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生体系における水の並進エントロピーの重要性:統計力学理論解析

研究課題

研究課題/領域番号 11J02654
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 物理化学
研究機関神戸大学

研究代表者

天野 健一  神戸大学, 理学研究科, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2012年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2011年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
キーワードATP駆動タンパク質 / 水の並進エントロピー / 液体の統計力学 / 水和効果 / 液中AFM / 溶媒和構造の計算 / 表面科学 / 固液界面 / 生物物理 / 水和自由エネルギー / 水和エントロピー / 水和エネルギー / タンパク質 / AFM / エネルギー科学
研究概要

(1)私はATP駆動タンパク質の一つであるミオシンの研究を液体の統計力学の観点から研究した。ミオシンの一方向性運動においてミオシンはアクチンフィラメントに結合するのだが、ショ糖を添加する事で結合力が増す事が知られている。そこで、ショ糖添加に伴うエントロピックな結合力はどうなるのかを調べた。計算によると、ショ糖の添加により、エントロピックな結合力が増加する事が判明した。
(2)液中AFMを液体の統計力学の観点から研究した。主な研究実施状況は、以下のA~Dである。
A:疎溶媒性と親溶媒性の表面が交互に配列した表面上で、測定されうる探針と試料表面間の相互作用力を計算した。疎溶媒性と親溶媒性の間隔を変化させたり探針の溶媒への親和性を変化させたりして、様々な条件下での相互作用力を調査した。これによりフォースカーブの一般的な性質を把握する事ができた。
B:これまで液中AFMで測定された探針と試料表面間の相互作用力を溶媒和構造に変換する手法は無かった。そこで私は、そのフォースカーブを溶媒和構造に変換するアルゴリズムを見出した。また、そのアルゴリズムの正当性を理論計算上で確認もした。
C:これまで知られていた、液中AFMで測定されるフォースカーブと、実際に試料表面上に形成される溶媒和構造との関係式は、明らかに間違っている事を発見した。そこで、私は、液体の統計力学の観点から、フォースカーブと溶媒和構造の関係式を厳密に導出した。関係式は、単純流体・二成分流体・分子性液体の条件下で、3パターンのものを見出した。
D:液中AFMによって、生体分子一分子を試料表面と探針の間で引っ張る事ができる。この技術を用いて私は、生体分子の変性における水和エントロピーの変化量を直接計測する手法を見出した。そこで、私はその理論に従って、実験を提案・施行した。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (9件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Entropic release of a big sphere from a cylindrical vessel2013

    • 著者名/発表者名
      Hirokazu Mishima, Hiraku oshima, Satoshi Yasuda, Ken-ichi Amano. and Masahiro Kinoshita
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 7

      巻: 561-562 ページ: 159-165

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2013.01.045

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical study of solvent-mediated Ising-like systems : One-dimensional version2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano
    • 雑誌名

      Physica A

      巻: 391 ページ: 4615-4623

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Platinum electrodeposition in porous silicon : The influence of surface solvation effects on a chemical reaction in a nanospace2012

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Fukami, Ryo Koda, Tetsuo Sakka,Tomoko Urata,Ken-ichi Amano,Hikaru Takaya,Masaharu Nakamura,Yukio Ogata, and Masahiro Kinoshita
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 542 ページ: 99-105

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.05.078

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A method for calculating solvation structure on a sample surface from.a force curve between a probe and the sample:One-dimensional version2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 1209.0303

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] シャペロニンGroELによる基質タンパク質の挿入と放出のメカニズムの解明 : 溶媒和の観点から2012

    • 著者名/発表者名
      天野健一
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル"

      巻: 14(4) ページ: 196-202

    • NAID

      130004964838

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A method of comparison between a force curve measured on a solvated surface and the solvation structure2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano. Kazuhiro Suzuki, Takeshi Fukuma, and Hirosi Onishii Onishi ,
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 1212.1888

