モデル多細胞生物発生の遺伝子システムの全体像解明と計算機モデル化

• 研究課題/領域番号: 12202003
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 小原 雄治 国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
• 研究分担者: 近藤 滋 名古屋大学, 大学院理学研究科, 教授 (10252503)
• 研究期間 (年度): 2000 – 2004
• 研究課題ステータス: 完了 (2004年度)
• 配分額: 383,400千円 (直接経費: 383,400千円); 2004年度: 96,000千円 (直接経費: 96,000千円); 2003年度: 88,000千円 (直接経費: 88,000千円); 2002年度: 96,000千円 (直接経費: 96,000千円); 2001年度: 103,400千円 (直接経費: 103,400千円)
• キーワード: 線虫 / 細胞系譜 / BST / whole mount in situハイブリダイゼーション / RNAi / クラスタリング解析 / コンピュータシュミレーション / 反応拡散波 / EST / whole mount in situ ハイブリダイゼーション / コンピュータシミュレーション / 4D顕微鏡 / 発生 / cDNA / alternative splicing / in situハイブリダイゼーション / in silico生物学

研究概要

1)モデル多細胞生物発生の遺伝子システムの全体像解明と計算機モデル化
・EST配列12万本からエキソン・イントロン構造を確定した12000遺伝子についてwhole mount in situハイブリダイゼーションによる発現パターン解析をおこないクラスタリング解析により共通制御候補遺伝子群を同定した。NEXTDB<http://nematode.lab.nig.ac.jp>で公開し、これをもとにした共同研究を世界中で進めた。
・glp-1母性mRNAの翻訳制御メカニズムについて、gld-1,pos-1、spn-4などの複数遺伝子の組み合わせとポリA鎖の伸長によるfine tuningの機構を解析した。
・初期発生の細胞配置パターンがC.elegansとは異なる近縁線虫Diploscapter sp.についてcDNAライブラリーを構築し、EST約7万本から約10,000種に分類でき、約5,800種についてC.elegans, C.briggsaeとのオルソログが見出された。初期発生に重要な遺伝子をそろえるために、薄い(1X)ホールゲノムショットガンシーケンシングをおこない、追加約1,000のホモログを得た。発現パターンについてC.elegansとの比較を進めている。
・細胞の形状を力学モデルによって構成した胚発生シミュレータ(原腸陥入期の26細胞期まで)を構築し、中心体の動きなどをより正確に再現するような条件を求めた。
2)生物発生のコンピュータシミュレーション
・模様形成遺伝子のひとつレオパードをクローン化した。

研究成果

• [雑誌論文] Graphical gaussian modeling for gene association stuctures based on expression deviation patterns induced by various chemical stimuli. (2006)
  • 著者名/発表者名: Tetsuya Matsuno, Nobuyuki Tominaga, Koji Arizono, Taisen Iguchi, Yuji Kohara
  • 雑誌名: IEICE Trans. Inf. ＆ Syst. E89-D,No.4 ページ: 1563-1574
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Graphical gaussian modeling for gene association structures based on expression deviation patterns induced by various chemical stimuli. (2006)
  • 著者名/発表者名: Tetsuya Matsuno, Nobuyuki Tominaga, Koji Arizono, Taisen Iguchi, Yuji Kohara
  • 雑誌名: IEICE Trans. Inf. ＆ Syst. E89-D, No.4 ページ: 1563-1574
  • NAID: 110007504509
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Identification of ciliated sensory neuron-expressed genes in Caenorhabditis elegans using targeted pull-down of poly(A) tails. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hirofumi Kunitomo, Hiroko Uesugi, Yuji Kohara, Yuichi Iino
  • 雑誌名: Genome Biol. 6(2)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The C.elegans RUNX transcription factor MAB-2/RNT-1 is required for asymmetrical cell division of the T blast cell. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi KAGOSHIMA, Hitoshi SAWA, Shohei MITANI, Thomas R. BURGLIN, Katsuya SHIGESADA, Yuji KOHARA
  • 雑誌名: Developmental Biol. 287 ページ: 262-273
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] nfi-1 affects behavior and life-span in C. elegans but is not essential for DNA replication or survival. (2005)
  • 著者名/発表者名: Elena Lazakovitch, John M Kalb, Reiko Matsumoto, Keiko Hirono, Yuji Kohara, Richard M Gronostajski
  • 雑誌名: BMC Developmental Biology 5 ページ: 24-24
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Cell-cell interaction network that generates the skin pattern of animal. (2005)
  • 著者名/発表者名: Kondo-S
  • 雑誌名: Genome Informatics 16 ページ: 287-291
  • NAID: 130003997434
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Identification of ciliated sensory neuron-expressed genes in Caenorhabditis elegans using targeted pull-down of poly(A) tails. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hirofumi Kunitomo, Hiroko Uesugi, Yuji Kohara, Yuichi lino
  • 雑誌名: Genome Biol 6(2)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The C. elegans RUNX transcription factor MAB-2/RNT-1 is required for asymmetrical cell division of the T blast cell. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi KAGOSHIMA, Hitoshi SAWA, Shohei MITANI, Thomas R. Bワ RGLIN, Katsuya SHIGESADA, Yuji KOHARA
