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真核ピコプランクトンの多様性の解明:分類学とゲノム生物学からのアプローチ

研究課題

研究課題/領域番号 11J08277
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生物多様性・分類
研究機関独立行政法人国立環境研究所

研究代表者

中山 晴代 (山口 晴代) (2011, 2013)  独立行政法人国立環境研究所, 生物・生態系環境研究センター, 特別研究員(PD)

中山 春代 (山口 春代) (2012)  独立行政法人国立環境研究所, 生物・生態系環境研究センター, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
1,973千円 (直接経費: 1,973千円)
2013年度: 373千円 (直接経費: 373千円)
2012年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2011年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
キーワード真核ピコプランクトン / 系統分類学 / 次世代シークエンス / 18S rRNA gene
研究概要

真核ピコフランクトン採集のため、2013年7月10-29日に海洋研究開発機構海洋地球研究船みらいに乗船し、亜寒帯循環域観測定点K2および亜熱帯循環域観測定点S1において、表層水・クロロフィル極大の海水を採水した。得られた海水について、昨年度までと同様の方法により処理を行い、船上で細胞凍結を行った。細胞凍結サンプルは下船後解凍し、昨年度までに開発した方法によって、セルソーターを備えたフローサイトメーターで解析後、細胞分取を行った。これらの試料について、次世代シーケンサーによる18S rDNA配列解析を行った。また、受入研究者が2012年3月に同地点で採集した細胞凍結サンプルについても同様の方法により、配列取得を行った。結果、2013年K2では渦鞭毛藻由来の配列が多く、S1では寄生性渦鞭毛藻の配列が多かった。2011年K2およびS1においては珪藻由来の配列が圧倒的に多かった。2013年S1においては、セルソーターによりクロロフィル蛍光を持つ細胞を分取したにも関わらず、寄生性渦鞭毛藻由来と思われる配列が多く取れてきてしまった。これまでに真核ピコプランクトンに寄生するピコサイズの渦鞭毛藻の記載はないため, 今後さらなる調査が必要である。
また、新たに培地を改変することにより、複数の外洋性真核ピコプランクトン培養株を確立することに成功した。現在、これらの培養株の形態情報、分子情報の取得を行っている。

今後の研究の推進方策

(抄録なし)

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2014 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (1件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] 原生生物(プロチスト)の新種を記載するには2012

    • 著者名/発表者名
      山口晴代
    • 雑誌名

      原生動物園

      巻: 3 ページ: 9-15

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] フローサイトメトリーを用いた真核ピコプランクトンの多様性解析2014

    • 著者名/発表者名
      山口晴代・佐藤真由美・谷内由貴子・渡辺剛・桑田晃・河地政伸
    • 学会等名
      日本藻類学会第38回大会
    • 発表場所
      東邦大学
    • 年月日
      2014-03-15
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 直径3ミクロンの小さな真核藻類の多様性研究2013

    • 著者名/発表者名
      山口晴代
    • 学会等名
      日本菌学会関東支部第28回シンポジウム
    • 発表場所
      国立科学博物館
    • 年月日
      2013-12-14
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Huge diversity of marine eukaryotic picoplankton in Sendai Bay, Japan : using next-generation sequencing approach for meta 18S rDNA analyses2012

    • 著者名/発表者名
      Haruyo Yamaguchi, Mikihide Demura, Akira Kuwata, Masanobu Kawachi
    • 学会等名
      14th International Symposium on Microbial Ecology
    • 発表場所
      Bella Center Copenhagen
    • 年月日
      2012-08-23
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 日本周辺海域における真核ピコプランクトンの多様性2012

    • 著者名/発表者名
      山口晴代
    • 学会等名
      2012年度微細藻類研究会
    • 発表場所
      基礎生物学研究所(愛知県)(招待講演)
    • 年月日
      2012-07-27
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 黒潮周辺海域における真核ピコプランクトンのメタ18S rDNA解析2012

    • 著者名/発表者名
      山口晴代, 出村幹英, 杉崎宏哉, 河地正伸
    • 学会等名
      日本藻類学会第36回大会
    • 発表場所
      北海道大学(北海道)
    • 年月日
      2012-07-15
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 黒潮周辺海域における真核ピコプランクトンの多様性2012

    • 著者名/発表者名
      山口晴代
    • 学会等名
      NGS現場の会第二回研究会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
    • 年月日
      2012-05-24
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 黒潮周辺海域における真核ピコプランクトンの多様性2012

    • 著者名/発表者名
      山口晴代, 出村幹英, 杉崎宏哉, 河地正伸
    • 学会等名
      日本植物分類学会第11回大阪大会
    • 発表場所
      大阪学院大学(大阪府)
    • 年月日
      2012-03-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Cryopreservation techniques applied to the pico-phytoplankton diversity, effectiveness and problems2011

    • 著者名/発表者名
      Masanobu KAWACHI, Mary-helene Noel, Haruyo YAMAGUCHI, Mikihide DEMURA
    • 学会等名
      「海洋プランクトンに関する日仏共同シンポジウム」Japan-France Joint Symposium on Marine Plankton
    • 発表場所
      国立環境研究所(茨城県)
    • 年月日
      2011-12-01
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 渦鞭毛藻に見られる現在進行中の共生現象2011

    • 著者名/発表者名
      山口晴代, 井上勲
    • 学会等名
      日本地球惑星科学連合2011年大会
    • 発表場所
      幕張メッセ(千葉県)
    • 年月日
      2011-05-26
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-12-12   更新日: 2024-03-26  

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