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下水由来遺伝子配列の点突然変異解析に基づいた胃腸炎ウイルス感染者数推定手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 11J04434
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 土木環境システム
研究機関北海道大学

研究代表者

三浦 尚之  北海道大学, 大学院工学研究院, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2013年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2012年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2011年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
キーワードノロウイルス / 水中病原微生物 / 感染性胃腸炎 / 下水 / 分子疫学的解析 / 遺伝子配列解析 / 点突然変異 / 進化系統樹 / 手足口病
研究概要

今年度は, 前年度に決定したノロウイルス(GII.4型)カプシドタンパク質遺伝子の塩基配列について, 感染者内分散と感染者間分散の割合をAMOVA (analysis of molecular variance)により推定した。その結果, 全体の遺伝的分散への感染者内分散と感染者間分散の寄与度は, それぞれ48%と52%だった。したがって, ノロウイルスGII. 4は非常に強い突然変異によって感染者内の分散を作り出し, 同時に自然選択か遺伝的浮動の影響によって, 感染者間の分散も維持していることが示された。ノロウイルスの進化に関して, ウイルス学的に重要な知見が得られた。
また, ノロウイルス陽性試料を効率的にスクリーニングする方法として前年度に開発したリアルタイムRT-PCRアッセイについて, 今年度も継続して環境試料(下水および二枚貝)への適用性を評価した。開発したアッセイによってノロウイルス遺伝子陽性と判定されたすべての試料からは, GI, GH, GIVのいずれかまたは複数のノロウイルス株が検出された。開発したアッセイは, 糞便, 環境水, 二枚貝試料のスクリーニングに有用である。
さらに, A群ロタウイルスに対するワンステップリアルタイムRT-PCRを開発し, 二枚貝へのロタウイルスの蓄積性を調べた。A群ロタウイルス(HAL1166株およびSA11株)は, ノロウイルスと比較してカキおよびムール貝に蓄積しにくいことがわかった。また, ロタウイルスに汚染されたムール貝の加熱調理によるロタウイルスの生残性を調べたところ, 加熱時間が増加するにしたがって, 感染価は減少した。5分間の加熱調理で1.7log感染価が減少したが, ムール貝からは感染性を保持したロタウイルスが検出された。

今後の研究の推進方策

(抄録なし)

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (9件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Environmental detection of GI, GII and GIV norovirus using a generic real-time RT-PCR assay2013

    • 著者名/発表者名
      Miura, T., Parnaudeau, S., Grodzki, M., Okabe, S., Atmar, R. L., Le Guyader, F. S.
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology

      巻: 79 号: 21 ページ: 6585-6592

    • DOI

      10.1128/aem.02112-13

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bayesian modeling of enteric virus density in wastewater using left-censored data2013

    • 著者名/発表者名
      Kato, T., Miura T., Okabe, S., Sano, D.
    • 雑誌名

      Food and Environmental Virology

      巻: 5 号: 4 ページ: 185-193

    • DOI

      10.1007/s12560-013-9125-1

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Histo-blood group antigen-like substances of human cnteric bacteria as specific adsorbents for human noroviruses2013

    • 著者名/発表者名
      Miura, T., Sano, D., Suenaga, A., Yoshimura, T., Fuzawa, M., Nakagomi, T., Nakagomi, O., Okabe, S.
    • 雑誌名

      Joumal of Virology

      巻: 87 号: 17 ページ: 9441-9451

    • DOI

      10.1128/jvi.01060-13

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection of oxidative damages on viral capsid protein for evaluating infectivity of gastroenteritis viruses2013

    • 著者名/発表者名
      Tojo, K., 他
    • 雑誌名

      Water Science and Technology

      巻: (In press)

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Occurrence of Hand-Foot-and-Mouth Disease Pathogens in Domestic Sewage and Secondary Effluent in Xi’an, China2012