  • 雑誌名: Developmental Biol. 287 ページ: 262-273
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Identification of ciliated sensory neuron-expressed genes in Caenorhabditis elegans using targeted pull-down of poly(A) tails. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hirofumi Kunitomo, Hiroko Uesugi, Yuji Kohara, Yuichi lino
  • 雑誌名: Genome Biol.http://genomebiology.com/2005/6/2/R17 6(2)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] nfi-1 affects behavior and life-span in C. elegans but is not essential for DNA replication or survival. (2005)
  • 著者名/発表者名: Elena Lazakovitch, John M Kalb, Reiko Matsumoto, Keiko Hirono, Yuji Kohara, Richard M Gronostajski
  • 雑誌名: BMC Developmental Biology2005 5:24
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Identification of ciliated sensory neuron-expressed genes in Caenorhabditis elegans using targeted pull-down of poly(A) tails. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hirofumi Kunitomo
  • 雑誌名: Genome Biol. 6(2)
• [雑誌論文] TLR-independent control of innate immunity in C.elegans by the human SARM homolog, TIR-1, a TIR-domain adaptor protein. (2004)
  • 著者名/発表者名: Carole Couillault, Nathalie Pujol, Jerome Reboul, Laurence Sabatier, Jean-Francois Guichou, Yuji Kohara, Jonathan J. Ewbank
  • 雑誌名: Nature Immunology 5 ページ: 488-494
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] SPI : A tool for incorporating gene expression data into a four-dimensional database of C. elegans embryogenesis (2004)
  • 著者名/発表者名: Yohei Minakuchi, Masahiro Ito, Yuji Kohara
  • 雑誌名: Bioinformatics 20 ページ: 1097-1109
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] TLR-independent control of innate immunity in C. elegans by the human SARM homolog, TIR-1, a TIR-domain adaptor protein. (2004)
  • 著者名/発表者名: Carole Couillault, Nathalie Pujol, Jゾェパme Reboul, Laurence Sabatier, Jean-FranXois Guichou, Yuji Kohara, Jonathan J. Ewbank
  • 雑誌名: Nature Immunology 8 ページ: 488-494
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A tool for incorporating gene expression data into a four-dimensional database of C. elegans embryogenesis. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yohei Minakuchi, Masahiro Ito, Yuji Kohara: SPI
  • 雑誌名: Bioinformatics 20 ページ: 1097-1109
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] TLR-independent control of innate immunity in C.elegans by the human SARM homolog, TIR-1, a TIR-domain adaptor protein. (2004)
  • 著者名/発表者名: Carole Couillault
  • 雑誌名: Nature Immunology 5 ページ: 488-494
• [雑誌論文] SPI : A tool for incorporating gene expression data into a four-dimensional database of C.elegans embryogenesis. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yohei Minakuchi
  • 雑誌名: Bioinformatics 20 ページ: 1097-1109
• [雑誌論文] VBP-1 is necessary for morphogenesis in Caenorhabditis elegans. (2003)
  • 著者名/発表者名: Harumi Ichimiya, Okio Hino, Yuji Kohara, Naoaki Ishii
  • 雑誌名: Oncology Reports 10 ページ: 293-295
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Computer Simulation of the Cellular Arrangement in Early Cleavage of the Nematode C.elegans (2003)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara
  • 雑誌名: Bioinformatics 19 ページ: 704-716
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Translational control of maternal glp-1 mRNA by POS-1 and its interacting protein SPN-4 in Caenorhabditis elegans. (2003)
  • 著者名/発表者名: Ken-ichi Ogura, Norihito Kishimoto, Shohei Mitani, Keiko Gengyo-Ando, Yuji Kohara
  • 雑誌名: Development 130 ページ: 2495-2503
