| 研究課題/領域番号 |
11J06172
|
|---|
| 研究種目 |
特別研究員奨励費
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 応募区分 | 国内 |
|---|
| 研究分野 |
ゲノム生物学
|
|---|
| 研究機関 | 京都大学 (2012)
慶應義塾大学 (2011) |
|---|
研究代表者 |
アティーア シハタモハメド (2012) 京都大学, 薬学研究科, 特別研究員(PD)
アテイーア シハタモハメド (2011) 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特別研究員(DC2)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2011 – 2012
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2012年度)
|
| 配分額 *注記 |
1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2012年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2011年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
|
|---|
| キーワード | プロテオミクス / プロテオゲノミクス / 癌ゲノム / 点変異 / リン酸化プロテオミクス / Proteomics / Genomics / Bioinformatics / Cancer / Onco-proteogenomics / Mass Spectrometry / Hela Cells |
|---|
| 研究概要 |
体細胞突然変異はすべての癌ゲノムに共通する特性であり、変異遺伝子は、癌細胞にその発癌性特性を与えうるため、変異遺伝子に関する情報は新規バイオマーカーおよび薬物標的を見つけるために有用である。しかし、質量分析を基盤とするショットガンプロテオミクスの手法を用いてこのような変異タンパク質を同定するのは一般的に難しく、正常および変異タンパク質のハイブリッドデータベースを構築する必要がある。ここでは、プロテオゲノミクスの手法と包括的なデータベース・アレイ(CDA)を利用した癌プロテオゲノミクスを検討した。CDAは9つの異なるデータベースで構成され、そのうちの6つは癌ではない試料の解析からつくられたものであり、残り3つはCOSMICデータベースを含む癌タンパク質データベースである。HeLa細胞のプロテオームおよびリン酸化プロテオーム解析を行い、得られたデータセットを用いて検討をおこなった。まず最初にIPIデータベース内の任意のタンパク質と一致するすべてのペプチドを除外することで冗長性を削除した。同様に、非癌データベースにヒットするスペクトルをマススペクトル逐次減算法(MSSS)を用いて削除し、残ったスペクトルを癌データベースに対してマッチングを行ったところ、492種の癌ペプチドの同定に至った。このうち266種はすでにCOSMICデータベース中に点変異として登録されているものであったが、残りの癌ペプチドはリン酸化修飾を受けているものもあり、本法が癌関連体細胞変異のハイスループットな同定法として有望であることが示唆された。
|
