| 研究課題/領域番号 |
11J00749
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 研究分野 |
植物分子生物・生理学
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
永野 惇 京都大学, 生態学研究センター, 特別研究員(PD)
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| 研究期間 (年度) |
2011 – 2012
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| 研究課題ステータス |
採択後辞退 (2012年度)
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| 配分額 *注記 |
1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
2012年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2011年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
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| キーワード | フィールドオミクス / トランスクリプトーム / RNA-Seq / 統計モデリング / 野生個体群 / 環境応答 / 季節応答 / 野外環境 |
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| 研究概要 |
今年度は、(1)前年度に開発した低コスト・ハイスループットRNA-Seq法によるシロイヌナズナ及び近縁種での大量トランスクリプトームデータ取得と、(2)コンロンソウのRNA-Seqを用いた野外環境下における地下茎トランスクリプトーム解析を行った。
(1)本研究では大量のトランスクリプトームデータの取得が必要になるが、市販のmA-Seqライブラリ調製キットを用いた場合、およそ5万円/サンプル・10サンプル/週のコスト・労力がかかり多検体の解析は現実的ではない。
これを回避するために独自の低コスト・ハイスループットライブラリ調製手法を確立した。各反応ステップにおける反応系容量・精製手法などの見直しと最適化などによって、大幅なコスト・労力の削減が可能となった(2000円/サンプル・100サンプル/週)。この低コスト・ハイスループットRNA-Seq法によって、これまでに野外環境下で収集を進めてきたシロイヌナズナ近縁種のRNA、500サンプル以上のトランスクリプトーム解析を実現した。
(2)コンロンソウ(Cardamine luecantha)はシロイヌナズナと同じアブラナ科に属する2倍体野生植物で、日本国内においても広く自生している。このコンロンソウは、地下茎によるクローン生長と、地上葉をつくる栄養生長、花をつける繁殖生長を、季節によって切り替えている。地下茎によるクローン生長は、多くの植物で見られるが、シロイヌナズナでは存在しないため、その分子的解析はほとんど行われていない。そこで、コンロンソウの地下茎や他の組織のトランスクリプトーム解析を行い、分子レベルから地下茎の特徴を明らかにすることを試みた。その結果、地下茎は解剖学的には茎頂分裂組織に由来する器官であるにもかかわらず、トランスクリプトームとしては葉や花といった地上器官よりむしろ根に近いということが明らかとなった。
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