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Caenorhabditis elegans RBX1 is essential for meiosis, mitotic chromosomal condensation and segregation, and cytokinesis. (2003)
  • 著者名/発表者名: Yohei Sasagawa, Takeshi Urano, Yuji Kohara, Hideyuki Takahashi, Atsushi Higashitani
  • 雑誌名: Genes to Cells 8 ページ: 857-872
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Characterization of a novel C.elegans RGS protein with a C2 domain : evidence for direct association between C2 domain and G? q subunit. (2003)
  • 著者名/発表者名: Motoko Sato, Kayoko Moroi, Mariko Nishiyama, Jing Zhou, Hirokazu Usui, Yoshitoshi Kasuya, Mitsunori Fukuda, Yuji Kohara, Issei Komuro, Sadao Kimura
  • 雑誌名: Life Sciences 73 ページ: 917-932
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Pigment cell organization in zebrafish stripe. (2003)
  • 著者名/発表者名: Hirata, M., Kanemaru, T., Shibata, Y., Nakamura, K-I., Kondo, S
  • 雑誌名: Developmental Dynamics 227 ページ: 497-503
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Traveling stripes on the skin of a mutant mouse. (2003)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, N., Hirata, M, Kondo, S
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 17 ページ: 9680-9685
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Stripes, spots or reversed spots in two-dimentional Turing systems (2003)
  • 著者名/発表者名: Shoji-H, Iwasa-Y, Kondo-S
  • 雑誌名: J. Theor. Biol 224 ページ: 339-350
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Pigment cell distributions in different tissues of the Zebrafish, with special reference to the striped pigment pattern. organiza. (2003)
  • 著者名/発表者名: Hirata, M., Nakamura, K-I., Kondo, S
  • 雑誌名: Developmental Dynamics 234 ページ: 293-300
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Origin of the directionality in the fish stripe pattern. (2003)
  • 著者名/発表者名: Shoji, H., Mochizuki, A., Iwasa, Y., Hirata, M., Hioki, K., Kondo.S.
  • 雑誌名: Developmental Dynamics 226 ページ: 627-633
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Computer Simulation of the Cellular Arrangement in Early Cleavage of the Nematode C. elegans. (2003)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara
  • 雑誌名: Bioinformatics 19, no6 ページ: 704-716
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Characterization of a novel C.elegans RGS protein with a C2 domain : evidence for direct association between C2 domain and G a q subunit. (2003)
  • 著者名/発表者名: Motoko Sato, Kayoko Moroi, Mariko Nishiyama, Jing Zhou, Hirokazu Usui, Yoshitoshi Kasuya, Mitsunori Fukuda, Yuji Kohara, Issei Komuro, Sadao Kimura
  • 雑誌名: Life Sciences 73 ページ: 917-932
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Pigment cell organization in zebrafish stripe. (2003)
  • 著者名/発表者名: Hirata, M., Kanemaru, T., Shibata, Y., Nakamura, K-I., Kondo.S.
  • 雑誌名: Developmental Dynamics 227 ページ: 497-503
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Traveling stripes on the skin of a mutant mouse. (2003)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, N.Hirata, M, Kondo.S.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 17 ページ: 9680-9685
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Stripes, spots or reversed spots in two-dimentional Turing systems. (2003)
  • 著者名/発表者名: Shoji-H, Iwasa-Y, Kondo-S
  • 雑誌名: J. Theor. Biol 224 ページ: 339-350
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Pigment cell distributions in different tissues of the Zebrafish, with special reference to the striped pigment pattern. organiza. (2003)
  • 著者名/発表者名: Hirata, M., Nakamura, K-I., Kondo, S.
  • 雑誌名: Developmental Dynamics 234 ページ: 293-300
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Origin of the directionality in the fish stripe pattern. (2003)
  • 著者名/発表者名: Shoji, H., Mochizuki, A., Iwasa, Y., Hirata, M., Hioki, K., Kondo, S.
