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人工核酸塩基を基盤としたナノマテリアルの理論設計

研究課題

研究課題/領域番号 11J06630
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 物理化学
研究機関独立行政法人理化学研究所 (2012-2013)
大阪大学 (2011)

研究代表者

松井 亨  独立行政法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2013年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2012年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2011年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
キーワード核酸塩基 / 金属錯体 / 量子化学計算 / 光誘起反応 / 5位修飾ウリジン / 密度汎関数法 / 水銀イオン / ミスマッチ塩基対 / 酸化還元電位 / 酸解離定数 / イオン交換反応
研究概要

当該年度においては、金属を内包する天然あるいは人工核酸において、光誘起磁性と言った光励起に関係す物性を持つ物質の可能性を探索した。その中で、ブレオマイシンと呼ばれる薬物が金属イオンと酸素分子を取り込んだ時にDNAの糖鎖を切断する反応において、コバルトイオンを取り込んだ場合には光照射がなければ反応が起こらないことに着目し、そこから光誘起磁性の可能性を模索した。
時間依存密度汎関数法による計算の結果、コバルトが光励起することにより、HOMO-LUMOギャップに相当する励起エネルギー程度の波長しか与えられない場合でも、一重項と三重項のスピンフリップにより、その後は熱的に反応が進行することが予想された。また、十分な励起エネルギーを与えた場合は、0-0のσ*軌道に電子が入るために、結合が切れてラジカルが生成し、そのままOHラジカルとして糖鎖を切断する働きを持つということが分かった。また、切断反応においては、三重項での反応の方がより有利に進むということもエネルギーの比較から分かっている。通常では、人体内の鉄イオンがブレオマイシンに取り込まれることから反応が進むことが知られているが、コバルトとの違いは金属-酸素の結合エネルギーの違いによって説明できる。鉄では、OHラジカルの放出とともに、酸素原子との結合が出来るのに対し、コバルトではそのような結合が生じず、エネルギー的に有利にならないことが、反応のために光誘起が必要となる理由として説明できる。これら一連の研究は、金属の光誘起磁性のみならず、薬物の光応答にも応用することが期待される。また、類似の性質を持ちうる金属を内包した天然/人工核酸塩基に関しては、今後もその可能性を探索する予定である。

今後の研究の推進方策

(抄録なし)

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2014 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (14件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Red ox Potential of Transition Metal Complex with the Correction of Pseudo-Counter Ion : General Theory and Applications2013

    • 著者名/発表者名
      T. Matsui, Y. Kitagawa, Y Shigeta, and M. Okumura
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 9 号: 7 ページ: 2974-2980

    • DOI

      10.1021/ct4002653

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical studies of electronic structures, magnetic properties and electron conductivities of one-dimensional Nin (n= 3,5,7) com plexes2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Kitagawa, T. Matsui, Y. Nakanishi, Y. Shigeta, T. Kawakami, M. Okumura and K. Yamaguchi
    • 雑誌名

      Dalton Transaction

      巻: 42 号: 45 ページ: 16200-16208

    • DOI

      10.1039/c3dt51466h

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DFT calculations of effective exchange integrals at the complete basis set limit on oxo-vanadium ring complex2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Kitagawa, T. Matsui, N. Yasuda, H. Hatake, T. Kawakami, S. Yamanaka, M. Nihei, M. Okumura, H. Oshio and K. Yamaguchi
    • 雑誌名

      Polyhedron

      巻: 66 ページ: 97-101

    • DOI

      10.1016/j.poly.2013.02.040

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Consistent Scheme for Computing Standard Hydrogen Electrode and Redox Potentials2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Mitsutaka Okumura, Yasuteru Shigeta, and Shigeyoshi Sakaki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 34 号: 1 ページ: 21-26

    • DOI

      10.1002/jcc.23100

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An accurate density functional theory based estimation of pKa values of polar residues combined with experimental data : from amino acids to minimal proteins2012

    • 著者名/発表者名
      松井亨、馬場剛史、神谷克政、重田育照
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 14 号: 12 ページ: 4181-4187

    • DOI

      10.1039/c2cp23069k

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical Study on Reaction Scheme of Silver(I) Containing 5-Substituted Uracils Bridge Formation2011

    • 著者名/発表者名
      松井亨、宮地秀明、馬場剛史、重田育照
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry A

      巻: 115 号: 30 ページ: 8504-8511

    • DOI

      10.1021/jp200871f

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] タンパク質内のアミノ酸側鎖の酸解離定数の算出2014