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] Relation between a force curve measured on a solvated surface and the solvation structure : Relational expressions for a binary solvent and a molecular liquid molecular liquid i2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano. Kazuhiro Suzuki, Takeshi Fukuma, and Hiroshi Onishi
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 1212.6138

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [雑誌論文] Potential of mean force between a large solute and a biomolecular complex : A model analysis on protein flux through chaperonin system2011

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano, Hiraku Oshima, Masahiro Kinoshita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 135巻 号: 18

    • DOI

      10.1063/1.3657856

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical study of solvent-mediated Ising-like system : A study for future nanotechnology2011

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano
    • 雑誌名

      arXiv (open access e-prints)

      巻: 1110.4030v1 ページ: 1-18

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 液中AFMから得られるフォースカーブを元にした溶媒和構造の計算2013

    • 著者名/発表者名
      天野健一、大西洋
    • 学会等名
      生物物理学会・中部支部講演会
    • 発表場所
      愛知県、名古屋大学
    • 年月日
      2013-02-19
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study of solvent-mediated Ising-like system : One-dimensional version2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano
    • 学会等名
      56^<th> Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      San Diego California USA
    • 年月日
      2012-02-29
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Mean force between an AFM probe and membrane patterned with solvophilic and solvophobic surface : a theoretical study2012

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Amano. Hiroshi Onishi
    • 学会等名
      NCAFM 2012
    • 発表場所
      Cesky Krumlov, Czeck Republic
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 溶媒内イジングモデルの研究2011

    • 著者名/発表者名
      天野健一
    • 学会等名
      第117回日本物理学会九州支部例会
    • 発表場所
      佐賀県・佐賀大学本庄キャンパス
    • 年月日
      2011-12-03
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] シャペロニンの機能発現における水の役割:統計力学理論解析2011

    • 著者名/発表者名
      天野健一
    • 学会等名
      物性理論セミナー
    • 発表場所
      福岡県・九州大学箱崎キャンパス(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-02
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] フィラメント近傍のリニヤーモーター蛋白質に対して形成されるエントロピーポテンシャル場:単純化モデルを用いた統計力学理論解析2011

    • 著者名/発表者名
      天野健一、吉留崇、岩城光宏、鈴木誠、木下正弘
    • 学会等名
      新学術領域研究・水を主役としたATPエネルギー変換・第2回領域全体会議
    • 発表場所
      大阪府・大阪ガーデンパレス
    • 年月日
      2011-08-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 大きな溶質の生体高分子複合体への挿入およびそれからの放出2011

    • 著者名/発表者名
      天野健一、木下正弘
    • 学会等名
      新学術領域研究・水を主役としたATPエネルギー変換・第2回領域全体会議
    • 発表場所
      大阪府・大阪ガーデンパレス
    • 年月日
      2011-08-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 溶媒中におけるポリマーの立体構造特性を解析するための効率的な方法2011

    • 著者名/発表者名
      天野健一、尾嶋拓、木下正弘
    • 学会等名
      本生物物理学会第3回中国四国支部大会
    • 発表場所
      広島県・広島大学東広島キャンパス
    • 年月日
      2011-05-14
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 筒状容器における大球溶質の挿入と放出:単純化モデルを用いたシャペロニンGroELに関する理論解析2011

    • 著者名/発表者名
      天野健一、木下正弘
    • 学会等名
      本生物物理学会第3回中国四国支部大会
    • 発表場所
      広島県・広島大学東広島キャンパス
    • 年月日
      2011-05-14
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.geocities.jp/kyotonen/

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] 京都大学エネルギー理工学研究所、木下正弘研究室

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/centerbunya/kinoshita/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考] 神戸大学大学院理学研究科、大西洋・木村建次郎研究室

    • URL

      http://www.edu.kobe-u.ac.jp/sci-onishi/index.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考] 天野健一のホームページ

    • URL

      http://www.geocities.jp/kyotonen/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-12-12   更新日: 2024-03-26  

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