  • 雑誌名: Developmental Dynamics 226 ページ: 627-633
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A C.elegans TGF- β,DBL-1, controls the expression of LON-1, a PR-related protein, that regulates polyploidization and body length. (2002)
  • 著者名/発表者名: Kiyokazu Morita, Anthony J.Flemming, Yukiko Sugihara, Makoto Mochii, Yo Suzuki, Satoru Yoshida, William B.Wood, Yuji Kohara, Armand M.Leroi, Naoto Ueno
  • 雑誌名: EMBO J. 21 ページ: 1063-1073
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Ewbank : Inducible Antibacterial Defence System in C.elegans (2002)
  • 著者名/発表者名: Gustav V.Mallo, C.Leopold Kurz, Carole Couillault, Nathalie Pujol, Samuel Granjeaud, Yuji Kohara, Jonathan J.
  • 雑誌名: Current Biology 12 ページ: 1209-1214
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Caenorhabditis elegans reticulon interacts with RME-1 during embryogenesis. (2002)
  • 著者名/発表者名: Jun Iwahashi, Ichiro Kawasaki, Yuji Kohara, Keiko Gengyo-Ando, Shohei Mitani, Yasumi Ohshima, Nobuyuki Hamada, Koyu Hara, Takahito Kashiwagi, Tetsuya Toyoda
  • 雑誌名: BBRC 293 ページ: 698-704
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Physical Modeling of the Cellular Arrangement in C.elegans Early Embryo : Effect of Rounding and Stiffening of the Cells (2002)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara
  • 雑誌名: Genome Informatics Workshop 13 ページ: 224-232
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Sensing of chemical substances using gene expression patterns in Caenorhabditis elegans (2002)
  • 著者名/発表者名: Matsuno, T., Ura, K., Sonoda, R., Kohara.Y., Uesugi, H., Arizono, K., Iguchi, T, Tominaga, N
  • 雑誌名: Sensors and Materials 14 No7 ページ: 395-406
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Directionality of stripe formed by anisotropic reaction-diffusion models. (2002)
  • 著者名/発表者名: Shoji-H, Mochizuki-A, Iwasa-Y, Kondo-S
  • 雑誌名: J. Theor. Biol 214 ページ: 549-561
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The reaction-diffusion system : a mechanism for autonomous pattern formation in the animal skin (2002)
  • 著者名/発表者名: Kondo-S
  • 雑誌名: Genes to cells 7 ページ: 535-542
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Physical Modeling of the Cellular Arrangement in C. elegans Early Embryo : Effect of Rounding and Stiffening of the Cells. (2002)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara
  • 雑誌名: Genome Informatics Workshop 13 ページ: 224-232
  • NAID: 130003997157
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Sensing of chemical substances using gene expression patterns in Caenorhabditis elegans. (2002)
  • 著者名/発表者名: Matsuno, T., Ura, K, Sonoda, R., Kohara.Y., Uesugi, H., Arizono, K., Iguchi, T, Tominaga, N.
  • 雑誌名: Sensors and Materials 14 No7 ページ: 395-406
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The C.elegans unc-32 gene encodes alternative forms of the 100-kDa a subunit of Vacuolar-ATPases. (2001)
  • 著者名/発表者名: Nathalie Pujol, Claire Bonnerot, Jonathan Ewbank, Yuji Kohara, Danielle Thierry-Mieg
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. Vol. 276,Issue 15 ページ: 11913-11921
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Large-scale analysis of gene function in Caenorhabditis elegans by high-throughput RNAi. (2001)
  • 著者名/発表者名: Maeda, I., Kohara.Y., Yamamoto, M., Sugimoto, A.
