| 研究課題/領域番号 |
12204003
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
菅野 純夫 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
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| 研究分担者 |
大海 忍 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (20160046)
加藤 宏幸 国立感染研究所, ウィルス第三部, 主任研究官 (60185866)
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| 研究期間 (年度) |
2000 – 2004
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| 研究課題ステータス |
完了 (2004年度)
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| 配分額 *注記 |
96,400千円 (直接経費: 96,400千円)
2004年度: 24,000千円 (直接経費: 24,000千円)
2003年度: 24,000千円 (直接経費: 24,000千円)
2002年度: 24,000千円 (直接経費: 24,000千円)
2001年度: 24,400千円 (直接経費: 24,400千円)
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| キーワード | 完全長cDNA / 転写 / プロモーター / SNP / 発現プロファイル / オリゴキャップ法 / EST / 5'端 / 転写開始点 / 転写因子 / TATA-BOX / ドラフト配列 |
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| 研究概要 |
オリゴキャップ法による完全長cDNAライブラリーを、ヒト正常組織、癌組織、癌細胞由来細胞株、正常細胞株よりmRNAを抽出して作製し、総数で約165万の5'端EST決定を行った。5'端ESTのうち、約150万を使用し、そのクラスタリングとゲノム配列データとのhomology解析を行った。その結果、約1万9000の既知遺伝子の転写開始部位を同定するに至った。このデータから、プロモーター領域を含むと考えられる転写開始点上流1000塩基長のゲノム配列を得ることが出来た。
これらのデータを元に、転写開始点データベースDBTSSを作製し公開した。
一方、約500の遺伝子につきプロモーターをクローン化し、その活性を実際の細胞の中で測定した、同時に、ランダムなゲノム配列をクローン化しその活性を測定した。それにより、遺伝子のプロモーター部分に当たらないゲノム配列でも、約10%に弱いながらプロモーター様活性が存在することが分かった。これは、non-codingRNAが多数見つかることと対応していると考えている。
さらに、分子量の小さいタンパク質のプロテオーム解析をおこなった。その結果、mRNAの5‘UTRに存在する小ORFがタンパク質として翻訳されていることが判明した。機能未知タンパク質の細胞内局在を3000クローンにつき決定した。
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