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タンパク質の機能調節機構における電子的効果の定量的解明

研究課題

研究課題/領域番号 11J00949
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生体関連化学
研究機関筑波大学

研究代表者

柴田 友和  筑波大学, 数理物質系, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2012年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2011年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
キーワードミオグロビン / 酸素親和性 / 自動酸化 / 電子密度 / トリフルオロメチル基 / 共鳴ラマン / 変異体 / 水素結合 / ヘムタンパク質 / 共鳴ラマン分光法 / 伸縮振動
研究概要

酸素貯蔵タンパク質ミオグロビン(Mb)のヘム活性部位の電子構造(特にヘム鉄の電子密度(ρ_<Fe>))と機能の関係を明らかにする研究を行った.私どもの以前の研究からρ_<Fe>が減少するとMbの酸素親和性が低下することが明らかとなった.そこで,このρ_<Fe>と酸素親和性の関係がどのような要因で決定されているかを明らかにするため,ヘム近傍のアミノ酸の役割も含めて解析を行った.酸素はMbのヘム鉄と配位結合し,さらに,ヘム近傍に存在するヒスチジン(His64)と水素結合することで,その結合状態を安定化している.そこで,ρ_<Fe>によるMbの機能の制御における,His64と結合酸素の水素結合の役割を明らかにするため,His64を水素結合できないロイシンに置換した変異体(H64L)を作成し解析を行った.ρ_<Fe>を大きくかつ系統的に変化させるため,ヘム側鎖に電子求引性の高いCF_3基を導入する数が違うヘムを合成し,天然MbとH64Lに組み詳細な解析を行った.機能解析した結果,H64Lは水素結合を形成しないので,酸素親和性は約100分の1に低下した.しかし,H64Lでもρ_<Fe>の減少で天然のMbと同程度,酸素親和性が低下した.このことから,ρ_<Fe>は水素結合の有無にかかわらず,Mbの機能に同程度影響をあたえることが分かった.また,共鳴ラマンによる配位結合強度の解析により,ρ_<Fe>の減少で配位結合が弱くなることがわかった.つまり,ρ_<Fe>によるMbの機能制御は,水素結合の強度を変化させるのではなく,主に配位結合強度に変化に起因することが明らかになった.最後に,Mbが酸素貯蔵するためには,ヘム鉄の自動酸化を防ぐ必要がある.そこで,天然のMbのρ_<Fe>と自動酸化速度の関係を解析した.その結果,ρ_<Fe>を減少させると,自動酸化が抑制されることが明らかになった.また,H64Lも自動酸化の解析を行った結果,水素結合が無いことで自動酸化速度は増大したが,ρ_<Fe>を減少させることである程度,自動酸化を抑制できることが明らかになった.アミノ酸置換では酸素親和性が高いと自動酸化速度が遅いという傾向があり,ρ_<Fe>による機能の制御では,酸素親和性が低いと自動酸化速度が遅い傾向がある.従って,アミノ酸置換とρ_<Fe>の変化を組み合わせれば,酸素親和性と自動酸化を独立して制御できると考えられる.この知見は人工血液の創成に応用できると考えられる.

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (18件)

  • [雑誌論文] Relationship between the Electron Density of the Heme Fe Atom and the Vibrational Frequencies of the Fe-Bound Carbon Monoxide in Myoglobin2013

    • 著者名/発表者名
      R. Nishimura, T. Shibata, H. Tai, I. Ishigami, T. Ogura, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, K. Imai, S. Neya, A. Suzuki, and Y, Yamamoto
    • 雑誌名

      Inorg. Chem.

      巻: 52 号: 6 ページ: 3349-3355

    • DOI

      10.1021/ic3028447

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Relationship between Oxygen Affinity and Autoxidation of Myoglobin2012

    • 著者名/発表者名
      T. Shibata, D. Matsumoto, R. Nishimura, H. Tai, A. Matsuoka, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, K. Imai, S. Neya, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • 雑誌名

      Inorg. Chem.