  • 雑誌名: Current Biology 11 No.3 ページ: 171-176
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Open-reading-frame sequence tags (OSTs) support the existence of at least 17,300 genes in C.elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Reboul, J., Vaglio, P., Tzellas, N., Thierry-Mieg, N., Moore, T., Jackson, C., Shin-I, T., Kohara.Y., Thierry-Mieg, D., Thierry-Mieg, J., Lee, H., Hitti, J., Doucette-Stamm, L., Hartley, J., Temple, G., Brasch, M., Vandenhaute, J., Lamesch, Pl., Hill, D., Vidal,M
  • 雑誌名: Nature Genetics 27 ページ: 332-336
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] cgh-1, a Conserved Predicted RNA Helicase Required for Gametogenesis and Protectionfrom Physiological Germline Apoptosis in C. elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Rosa E.Navarro, Eun, Yong Shim, Yuji Kohara, Andrew Singson, T.Keith Blackwell
  • 雑誌名: Development 128 ページ: 3221-3232
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Use of cDNA subtraction and RNA interference screens in combination reveals genes required for germ-line development in Caenorhabditis elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Momoyo Hanazawa, Makoto Motii, Naoto Ueno, Yuji Kohara, Yuichi Iino
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98 ページ: 8686-8691
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A regulatory cascade of three homeobox genes, ceh-10, ttx-3 and ceh-23,controls cellfate specification of a defined interneuron class in C.elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Zeynep Altun-Gultekin, Yoshiki Andachi, Ephraim L.Tsalik, David Pilgrim, Yuji Kohara, Oliver Hobert
  • 雑誌名: Development 128 ページ: 1951-1969
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] An isoform of eIF4E is a component of germ granules and is required for spermatogenesis in C. elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Amiri, A., Keiper, B.D., Kawasaki, I., Fan, Y., Kohara, Y., Rhoads, R.E., Strome, S
  • 雑誌名: Development 128 ページ: 3899-3912
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Antibody fusions with fluorescent proteins : a versatile reagent for profiling protein expression (2001)
  • 著者名/発表者名: Morino K, Katsumi H, Akahori Y, Iba Y, Shinohara M, Ukai Y, Kohara Y, Kurosawa Y
  • 雑誌名: J. Immunol Methods. 257(1-2) ページ: 175-184
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The C. elegans unc-32 gene encodes alternative forms of the 100-kDa a subunit of Vacuolar-ATPases. (2001)
  • 著者名/発表者名: Nathalie Pujol, Claire Bonnerot, Jonathan Ewbank, Yuji Kohara, Danielle Thierry-Mieg
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. Vol. Vol. 276,Issue 15 ページ: 11913-11921
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Open-reading-frame sequence tags (OSTs) support the existence of at least 17,300 genes in C. elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Reboul, J., Vaglio, P., Tzellas, N., Thierry-Mieg, N., Moore, T., Jackson, C., Shin-I, T., Kohara.Y., Thierry-Mieg, D., Thierry-Mieg, J., Lee, H., Hitti, J., Doucette-Stamm, L, Hartley, J., Temple, G, Brasch, M., Vandenhaute, J., Lamesch, Pl., Hill, D., Vidal, M.
  • 雑誌名: Nature Genetics 27 ページ: 332-336
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Keith Blackwell cgh-1, a Conserved Predicted RNA Helicase Required for Gametogenesis and Protection from Physiological Germline Apoptosis in C. elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Rosa E.Navarro, Eun Yong Shim, Yuji Kohara, Andrew Singson, T.
  • 雑誌名: Development 128 ページ: 3221-3232
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Use of cDNA subtraction and RNA interference screens in combination reveals genes required for germ-line development in Caenorhabditis elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Momoyo Hanazawa, Makoto Motii, Naoto Ueno, Yuji Kohara, Yuichi lino
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98 ページ: 8686-8691
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A regulatory cascade of three homeobox genes, ceh-10, ttx-3 and ceh-23, controls cell fate specification of a defined interneuron class in C.elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Zeynep Altun-Gultekin, Yoshiki Andachi, Ephraim L.Tsalik, David Pilgrim, Yuji Kohara, Oliver Hobert
  • 雑誌名: Development 128 ページ: 1951-1969
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] An isoform of eIF4E is a component of germ granules and is required for spermatogenesis in C. elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Amiri, A., Keiper, B.D., Kawasaki, I., Fan, Y, Kohara, Y., Rhoads, R.E., Strome, S.
  • 雑誌名: Development 128 ページ: 3899-3912
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Antibody fusions with fluorescent proteins : a versatile reagent for profiling protein expression. (2001)
  • 著者名/発表者名: Morino K, Katsumi H, Akahori Y, Iba Y, Shinohara M, Ukai Y, Kohara Y, Kurosawa Y.