    • 著者名/発表者名
      松井 亨、中嶋 隆人
    • 学会等名
      日本化学会第94回春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス、名古屋市
    • 年月日
      2014-03-27
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Redox Potential of Transition Metal Complexes2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Yasuteru Shigeta, and Mitsuta ka Okumura
    • 学会等名
      5^<th> JCS International Symposium on Theoretical Chemistry
    • 発表場所
      奈良東大寺文化センター、奈良市
    • 年月日
      2013-11-04
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] かご状超分子内の核酸塩基選択性に関する計算化学的アプローチ2013

    • 著者名/発表者名
      松井 亨、中嶋 隆人
    • 学会等名
      第63回錯体化学討論会
    • 発表場所
      琉球大学千原キャンパス、西原町
    • 年月日
      2013-11-03
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] メタロチオネインの酸化還元電位に関する理論的研究2013

    • 著者名/発表者名
      松井 亨、中嶋 隆人
    • 学会等名
      第7回分子化学討論会
    • 発表場所
      京都テルサ、京都市
    • 年月日
      2013-09-25
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Redox Potential of Transition Metal Complexes2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Yasuteru Shigeta, and Mitsutaka Okumura
    • 学会等名
      8^<th> Congress of the International Society of Theoretical Chemical Physics
    • 発表場所
      Budapest, Hungary
    • 年月日
      2013-08-28
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Redox Potential of Transition Metal Complexes : Tuning of Computational Method2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsui, Jong-Won Song, Takahito Nakajima, and Kimihiko Hirao
    • 学会等名
      6^<th> Asian-Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry
    • 発表場所
      慶州ヒルトンホテル、慶州市、韓国
    • 年月日
      2013-07-13
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A Novel Computational Scheme for Standard Hydrogen Electrode and Redox Potentials2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Yasuteru Shigeta, and Mitsutaka Okumura
    • 学会等名
      33^<rd> International Conference on Solution Chemistry
    • 発表場所
      京都テルサ、京都市
    • 年月日
      2013-07-10
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 溶媒和モデルを利用した金属錯体の酸化還元電位の算出法と応用2013

    • 著者名/発表者名
      松井亨, 北河康隆, 重田育照, 奥村光隆
    • 学会等名
      第93回日本化学会春期年会
    • 発表場所
      滋賀県草津市立命館大学びわ湖草津キャンパス
    • 年月日
      2013-03-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 標準水素電極ポテンシャルと酸化還元電位の算出法2012

    • 著者名/発表者名
      松井亨, 北河康隆, 重田育照, 奥村光隆, 榊茂好
    • 学会等名
      第6回分子科学討論会
    • 発表場所
      東京都文京区東京大学本郷キャンパス
    • 年月日
      2012-09-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Density functional theory based estimation of pK_a value of polar residues : from amino acids to minimal proteins2012

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsui, Takeshi Baba, Katsumasa Kamiya, Mitsutaka Okumura, and Yasuteru Shigeta
    • 学会等名
      14^<th> International Congress of Quantum Chemistry
    • 発表場所
      コロラド大学ボルダー校,コロラド州ボルダー市,アメリカ合衆国
    • 年月日
      2012-06-26
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質内アミノ酸側鎖の酸解離定数の新規算出法と応用2012

    • 著者名/発表者名
      松井亨, 馬場剛史, 安田奈都美^1, 神谷克政, 北河康隆, 重田育照, 奥村光隆
    • 学会等名
      第15回理論化学討論会
    • 発表場所
      宮城県仙台市東北福祉プラザ
    • 年月日
      2012-05-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 官能基の類似性を利用した酸解離定数の新規算出法と応用2012

    • 著者名/発表者名
      松井亨
    • 学会等名
      第92回日本化学会春期年会
    • 発表場所
      慶応義塾大学
    • 年月日
      2012-03-27
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質内アミノ酸側鎖の酸解離定数の新規算出法と応用2011

    • 著者名/発表者名
      松井亨
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌コンベンションホール
    • 年月日
      2011-09-23
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Structural Properties and Imino Proton Acidity of Silver Containing 5-Substituted Uracils2011

    • 著者名/発表者名
      松井亨
    • 学会等名
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2011-09-03
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Some Applications of Quantum Mechanics2012

    • 著者名/発表者名
      松井亨(共著)
    • 出版者
      InTech
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-12-12   更新日: 2024-03-26  

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