      巻: 51 号: 21 ページ: 11955-11960

    • DOI

      10.1021/ic301848t

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural characterization of a carbon monoxide adduct of heme-DNA complex2011

    • 著者名/発表者名
      K.Saito, H.Tai, M.Fukaya, T.Shibata, R.Nishimura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • 雑誌名

      J.Biol.Inorg.Chem.

      巻: 17 号: 3 ページ: 437-445

    • DOI

      10.1007/s00775-011-0866-8

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Effect of Heme Electronic Structure on Ligand Affinity and Coordination Bond between Heme Fe and Exogenous Ligand in Myoglobin2012

    • 著者名/発表者名
      T. Shibata, R. Nishimura, M. Fukaya, H. Tai, Y.Yamamoto, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, I. Ishigami, T. Ogura, K. Imai, S. Neva, and A. Suzuki
    • 学会等名
      筑波大学戦略イニシアティブ(A)「機能物質創製研究拠点」第3回国際シンポジウム
    • 発表場所
      筑波大学(つくば)
    • 年月日
      2012-12-10
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Effect of heme electronic structure on coordination bondbetween heme Fe and exogenous ligand in myoglobin2012

    • 著者名/発表者名
      T. Shibata, R. Nishimura, M. Fukaya, H. Tai, Y. Yamamoto, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, I. Ishigami, T. Ogura, K. Imai, S. Neya, and A. Suzuki
    • 学会等名
      Seventh International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-7)
    • 発表場所
      チェジュ島(大韓民国)
    • 年月日
      2012-07-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of Functional Properties of Myoglobinthrough Tuning Heme Electronic Structure2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamamoto, R. Nishimura, T. Shibata, H. Tai, K. Nishiyama, D. Matsumoto, M.Fukaya, S.Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, I. Ishigami, T.Ogura, S. Neya, O.Shoji, Y.Watanabe, K. Imai, and A. Suzuki
    • 学会等名
      Seventh International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines(ICPP-7)
    • 発表場所
      チェジュ島(大韓民国)
    • 年月日
      2012-07-03
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ミオグロビンの酸素親和性と自動酸化反応速度の関係2012

    • 著者名/発表者名
      西村龍,松本大地,柴田友和,太虎林,長尾聡,松尾貴史,廣田俊,鈴木秋弘,根矢三郎,今井清博,石上泉,小倉尚志,庄司長三,渡辺芳人,山本泰彦
    • 学会等名
      第39回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      東北大学(仙台)
    • 年月日
      2012-06-09
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Effect of heme electronic structure on the ligand coordination state in myoglobin2012

    • 著者名/発表者名
      T. Shibata, R. Nishimura, H. Tai, I. Ishigami, T. Ogura, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, A. Suzuki, S. Neya, K. Imai, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      第22回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • 発表場所
      金沢大学(金沢)
    • 年月日
      2012-06-01
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of heme-DNA complexes exhibiting catalytic activity2012

    • 著者名/発表者名
      H. Tai, K. Saito, T. Shibata, R. Nishimura, C. Ishibashi, H. Hemmi, S. Neya, A. Suzuki, N. Kobayashi, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      第22回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • 発表場所
      金沢大学(金沢)
    • 年月日
      2012-05-31
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 遠位ヒスチジンをロイシンに置換したミオグロビンにおける酸素親和性と自動酸化反応の分子機構の解明2012

    • 著者名/発表者名
      西山康太郎, 西村龍, 松本大地, 柴田友和, 長尾聡, 深谷昌史, 太虎林, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • 学会等名
      日本化学会第92回春季年会
    • 発表場所
      慶應義塾大学(横浜市)
    • 年月日
      2012-03-26
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of Electronic Structure of Heme Active Site in Carbon monoxy Form of Sperm Whale Myoglobin2012