  • 雑誌名: J. Immunol Methods. Nov1;257(1-2) ページ: 175-84
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A C. elegans TGF-D, DBL-1, controls the expression of LON-1, a PR-related protein, that regulates polyploidization and body length. (2001)
  • 著者名/発表者名: Kiyokazu Morita, Anthony J.Flemming, Yukiko Sugihara, Makoto Mochii, Yo Suzuki, Satoru Yoshida, William B.Wood, Yuji Kohara, Armand M.Leroi, Naoto Ueno
  • 雑誌名: EMBO J. 21 ページ: 1063-1073
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Inducible Antibacterial Defence System in C.elegans. (2001)
  • 著者名/発表者名: Gustav V.Mallo, C.Leopold Kurz, Carole Couillault, Nathalie Pujol, Samuel Granjeaud, Yuji Kohara, Jonathan J.Ewbank
  • 雑誌名: Current Biology 21 ページ: 1209-1214
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The Lim Homeobox Gene ceh-14 Confers Thermosensory Function to the AFD Neurons in Caenorhabditis elegans. (2000)
  • 著者名/発表者名: Cassata, C., Kagoshima, H., Andachi, Y., Kohara, Y., Durenberger, M.B., Hall, D.H., Burglin, T.R
  • 雑誌名: Neuron 25 ページ: 587-597
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A member of the ancient nuclear receptor class Ftz-Fl is required for embryogenesis, molting and reproduction in Caenorhabditis elegans. (2000)
  • 著者名/発表者名: Asahiha, M., Ishihara, T., Jindra, M., Kohara, Y., Katsura, I., Hirose, S.
  • 雑誌名: Genes to Cells 5 ページ: 711-723
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The Lim Homeobox Gene ceh-14 Confers Thermosensory Function to the AFD Neurons in Caenorhabditis elegans. (2000)
  • 著者名/発表者名: Cassata, C., Kagoshima, H., Andachi, Y., Kohara, Y., Durenberger, M.B., Hall, D.H., Burglin, T.R.
  • 雑誌名: Neuron 25 ページ: 587-597
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A. (2001). Large-scale analysis of gene function in Caenorhabditis elegans by high-throughput RNAi.
  • 著者名/発表者名: Maeda, I., Kohara, Y., Yamamoto, M., Sugimoto
  • 雑誌名: Current Biology 11 No.3 ページ: 171-176
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Harumi Ichimiya: "VBP-1 is necessary for morphogenesis in Caenorhabditis elegans."Oncology Reports. 10. 293-295 (2003)
• [文献書誌] Atsushi Kajita: "Computer Simulation of the Cellular Arrangement in Early Cleavage of the Nematode C.elegans."Bioinformatics. 19. 704-716 (2003)
• [文献書誌] Ken-ichi Ogura: "Translational control of maternal glp-1 mRNA by POS-1 and its interacting protein SPN-4 in Caenorhabditis elegans."Development. 130. 2495-2503 (2003)
• [文献書誌] Yohei Sasagawa: "Caenorhabditis elegans RBX1 is essential for meiosis, mitotic chromosomal condensation and segregation, and cytokinesis."Genes to Cells. 8. 857-872 (2003)
• [文献書誌] Carole Couillault: "TLR-independent control of innate immunity in C.elegans by the human SARM homolog, TIR-1, a TIR-domain adaptor protein."Nature Immunology. in press. (2004)
• [文献書誌] Yohei Minakuchi: "SPI : A tool for incorporating gene expression data into a four-dimensional database of C.elegans embryogenesis"Bioinformatics. in press. (2004)
• [文献書誌] Suzuki, N.: "Traveling stripes on the skin of a mutant mouse."Proc.Natl.Acad.Sci.USA.. 17. 9680-9685 (2003)
• [文献書誌] Hirata, M.: "Pigment cell organization in zebrafish stripe."Developmental Dynamics. 227. 497-503 (2003)
• [文献書誌] Shoji, H.: "Origin of the directionality in the fish stripe pattern."Developmental Dynamics. 226. 627-633 (2003)
• [文献書誌] Morino K: "Antibody fusions with fluorescent proteins : a versatile reagent for profiling protein expression"J.Immunol Methods. Nov 1;257. 1-2 (2001)
• [文献書誌] Kiyokazu Morita: "A C. elegans TGF-b, DBL-1, controls the expression of LON-1, a PR-related protein, that regulates polyploidization and body length"EMBO J.. 21. 1063-1073 (2002)
• [文献書誌] Gustav V. Mallo: "Inducible Antibacterial Defence System in C.elegans"Current Biology. 12. 1209-1214 (2002)