    • 著者名/発表者名
      Ji, Zheng, 他
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 27 号: 3 ページ: 288-292

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME11352

    • NAID

      10030869480

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 環境試料のヒトノロウイルス(GI, GII, GIV)スクリーニングに有用なリアルタイムRT-PCRの開発2013

    • 著者名/発表者名
      三浦尚之, Parnaudeau, S., Grodzki, M., 岡部聡, AtmarR. L., Le Guyader F. S.
    • 学会等名
      第50回環境工学研究フォーラム
    • 発表場所
      北海道大学(札幌市)
    • 年月日
      2013-11-20
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A generic real-time RT-PCR assay to detect norovirus in shellfish2013

    • 著者名/発表者名
      Miura, T., Parnaudeau, S., Atmar, R. L., Le Guyader, F. S.
    • 学会等名
      Fifth International Conference on Caliciviruses
    • 発表場所
      Beijing Qianmen Jiangguo Hotel, Beijing, China
    • 年月日
      2013-10-13
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Bacterial extracellular polymeric substances as the specific carrier for human norovirus particles2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshimura, T., Sano, D., Miura, T., Nakagomi, T., Nakagomi, O., Okabe, S.
    • 学会等名
      17th International Symposium on Health-related Water Microbiology
    • 発表場所
      Majestic Palace Hotel, Florianopolis, Brazil
    • 年月日
      2013-09-17
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Enteric bacteria bearing histo-blood group antigen-like extracellular polymeric substances as environmental vehicles for human neuroviruses2012

    • 著者名/発表者名
      Miura, T., 他
    • 学会等名
      3rd Food and Environmental Virology Conference
    • 発表場所
      Instituto Superior Tecnico, Lisbon, Portugal
    • 年月日
      2012-10-09
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Infectivity of gastroenteritis viruses analyzed by oxidative stress marker detection and RNase sensitivity test2012

    • 著者名/発表者名
      Sano, D., 他
    • 学会等名
      3rd Food and Environmental Virology Conference
    • 発表場所
      Instituto Superior Tecnico, Lisbon, Portugal
    • 年月日
      2012-10-09
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Transcriptome analysis of intestinal epithelial cells infected with poliovirus type 12012

    • 著者名/発表者名
      Tazawa, M., 他
    • 学会等名
      EUROPIC 2012
    • 発表場所
      Saint-Raphael Congres, France
    • 年月日
      2012-06-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Quantitative PCR detection of enteroviruses and evaluation of the occurrence of hand-foot-and-mouth disease viral pathogens in domestic wastewater2011

    • 著者名/発表者名
      Zhou, Jinhong, 他
    • 学会等名
      4th IWA-ASPIRE Conference and Exhibition
    • 発表場所
      東京国際フォーラム(東京都)
    • 年月日
      2011-10-04
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Environmental epidemiological study of hand, foot, and mouth disease pathogens (EV71, CVA16 and CVA10) in domestic sewage and Secondary Effluent2011

    • 著者名/発表者名
      Ji, Zheng, 他
    • 学会等名
      4th IWA-ASPIRE Conference and Exhibition
    • 発表場所
      東京国際フォーラム(東京都)
    • 年月日
      2011-10-04
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Human enteric bacteria that capture norovirus particles with a specific interaction through histo-blood group antigen-like extracellular polysaccharide2011

    • 著者名/発表者名
      三浦尚之, 他
    • 学会等名
      6th International Simposium on Health-related Water Microbiology
    • 発表場所
      ロトルアエナジーセンター,ロトルア,ニュージーランド
    • 年月日
      2011-09-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Veterinary Public Health and Food Safety Assurance Book series, Vol. 6, Foodborne viruses and prions and their significance for public health2013

    • 著者名/発表者名
      Le Guyader, F. S., Miura, t., Atmar, R. L.
    • 総ページ数
      375
    • 出版者
      Wageningen Academic Publishers
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2011-12-12   更新日: 2024-03-26  

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