    • 著者名/発表者名
      Y.Yamamoto, T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Creation of Functional Materials
    • 発表場所
      筑波大学(つくば市)
    • 年月日
      2012-02-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Strucural Characterization of a Complex between Heme and an All-parallel G-quadruplex DNA2012

    • 著者名/発表者名
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, Y.Yamamoto
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Creation of Functional Materials
    • 発表場所
      筑波大学(つくば市)
    • 年月日
      2012-02-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Relationship between ^<13>C NMR Shift of Fe-bond CO and Electronic Structure of Heme Active Site in Myoglobin2011

    • 著者名/発表者名
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • 学会等名
      1st International Symposium on Creation of Functional Materials
    • 発表場所
      筑波大学(つくば市)
    • 年月日
      2011-12-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Carbon Monoxide Adduct of a Complex between Heme and a Parallel G-quadruplex DNA2011

    • 著者名/発表者名
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, Y.Yamamoto
    • 学会等名
      1st International Symposium on Creation of Functional Materials
    • 発表場所
      筑波大学(つくば市)
    • 年月日
      2011-12-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Relationship between ^<13>C NMR shift of Fe-bound CO and electron density of heme2011

    • 著者名/発表者名
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • 学会等名
      第50回NMR討論会記念国際シンポジウム
    • 発表場所
      大さん橋ホール(横浜市)
    • 年月日
      2011-11-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Structural characterization of carbon monoxide adduct of a complex between heme and a parallel G-quadruplex DNA2011

    • 著者名/発表者名
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, S.Neya, Y.Yamamoto
    • 学会等名
      第50回NMR討論会記念国際シンポジウム
    • 発表場所
      大さん橋ホール(横浜市)
    • 年月日
      2011-11-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ヘム鉄の電子密度がミオグロビンの自動酸化反応に与える影響の解明2011

    • 著者名/発表者名
      西村龍, 松本大地, 西山康太郎, 柴田友和, 深谷昌史, 太虎林, 長尾聡, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 石上泉, 小倉尚志, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • 学会等名
      第61回錯体化学討論会
    • 発表場所
      岡山理科大学(岡山市)
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ヘモグロビンにおけるサブユニット間相互作用がヘムの電子構造に与える影響2011

    • 著者名/発表者名
      柴田友和, 長尾聡, 太虎林, 鈴木秋弘, 今井清博, 山本泰彦
    • 学会等名
      第5回バイオ関連化学シンポジウム(2011)
    • 発表場所
      エポカルつくば(つくば市)
    • 年月日
      2011-09-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Toward complete understanding of myoglobin function2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Yamamoto, R.Nishimura, T.Shibata, M.Fukaya, H.Tai, S.Nagatomo, S.Nagao, T.Matsuo, S.Hirota, I.Ishigami, T.Ogura, O.Shoji, Y.Watanabe, S.Neya, K.Imai, A.Suzuki
    • 学会等名
      15th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • 発表場所
      Vancouver (Canada)
    • 年月日
      2011-08-07
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ミオグロビンの機能調節機構の解明2011

    • 著者名/発表者名
      西村龍, 松本大地, 西山康太郎, 柴田友和, 深谷昌史, 太虎林, 長尾聡, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 石上泉, 小倉尚志, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • 学会等名
      第38回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      筑波大学(つくば市)
    • 年月日
      2011-06-23
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism responsible for the control of functional properties of myoglobin2011

    • 著者名/発表者名
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, S.Nagatomo, H.Tai, S.Nagao, T.Matsuo, S.Hirota, I.Ishizumi, T.Ogura, K.Imai, A.Suzuki, Y.Yamamoto
    • 学会等名
      3rd Georgian Bay International Conference on Bioinorganic Chemistry
    • 発表場所
      Parry Sound (Canada)
    • 年月日
      2011-06-02
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-12-12   更新日: 2024-03-26  

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