• [文献書誌] Jun Iwahashi: "Caenorhabditis elegans reticulon interacts with RME-1 during embryogenesis"BBRC. 293. 698-704 (2002)
• [文献書誌] Harumi Ichimiya: "VBP-1 is necessary for morphogenesis in Caenorhabditis elegans"Oncology Reports. (in press). (2002)
• [文献書誌] Atsushi Kajita: "Computer Simulation of the Cellular Arrangement in Early Cleavage of the Nematode C. elegans"Bioinformatics. (in press). (2003)
• [文献書誌] Atsushi Kajita: "Physical Modeling of the Cellular Arrangement in C. elegans Early Embryo"Effect of Rounding and Stiffening of the Cells. Proceedings of the 13th International Conference on Genome Informatics. (2002)
• [文献書誌] Matsuno, T.: "Sensing of chemical substances using gene expression patterns in Caenorhabditis elegans"Sensors and Materials. 14 No7. 395-406 (2002)
• [文献書誌] Ken-ichi Ogura: "Translational control of maternal glp-1 mRNA by POS-1 and its interacting protein SPN-4 in Caenorhabditis elegans"Development. (in press). (2003)
• [文献書誌] Kondo-S: "The reaction-diffusion system : a mechanism for autonomous pattern formation in the animal skin"Genes to cells. 7. 535-542 (2002)
• [文献書誌] Shoji-H: "Directionality of stripe formed by anisotropic reaction-diffusion models"J.theor.Biol. 214. 549-561 (2002)
• [文献書誌] Nathalie Pujol: "The C.elegans unc-32 gene encodes alternative forms of the 100-kDa a subunit of Vacuolar-ATPases"J. Biol. Chem.. 276・15. 11913-11921 (2001)
• [文献書誌] Maeda I.: "Large-scale analysis of gene function in Caenorhabditis elegans by high-throughput RNAi"Current Biology. 11・3. 171-176 (2001)
• [文献書誌] Reboul J.: "Open-reading-frame sequence tags (OSTs) support the existence of at least 17,300 genes in C.elegans"Nature Genetics. 27. 332-336 (2001)
• [文献書誌] Rosa E.: "cgh-1, a Conserved Predicted RNA Helicase Required for Gametogenesis and Protection from Physiological Germline Apoptosis in C.elegans"Development. 128. 3221-3232 (2001)
• [文献書誌] Momoyo Hanazawa: "Use of cDNA subtraction and RNA interference screens in combination reveals genes required for germ-line development in Caenorhabditis elegans"Proc. Natl. Acad. Sci.. 98. 8686-8691 (2001)
• [文献書誌] Zeynep Altun-Gultekin: "A regulatory cascade of three homeobox genes, ceh-10, ttx-3 and ceh-23, controls cell fate specification of a defined interneuron class in C.elegans"Development. 128. 1951-1969 (2001)
• [文献書誌] Amiri A.: "An isoform of eIF4E is a component of germ granules and is required for spermatogenesis in C.elegans"Development. 128. 3899-3912 (2001)
• [文献書誌] Morino K.: "Antibody fusions with fluorescent proteins : a versatile reagent for profiling protein expression"J. Immunol Methods.. 257・1-2. 175-184 (2001)
• [文献書誌] Kiyokazu Morita: "A C.elegans TGF-β, DBL-1, controls the expression of LON-1, a PR-related protein, that regulates polyploidization and body length"EMBO J.. 21. 1063-1073 (2002)
• [文献書誌] 小原雄治: "システムバイオロジーの展開-生物学の新しいアプローチ-"シュプリンガー・フェアラーク東京. 226 (2001)
• [文献書誌] Cassata,C.: "The Lim Homeobox Gene ceh-14 Confers Thermosensory Function to the AFD Neurons in Caenorhabditis elegans."Neuron. 25. 587-597 (2000)
• [文献書誌] Asahiha,M.: "A member of the ancient nuclear receptor class Ftz-F1 is required for embryogenesis, molting and reproduction in Caenorhabditis elegans."Genes to Cells. 5. 711-723 (2000)
• [文献書誌] Pujol,N.: "The C. elegans unc-32 gene encodes alternative forms of the 100-kDa a subunit of Vacuolar-ATPases."J.Biol.Chem.. (in press).
• [文献書誌] Maeda,I.: "Large-scale analysis of gene function in Caenorhabditis elegans by high-throughput RNAi."Current Biology. 11No.3. 171-176 (2001)
• [文献書誌] Reboul,J.: "Open-reading-frame sequence tags (OSTs) support the existence of at least 17,300 genes in C.elegans."Nature Genetics. 27. 332-336 (2001)