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代謝生化学とオミックスの融合による絶対独立栄養性水素細菌のグリシン代謝系の解明

研究課題

研究課題/領域番号 11J03030
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 応用微生物学
研究機関筑波大学 (2012)
東京大学 (2011)

研究代表者

千葉 洋子  筑波大学, 生命環境系, 助教

研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2012年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2011年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
キーワード独立栄養性細菌 / アミノ酸生合成 / 分子生物学 / 代謝生化学 / X線結晶構造解析
研究概要

本研究の目的は、絶対独立栄養性好熱性水素細菌Hydrogenobacter thermophilusのグリシン代謝系を明らかにすることで、新規な代謝経路・酵素を発見することである。申請者は前年度の研究で既知のセリン生合成酵素ホスホセリンホスファターゼ(PSP)を有さずセリン生合成が不明であったH. thermophilusから新規PSPを発見し、その結晶構造を解くことに成功した。本年度は、結晶構造から示唆されたPSP活性に重要な因子の重要性を確かめるため、以下の研究を行った。
PSPと基質の複合体の結晶構造からHis85およびC末端の数残基がPSP活性に重要であることが示唆された。そこでまずは基質と水素結合を作ることが示唆されたHis85をAlaに置換した変異タンパク質を作成したところ、本タンパク質は野生型のそれと比べて、基質親和性が著しく低下することがわかった。一方、活性中心の蓋になることが示唆されたC末端残基を削った変異タンパク質を作成したところ、最大活性(Vmax)が著しく低下することが明らかとなった。したがって、これら両因子がPSP活性に重要であることが明らかになった。さらに、これら両因子を保存しているCyanobacteriaやChloroflexiの有するH. thermophilusのPSP類似タンパク質も強いPSP活性を有することが判明し、これら因子がタンパク質遺伝子の中からPSPとして働いているものを正確に予測することができるようになり、それら生物のセリン生合成経路を予測可能となった。
さらに、本年度はセリン生合成経路の多様性及び進化の系譜を理解することを目的として、細菌のみならず真核生物においても新規PSPの探索を行った。既知の2種類のPSPを有さない赤痢アメーバEntamoeba histolyticaを用いてPSPを探索したが、現在のところ検出されていない。本生物はPSP以外の酵素を用いてセリンを生合成しているか、セリン生合成能を欠くものと推察される。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (6件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Structural units inportant for activity of a novel-type phosphoserine phosphatase from Hydrogenobacter thermophilus TK-6 revealed by crystal structure analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Yoko Chiba (千葉 洋子)
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 288 号: 16 ページ: 11448-11458

    • DOI

      10.1074/jbc.m112.449561

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a novel-type phosphoserine phosphatase from Hyd rogenobac t e r the rmoph i1 us TK-6.2012

    • 著者名/発表者名
      Chiba, Y., * Horita, S., * Ohtsuka, J., Arai, H., Nagata, K., Igarashi, Y., Tanokura, M. and Ishii, M. (*Equal contribution)
    • 雑誌名

      Acta Crystal logr. F

      巻: 68 号: 8 ページ: 911-913

    • DOI

      10.1107/s1744309112025213

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism for folate-independent aldolase reaction catalyzed by serine hydroxymethyltransferase2012

    • 著者名/発表者名
      Yoko Chiba(千葉洋子)
    • 雑誌名

      FEBS Journal

      巻: 279 号: 3 ページ: 504-514

    • DOI

      10.1111/j.1742-4658.2011.08443.x

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discovery and analysis of cofactor-dependent phosphoglycerate mutase homologs as novel phosphoserine phosphatases in Hydrogenobacter thermophilus2012

    • 著者名/発表者名
      Yoko Chiba(千葉洋子)
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 287 ページ: 11934-11941

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 赤痢アメーバEntmoeba histolyticaおよびEntamoeba invadensにおけるセリン生合成酵素の比較2013

    • 著者名/発表者名
      千葉 洋子
    • 学会等名
      第82回日本寄生虫学会大会
    • 発表場所
      東京医科歯科大学(東京都)
    • 年月日
      2013-03-29
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] A novel phosphoserine phosphatase to produce C_1 precursors discovered in Hydrogenobacter2012

    • 著者名/発表者名
      Yoko Chiba (千葉 洋子)
    • 学会等名
      Gordon Research Conferences, Molecular basis of microbial one-carbon metabolism
    • 発表場所
      Bates College (米国 メイン州)
    • 年月日
      2012-08-07
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムから見える代謝経路、見えない代謝経路 -独立栄養性細菌の新規アミノ酸合成酵素を例に-2012

    • 著者名/発表者名
      千葉 洋子
    • 学会等名
      日本技術士会 第16回 生物工学部会 業績発表会
    • 発表場所
      葦手第二ビル5F日本技術士会AB会議室(東京都)
    • 年月日
      2012-06-02
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 新規phosphoserine phosphataseの性状解析と生物内分布2012

    • 著者名/発表者名
      千葉洋子
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012大会
    • 発表場所
      京都女子大学(京都府)
    • 年月日
      2012-03-23
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Novel serine biosynthetic enzymes in Hydrogenobacter thermophilus, a hydrogen-oxidizing autotrophic bacterium-phosphoserine phosphatase belonging to the histidine phosphatase superfamily-2011

    • 著者名/発表者名
      Yoko Chiba(千葉洋子)
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2011-09-07
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] グリシン代謝を鍵に生命を見つめる-好熱菌のグリシン生合成酵素-2011

    • 著者名/発表者名
      千葉洋子
    • 学会等名
      第11回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 年月日
      2011-06-04
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2012/20120221-5.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-12-12   更新日: 2024-03-26  

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