "A homologue of the Drosophila doublesex gene is transcribed into sex-specific mRNA isoforms in Silkworm"Comp.Biochem.Physiol.Ser.B. 128. 145-158 (2001)
• [文献書誌] Guo-Xing.Quan: "Isolation and expression of the ecdysteroid-inducible angiotensin-converting enzyme-related gene in wing discs"Insect Mol.Biol.. 31. 97-103 (2001)
• [文献書誌] Kazuei Mita: "The construction of EST database for genome analysis of Bombyx mori"RIKEN Review. 22. 63-67 (1999)
• [文献書誌] Jieun Lee: "Characterization of JDP genes, an evolutionarily conserved J domain-only protein family, from human and moths"Biochim.Biophyz.Acta. (印刷中). (2000)
• [文献書誌] Y.Yoshiga: "cDNA cloning of acyl-CoA desaturase Homologs in the silk worm, Bombyx mori"Gene. (印刷中). (2000)
• [文献書誌] K.Fukuchi: "P13-kinase inhibitors, Wortmannin or LY294002,inhibited accumulations of p21 protein after irradiation"Biochim.Biophys.Acta. (印刷中). (2000)